1644年清军入关，大顺的历史似乎就终结了，然而实际上，顺军面对残暴的异族侵略，面对敌强我弱的艰难局面，依然奋战了整整二十年，堪称中华民族的脊梁。
1644年4月22日，吴三桂降清，清军入关，李自成放弃北京向陕西撤退。
5月8日，清军在庆都追上撤退的顺军主力，蕲侯谷英为全军断后，战死沙场。
10日，过天星张天琳被大同总兵姜瓖杀害，姜瓖降清。
1645年1月13日，巫山伯马世耀向清军诈降，与李自成约定里应外合夺取潼关，不料信使被清军截获，马世耀全军七千余人被害，李自成向湖广撤退。
3月，大顺荆州防御使孟长庚被叛徒郑四维杀害，郑四维降清。
4月，汝侯刘宗敏被清军俘虏，不屈遇害。
5月，李自成遭当地团练袭击战死，叛徒王体中杀害白旺降清。
7月，袁宗第、刘体纯、郝摇旗等部顺军进入湖南，联明抗清。
7月20日，李自成侄子李过、内弟高一功等部顺军围攻荆州。
8月，袁宗第、刘体纯等人受何腾蛟排挤，前往荆州与李过会合，湖广巡抚堵胤锡孤身前往荆州大营，与李过等人达成联合抗清的协议，李过、高一功所部改编为“忠贞营”。
1646年1月，岳州马进忠、王允才、卢鼎、王进才四镇明军不战而逃，岳州副将马蛟麟降清，荆州大营侧翼洞开，忠贞营遭到清军袭击，惨败，一批高级将领叛变。李过、高一功、刘体纯、袁宗第等部退入鄂西山中休整，建立夔东抗清基地。
1647年7月1日，忠贞营出山，接连收复彝陵、常德、益阳、湘潭、湘阴、衡山等地。
11月11日，忠贞营包围长沙，血战五天五夜，何腾蛟命令忠贞营前往南昌救援金声桓、王得仁，长沙之战功亏一篑。李过认为金声桓和王得仁已经完了，去了也是送死，而且王得仁是大顺军叛徒，金声桓本是农民军，投降左良玉后多次与大顺军为敌，双方仇怨很深，于是忠贞营逗留湘赣边界。
1648年1月，忠贞营未到，金声桓、王得仁已战死，忠贞营撤回湖南。
21日，何腾蛟被俘，六天后遇害，湖南战局全面崩溃。忠贞营撤入广西，当地明军不肯接纳，多次发生火并。
1649年8月，李过病故，高一功成为忠贞营主帅。
1650年12月，此时孙可望掌握南明政权，忠贞营因为李自成与张献忠的旧仇，不容于孙可望，遂北上夔东。
1651年，高一功在湘西遭到当地土司袭击战死，李过养子李来亨将忠贞营带回夔东，从此称为“夔东十三家”，经过连年征战，原顺军损失惨重，夔东地狭民穷，十三家难以再恢复元气。
之后七年，夔东十三家始终坚持游击战争，牵制清军兵力。
1658年7月，因孙可望叛变，清军三路大军进攻云南，李定国向夔东十三家求救，夔东十三家进攻重庆，被吴三桂击败。
11月，夔东十三家再攻重庆，激战至12月15日，叛徒谭诣、谭弘杀害谭文降清，重庆之战失败，夔东十三家从此再也无力发动大规模进攻。
1662年，永历皇帝被杀害，南明政权灭亡，东西两大抗清领袖郑成功、李定国相继病故，除了台澎金厦以外，南方各地的抗清斗争全部失败，夔东成为大明在大陆的最后一片土。
1663年1月1日，清廷调集湖广兵三万、陕西兵两万五千、河南兵五千、四川兵三万会剿夔东。袁宗第不敌四川清军，血战之后率部跳下悬崖撤退，所部阵亡及跳崖摔死两千五六百人。郝摇旗、刘体纯也被迫后撤，三部与李来亨联手，对湖广清军发动反击。
7月23日，夔东十三家大举反攻，三万湖广清军抱头鼠窜，落入南阳河淹死无数，河水为之断流，清军一路逃回彝陵，向北京求援。清廷见汉军无法对付夔东十三家，决定派满洲兵出战，一面调西安满军增援夔东，一面派鳌拜之弟穆里玛率满八旗一万前往前线。
8月24日，夔东十三家集结最后的全部主力五万人，进攻巫山县，激战至9月7日，夔东十三家终究没能攻下巫山，又遭到清军突袭，战死七千余人，不得不撤退。
12月，两路满洲援军抵达，面对十万清军，抗清大业已经绝望，顺军残部大批投降，但依然有少数人选择血战到底。
12月23日，刘体纯部下将领大批投敌，刘体纯的大营被攻陷，全家自缢身亡。刘体纯在夔东十余年，军纪严明，爱护百姓，极得民心，清四川总督李国英也敬佩刘体纯的忠烈，下令将其全家礼葬。
26日，郝摇旗、袁宗第，以及南明兵部右侍郎洪育鳌、东安王朱盛蒗兵败被俘，被清军杀害，监军太监潘应龙自尽。
1664年，夔东十三家陷入清军重重包围，彻底走投无路。绝望之下，王光兴、蒋尚膺、毛寿登、马腾云、党守素、塔天宝等相继投降。最终，只剩下李来亨一部拒绝投降，坚守兴山县茅麓山。
李来亨死守茅麓山数月，接连击毙镶红旗副都统贺布索、一等阿达哈哈番桑图、穆里玛第三子苏尔马等清军将领。6月15日，山寨中粮食将尽，李来亨率部突围，被清军击退。闰6月9日，李来亨再次突围，连破清军五阵，最终仍被击退。清军再度派叛变将领前来劝降，李来亨将使者斩首，誓死坚守到底。
