在較早的文明中，小偷被剝奪了實施盜賊的手，使用烙印或殘廢（砍掉手或鼻子）將人標記為罪犯。古羅馬人使用紋身針來識別並防止僱傭軍士兵離開他們的隊伍。
1851年被美洲土著擄走的奧利弗·奧特曼
在1800年代中期之前，執法人員具有非凡的視覺記憶，即所謂的“照相機的眼睛”，僅憑肉眼就能識別出先前被捕的罪犯。攝影減輕了記憶的負擔，但這並不是解決犯罪識別問題的答案。個人外貌發生變化。
1882年阿方塞·貝爾蒂倫是法國巴黎警察局的職員，他設計了一種分類系統，稱為人體測量學或貝爾蒂倫系統，它使用了對身體部位的測量。
貝爾蒂倫的系統包括諸如頭長、頭寬、中指長度、左腳長度等測量值；從肘部到中指尖的前臂長度。貝蒂永還建立了攝影面部系統-隨後稱為面部照片。
貝蒂永系統被接受了三十年，但他的人體測量學系統在1903年的事件中永遠停止使用了，當時一個名叫威爾·韋斯特的人在美國堪薩斯州萊文沃思被判入獄。人們驚訝的發現監獄中已經有一個外貌體徵相同的囚犯，而且他們的貝蒂永測量值幾乎相同。監獄裡的囚犯叫威廉·韋斯特。最終指紋勘驗快速地確定生物特徵（指紋和麵部表情）來自兩個不同的人。
指紋提供了一種可靠的個人識別方式。指紋識別科學在眾多其他司法科學中脫穎而出，通過提供準確的身份識別已經為全球政府服務了一個多世紀。在數十億的人機和自動計算機比較中，從未找到兩個相同的指紋。指紋是全球警察機構確認犯罪歷史的基礎。
一個多世紀以來，它一直是全世界最常用的法醫證據。在大多數司法管轄區中，指紋檢查案件匹配或超過其他所有法醫檢查案件的總和。解決犯罪相對便宜。費用是一個重要因素，因為代理機構必須在不犧牲準確性的前提下平衡調查資源，以最好地滿足及時性和完整性。例如，在許多犯罪現場，DNA與指紋一樣無處不在，但是對每個標本來說，DNA的成本要比指紋分析高100到400倍，並且可能需要數月或數年才能完成分析。
我們的祖先對指紋的觀察與應用，在6000多年前就開始了。美國芝加哥菲爾特博物館收藏的我國古代印章，正面塑著主人的名字，反面則印有十分清晰的拇指紋痕。據考證這枚印泥上的指紋是我國周代或前漢的產物。西安半坡遺址出土的文物（陶器）上已留有清晰的指紋，距今已有6000年之久。
指紋用於犯罪偵查、案件審理、社會事務在我國2000多年前就已經開始，在湖北雲夢縣出土的一批秦簡中，《封診式·穴盜》篇就載有“手跡六處”字樣，說明當時司法人員就將手跡作為作案現場進行勘驗的一種證據。唐宋以後，指紋運用就更普遍了，唐代史料中有關於簽訂契約時要按指紋的記載；宋代、元代也都有指紋正確判案或根據“指理”疏密判斷人的年齡與體態，從而推翻冤獄的事。
指紋識別在早期西方社會發展的似乎不太順利。1823年，佈雷斯勞大學的解剖學教授浦肯野發表了他的論文，討論了九種指紋圖案識別個人。但顯然浦肯野的觀點沒有得到關注。在大多數英語出版物中，浦肯野只被介紹為傳教士。
在馬克·吐溫1883年的《密西西比河上》小說中，通過使用指紋識別來識別殺手。在後來的《傻瓜威爾遜》一書中，進行了戲劇性的法庭審判，其中包括指紋識別。
直到1892年，檢查專員愛德華多·阿爾瓦雷斯在阿根廷布宜諾斯艾利斯進行了西方社會認為的首次刑事指紋識別。
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