听说大家都在CIBERSORT，而我偏偏来安利EPIC
大家好，我是风。今天来跟大家安利一个网站。最近免疫浸润真的是火的不行，连我隔壁实验室的小师弟都说发了一篇4+免疫浸润的纯生信文章。问他用的什么分析方法？好小子，神秘一笑：“我用了好几种计算免疫细胞的方法”，额，你这不是等于没说吗？哎，不过无非主流就那几种吧，你以为你不说我就不知道了？你师哥还是你师哥，我不仅知道，我还要跟大家说！今天就来跟大家说说CIBERSORT......
啊，错！是跟大家说说另一个计算免疫浸润细胞的网站——EPIC（https://gfellerlab.shinyapps.io/EPIC_1-1/）。
EPIC网站2017年首发于eLife杂志，目前影响因子7+。网站可以计算8种免疫细胞类型比例，关于这个网站更多的介绍大家可以参阅发表的文章，doi：10.7554/eLife.26476，或者后台直接回复“风02”即可获取，方便快捷，懒人（wo）必备。我们还是看怎么操作吧！
EPIC网站要求上传自己的数据计算免疫细胞比例，每一份数据不能超过100M，假设我们从GEO下载并处理好了一份数据集，行名是基因名，列名是样本名，长相是这样滴：
别吐槽我用Excel，谁电脑还没个Excel，但不是谁都跟我一样电脑渣到只能装个Excel/(ㄒoㄒ)/。
然后打开网站，点击首页的Browse，开始上传数据，成功后长这样：
接着进行相应的设置，简单粗暴，简洁明了，简直秒爱：
首先选择计算的细胞类型，是计算肿瘤浸润细胞还是计算循环免疫细胞，这个大家各取所需；
▲ 选择计算的细胞类型
接着设置结果呈现形式，一般cell fractions用的相对较多？emmm我也这么觉得；
▲ 设置结果呈现形式
然后直接点击run开始运行，结果表格如下：
▲ 运行结果
最后进行结果分析，可以直接download结果表格导入R进行分析，也可以点击Figure查看结果图片，有啥图片呢？也不多，就三个：
柱状图，每一根柱子比例都是1，不同颜色表示不同的免疫细胞在样本中所占的比例；
▲ 柱状图
箱式图，emmm，好像很直观了，应该不用解释吧？
▲ 箱式图
热图，就是把刚刚结果数据映射到图片上（其实就是比例越高颜色越深嘛，说那么深奥干啥子？）。
▲ 热图
好了，网站真的很简单粗暴，当然计算免疫浸润细胞的方式还有好多好多种，比如你们见的最多的CIBERSORT，比如生信全书下篇说的xxx和xxx，比如ssGSEA，这么多种好好应用一下，也许你也能够发一篇让隔壁师哥羡慕的SCI哦！（我真的不羡慕(￢︿̫̿￢☆)）
10天领悟3分SCI套路
成为会写SCI的人
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