8月4日，粮食全部耗尽，最后的时刻到来了，李来亨全家自尽。至此，顺军余部二十年转战万里的抗清斗争彻底结束，大明在中国大陆再无寸土。
明亡清兴的历史，不是简单的朝代更迭，而是无数百姓的尸骸累成的血泪史，是无数末路英雄的慷慨悲歌。
顺军的争议挺大的，主要是由于他们的军纪时好时坏，有秋毫无犯的时候，也有杀人放火的时候。上面提到的一些部队，比如说张天琳、郝摇旗，都是以残暴闻名的，李自成本人也不是没屠掠过百姓。但是以这种标准来论，整个十七世纪就没有一个将军不该枪毙了，就连公认的民族英雄李定国、郑成功，没粮的时候也是会抢的。
在那个时代，有水平的将领，像李自成、郑成功、李定国，都是有粮有饷的时候爱民如子秋毫无犯，一旦没有粮饷，还是会选择抢劫。哪怕是一直被认为是杀人魔王的张献忠，在进攻湖南时也只杀士绅不杀百姓，还提出“三年免征”，因为湖南受战乱影响小，筹粮筹饷很容易，所以张献忠也就不滥杀了，但是到了被天灾人祸折腾个遍的湖北、四川，没有那么多土豪可打了，张献忠的部队又开始抢老百姓了。张献忠死后，孙可望、李定国、艾能奇、刘文秀四人把军队带到贵州，后来进兵云南，又是王者之师的气象，秋毫无犯，不是因为孙可望、李定国的道德品质一下子提高了，而是因为他们在云贵不抢劫也能得到补给，和沐天波结盟之后，大西军直接变成了当地的政府，当然不会抢劫了。
李自成也好，张献忠也好，他们都是做过老百姓的人，也不是不知道抢老百姓不对，但是如果不抢，军队就会解体。明末的农民起义军既没有马克思主义，也不能把支部建在连上，他们的军队如果没有粮食和银子，兵变就是不可避免的。这对于为将者来说是一个必须要面对的艰难选择，要么让老百姓死，要么让自己和自己的士兵死，在这种情况下，明末的将领无论明军顺军西军清军，几乎无一例外地选择了前者。这个问题没得洗，烧杀淫掠到什么时候都是犯罪。但是即便是犯罪分子，也首先是人，在不犯罪的时候也会有人性的闪光点。对于明末这些被操蛋的世道逼得走上犯罪道路的“流寇”，我并不想以此抨击他们。
李定国、李过、高一功、李来亨等等这些人，都是大明的弃儿，做老百姓的时候，朝廷没有管过他们的死活，造了反以后，和朝廷更是结下了不死不休的血海深仇。然而当大明王朝土崩瓦解，国家和民族面临生死存亡的关头时，这些“不作安安饿殍，犹效奋臂螳螂”的流寇却站了出来，成为了大明王朝最后的希望。
正是由于顺军在潼关、怀庆、延安、榆林的奋勇抵抗，南明才有了一年的喘息时间建立起江北四镇（虽然真正有用的只有一镇）。
正是由于有忠贞营作为北方的屏障，何腾蛟才能收拾起湖南的局面。
忠贞营的力量耗竭了，西军又站了出来，先是平定沙定洲叛乱，然后出滇抗清，挽救了濒临崩溃的南明，两蹶名王，光复千里江山。最后一支西军追随永历皇帝入缅甸，直到泰国，仍试图在泰国建立根据地再行反攻，直到李定国病故。
说起来既讽刺又心酸，除了沐天波、刘孔昭等极少数个例，大明耗尽民脂民膏供养的勋略都成了只会趴在腐烂的国家肌体上吸血的寄生虫。陪大明王朝走完最后一程的，不是世受国恩的诸侯勋贵，也不是崇祯恩待有加的洪承畴、吴三桂，而是明朝曾经的敌人，张献忠的养子李定国和李自成的侄孙李来亨。
请那些给清军洗地的人回去好好看看历史，看看多铎屠扬州、济尔哈朗屠湘潭、多尔衮屠大同。现在满族是中华民族的一部分不假，当年的满人拿明朝百姓当同胞吗？
别说对百姓了，满人对投降的汉奸都恣意侮辱。郑芝龙刚一投降，清军立刻攻陷安平，逼死了郑成功的母亲；满洲大学士麻勒吉因为一点琐事当众辱骂直隶总督张元锡，逼得张元锡上吊。做到高级大员的汉官都是这个待遇，还指望满洲贵族们善待明朝百姓？对历史再无知也该知道剃发令吧，知道圈地、逃人法和迁界禁海吧？清军入关之后有哪点做得比侵华日军更文明？
经过清朝之后，满人和汉人都是中华民族的一部分，这是不假，但是拿现在的情况去论证历史那就太无赖了。比如说，现在印第安人和西班牙裔移民都是秘鲁的国民，那么当年皮萨罗侵略印加帝国、屠杀印第安人就能变成正义的吗？
明朝也不仅仅是汉人的明朝，抗清战死的烈士中，满桂是蒙古人，丁国栋、米喇印、马承祖、撒之浮、羽凤麒是回人。在云贵、广西，各民族都和汉族一样遭到了清朝的奴役和屠杀，土司军队也和明军、顺军、西军一起抛头颅洒热血。血抗击侵略。当时的清朝就是大明境内所有民族的死敌，不能拿当时还没发生的事情去论证当年的历史。现在的满族是中华民族的一部分，关十七世纪的八旗兵什么事，伙伴们你们觉得呢？
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