腐植酸是由黃腐酸、棕腐酸、黑腐酸等相對小和複雜的分子自組裝在一起的超分子結構，腐植酸對作物生長具有刺激作用，但其刺激能力與腐植酸結構直接相關，也就是腐植酸官能團等的交互作用和無窮變化，才讓腐植酸具有強大、神奇功能。
腐植酸各組分之間交互作用的環境、條件影響著自組裝過程和結果。不同產地、不同礦源、不同工藝等，都影響著腐植酸超分子自組裝結構。雖然同樣都叫腐植酸或腐植酸肥料，但在農業應用的效果上卻有很大區別。
腐植酸作為生物刺激劑的作用機理之一就是能夠增加能量獲得和能量的節約，我們看到，這裡是一個醌基，看起來是四個單連接和四個雙連接（鍵），實際上這是分子電子雲。腐植酸共軛鍵的電子能夠吸收一個太陽光子躍升到更高能量級時，不斷重複的動作完成了太陽能的積累，會聚集能量。在夜間，這些電子在白天累積的能量級返回其先前的位置，釋放出能量。正是通過這種方式，腐植酸增加了細胞能量平衡。因此，腐植酸能夠加快根系的快速生長，增加植物對乾旱和霜凍等不利脅迫因素的抵抗力，改善氮同化，促進葉綠素、糖、維生素、必需氨基酸和脂肪等的合成。
植物在成長過程中發育細胞總是受到壓力，如過氧化物，毒素，自由基等的攻擊，研究證明，30％的細胞能量是用於自我保護。這裡是一個類似多肽結構，類碳水化合物或糖類物質。這種結構非常接近細胞膜的脂質結構，因此它可以很容易與之相互作用並在其周圍形成保護網膜。有這種腐植酸保護膜的情況下，腐殖酸接管防禦工作，從而使細胞獲得100％的能量用於平衡和促進作物的生長。
當一株植物實現能量吸收及利用的最大化時，它會對所有的病蟲害表現出抗性；當一株植物從光照和土壤中實現能量吸收的最大化時，它也將實現產量的最大化；當一株植物從光照和土壤中實現能量吸收的最大化時，將會在獲取單位產量收益時消耗更少的營養物質，且降幅是從前所無法想象的。
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