首先，必须要说明的是，我们400年后认识到的一些问题，受历史条件的极限，崇祯是无法进行正确分析的，有些问题即使他分析到原因也做不了，毕竟几百年的事后诸葛亮。明朝末年，导致帝国覆灭的核心原因大概有五个，分别是组织寿命、小冰河期、瘟疫、通货紧缩、后金威胁，威胁顺序从大到小。其中最难解决也是最根本的是组织寿命问题，不过也不是绝对不可能解决的。学过管理学的人都清楚，组织也有诞生、发展、兴盛、衰亡的寿命周期，国家也是一种组织，所以理论上也会有。
封建王朝往往会得一种癌，就是精英阶层像癌细胞一样吞噬太多资源，搞得其他人活不下去，中央政权也获得不了营养。反映在表象是财政困难、土地兼并、户口隐匿等。这种情况往往从王朝建立就有存在，但随着组织寿命的延长越来越严重，即所谓分利集团，古代叫结党营私，只顾自己的小团体，不管给朝廷或者讲整个大明造成多大损害。组织寿命的延长，和治癌症一样，要把肿瘤切除，在政治上就是铲除危害巨大的分利集团。说起来容易，但需要极其高超的政治艺术和手腕，就如癌症手术也是需要医生有丰富的经验。这点崇祯其实有所意识，也一直试图铲除一些不听话的集团。但病灶找的不准，动作慢，切得也不干净。
崇祯最开始杀魏忠贤算是比较成功，但利用仕宦阶层铲除了东厂头目后，没有反过手来再清洗一下势力庞大的江南仕宦。这是能力问题，以崇祯的成长经历和背景，要求他像朱元璋一样拿着手术刀庖丁解牛，把整个大明的所有利益集团随意搓扁揉圆，太困难。但如果万历、天启多活一段时间，或者崇祯和皇太极能对调，这个问题有可能不那么致命。然后是小冰河期和瘟疫两个问题。其实这两个问题都有解，但明朝做的不够好，崇祯也没有把主要精力放在上面，他心心念念的是平辽患。
小冰河期造成的粮食减产，在中国形成了历史周期率这个怪东西，但明代因为大航海时代已经开始，美洲的作物已经传播过来，理论上粮食生产能力可以度过危机，但南方产粮区的粮运不到北方。这里核心问题是漕运，归根结底是漕运有太多利益集团附在上面吸血。如果开海运，在北方设置一些口岸，让各国商船运粮，明政府收购，理论上能解决，而且元朝有过成熟经验。但把持漕运的特殊利益集团，显然不可能轻易让这种计划得以实施，而且明帝国长期通货紧缩，没有现银来收购，这个问题的根本性解决还是指向第一个问题，控制住分利集团才能搞海运代替漕运。
然后是瘟疫，瘟疫也不是绝对无解，不像大明劫里拍的那样，依靠药石解瘟疫，瘟疫的解决办法是搞隔离，这点在奥尔罕帕慕克的白色城堡里有深刻的刻画，有兴趣可以去看，实际2003年最终控制下来还是靠这个办法。明代有条件控制，但明末哨卡荒废，崇祯又妇人之仁，最终瘟疫进了北京城，中央机构几乎瘫痪，绝望中自己魂断煤山。第四个通货紧缩问题，根源还是第一个问题。
明末不是没白银，而是白银被形形色色的官商所囤积，进入不了流通，开采再多银山也不够这些人屯和贪的。两相对照满清是不客气的，屠刀一直对准江南士绅，杀到他们服从，到康雍乾时期都还没事搞个文字狱，把一些权贵抄家灭门。屠刀之下，才有了摊丁入亩、火耗归公等财政改善。崇祯的刀不快，刀法不精，自然不行。
最后一个问题是后金的外部威胁。这涉及双方最高统治阶层的战略概念能力。皇太极在这方面比崇祯高太多，或者讲不是皇太极太厉害是明末统治集团的战略思维能力不合格。实际上万历在这方面就不合格，养虎为患。崇祯的问题是根本没判断出来皇太极的战略意图，皇太极就是要先清除后方的林丹汗、朝鲜、毛文龙，然后绕开宁锦防线，对明进行扰袭，扰袭的模式其实隋灭陈就是这个模式。崇祯集团的反应都是被动的，完全不了解皇太极意图，一被破关就自乱阵脚，这点他远不到朱厚照，甚至连英宗都不如。崇祯以前以熊廷弼等人之才能看得出来，但崇祯却走马灯似的换边帅，导致没人能深入了解情况，和盘踞东北几代人的后金贵族都自然处处吃亏受算计，整个明朝对后金战史，一直是明朝被牵着鼻子走。
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