洪武二十年（1387年），朱元璋派馮勝和藍玉率大軍二十萬征討遼寧，納哈出見大勢已去，遂降於明。納哈出的歸降，使朱元璋大為振奮，當年九月即軍中以永昌侯藍玉代馮勝為大將軍，延平侯唐勝宗、武定侯郭英為左右副將軍，率師征討北元，聲言“肅清沙漠在此一舉”。
洪武二十一年（1388年）三月，藍玉等率明軍15萬人，由大寧進至慶州（今內蒙古巴林左旗西北），獲悉北元皇帝脫古思帖木兒駐捕魚兒海（今內蒙古呼倫貝爾的貝爾湖），藍玉便抄近路星夜兼程趕到百眼井，此地離捕魚兒海（今貝爾湖）四十里。在捕魚兒海仍不見敵兵，藍玉想引兵返回。定遠侯王弼說：“我們率軍十多萬人，深入漠北，毫無所獲，就這樣班師回朝的話，我們怎麼去向皇上覆命呢？”藍玉說“：對呀。”便下令軍隊穴地而居，不見煙火，乘夜趕到捕魚兒海南邊。當探德敵營還在海東北八十餘里處，藍玉就命王弼為前鋒，率騎兵迅速逼近敵營。當時北元以為明軍缺乏水源與糧草，不能深入，故未加防備，加上當天大風揚起沙塵，白天都看不見什麼。所以，明軍的行動，元軍毫無察覺。
王弼率軍突然衝至敵營前，元軍大驚，倉促迎戰，大敗，太尉蠻子等被殺，其部眾皆降，僅脫古思帖木兒與太子天保奴、知院捏怯（qiè）來、丞相失烈門等數十騎潰圍逃走。藍玉派精銳騎兵追擊，但未追上。僅俘獲脫古思帖木兒次子地保奴、妃嬪、公主以下百餘人，後又追獲吳王朵兒只、代王達裡麻及平章以下官屬三千人、男女七萬七千餘人，以及寶璽、符敕、金銀印信等物品，馬、駝、牛、羊十五萬餘頭，並焚燬其甲仗蓄積無數，北元行政的根基被動搖。捷報奏傳至京，朱元璋大喜，賜詔獎勵慰勞，將藍玉比作衛青、李靖。藍玉接著又攻佔哈剌章大營，俘獲人、畜六萬。此戰令北元在軍事和經濟方面都遭遇重大損失，班師回朝，被朱元璋晉升為涼國公。
洪武二十一年（1388年）十月，脫古思帖木兒與其長子天保奴被元世祖忽必烈之弟阿里不哥的後裔也速迭兒襲殺，知院捏怯來、丞相失烈門率三千餘人投降明朝。這是怎麼回事呢？天元帝脫古思帖木兒在捕魚兒海被藍玉率軍突襲之後，僅僅帶著數十突圍直奔哈拉和林。脫古思帖木兒在路上收納了不少餘部，人數已達萬餘，沒想到到了土拉河後卻遭也速迭兒襲擊。天元帝與捏怯來等十六騎逃走，丞相咬住和太尉馬兒哈咱領三千人來迎，一同投奔闊闊帖木兒。齊王擴廓帖木兒病死後闊闊帖木兒成為下一任中書省太師，人馬眾多。但也速迭兒沒有給脫古思帖木兒喘息的機會，他遣大王火兒忽答孫、王府官孛羅繼續冒雪偷襲並俘獲脫古思帖木兒，用弓弦縊殺了這位北元皇帝。同時死的還有太子天保奴。
這個孛兒只斤•也速迭兒其實是當初敗在忽必烈手中地阿里不哥的子孫，說起來還是天元帝脫古思帖木兒在的親戚。1259年，元憲宗蒙哥率軍攻重慶釣魚城，但城池沒有攻下，自己卻被城中發射的炮石擊傷，加上水土不服，不久就死去了。蒙哥的死造成了一連串的後果，正在攻打南宋的忽必烈立刻收兵回去爭奪皇位，而他的競爭者就是自己的弟弟阿里不哥。在這場帝位爭奪戰中，阿里不哥戰敗，被幽禁而死。忽必烈最終成為了元朝的開國皇帝。忽必烈的勝利延續了上百年，即使在被明軍趕出中原之後他的子孫也始終牢牢地掌握著北元皇帝之位。而相對於黃金家族的其他子孫而言，阿里不哥的子孫卻是永遠也只能看著一代又一代的皇位落於旁人。
一百多年過去了，阿里不哥的子孫終於等到了這個機會。於是也速迭兒殺了脫古思帖木兒，奪回了認為這原本是屬於自己這一系子孫的皇位。蒙古皇位由忽必烈一系轉入阿里不哥一系。當初，忽必烈採用漢法，取《易經》“大哉乾元”之義，建國號大元，歷代帝王均有漢語諡號並建漢語年號。但蒙語國號仍稱“大蒙古國”，依十二生肖紀年，元朝諸帝也另有蒙語尊號。阿里不哥是當時反對用漢法的貴族代表。也速迭兒即帝位後，不再依漢法為脫古思帖木兒立諡號，也不再建年號。國號仍稱蒙古。明人則依漢人舊稱，稱之為韃靼，實則仍是北元。孛兒只斤•也速迭兒雖然不是忽必烈的後裔，是忽必烈親弟阿里不哥的後裔，但還是黃金家族，應為北元第四位皇帝。
洪武二十三年（1390年）正月至三月，朱元璋以故元丞相咬住、太尉乃兒不花、知院阿魯帖木兒等屢為邊患，命晉王朱棡、燕王朱棣分兵兩路，再次對北元進攻作戰。此次出征一潁國公傅友德為徵虜前將軍，南雄侯趙庸、懷遠侯曹興為左右副將軍，定遠侯王弼、全寧侯孫恪為左右參將，督兵從徵。敕王弼率山西兵聽晉王節制，其餘均聽燕王朱棣節制。
洪武十三年（1380年），朱棣就藩燕京北平，之後多次受命參與北方軍事活動。洪武二十三年（1390年）三月初二日，燕王朱棣率軍出長城古北口（在今北京密雲北），通過偵查知道乃兒不花此時屯駐在迤都（今蒙古蘇赫巴託之達裡甘戛附近），於是乘大雪直搗其營，攻其不備。到了迤（yí）都後，朱棣先派與乃兒不花有舊的觀童入營求見，接著大軍進而圍住其營，乃兒不花被迫投降，朱棣收其部落數萬人、馬駝牛羊數十萬頭而還。而晉王朱棡率軍出塞，卻沒有遇到北元軍隊，就好帶著人馬班師回朝。
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