段木种植香菇因排放野外，没有密封塑料层保护，生产中受到自然界环境中害菌侵染机会很多，因堆叠于山野生产害虫也格外多些，现在分述一些常见害菌及防治方法。
常见害菌
1，孢博韦氏炭团菌，菇民俗称黑疔。发菌菇木保护的树皮有裂口，截口未涂石灰水等情况下，菇木在当年5一7月高温高湿下被该菌侵入出现黄绿色分生孢子堆，8一9月分生孢子堆内形成黑色炭质的子座，相互连接重合。使枯木吸不进水，形成"铁心"一块，此后此处不长菇了。
黑疔发生对环境条件要求不严，高温，高湿下最易发生，该菌子囊孢子发芽最适的温度21-25度，菌丝生长最适温度25-30度，多为每年5一7月霉雨季侵入酸性枯木。
2，朱红栓菌，菌盖扁平，子实体扇形，无柄，先初期生长橙色或红色，成熟后褪色，生长有明显环纹。
5一9月间，发生在被太阳直射的段木上，该菌能分泌一些抗菌力很强物质。
3，楮黄精齿耳，子实体革质，若贝壳，无柄着生段木上，生长往往相连数多，面红褐色，背白色。接种的菇木第一年侵入段木，该菌丝发育适温32-34度，夏季高燥地，太阳直射到段木上温度适宜，菌丝蔓延速度是香菇3倍，被危害到菇木几乎毁坏。发现立即剔除烧毁，以免蔓延。
4，在受阳光直射的菇木上还会发现:裂褶菌，云芝，彩绒革盖菌等。这些孢子，菌丝都是萌发，生长都是高温型的，菌丝生长适宜于30度以上，菌丝速度都比香菇菌丝生长快，危害也大。
5，喜欢生长在发菌时期菇木堆叠通风不良，长期潮湿郁闷的地方，桦褶孔菌，变孔卧孔菌，纤孔菌，薄黄褐孔菌和绿色木霉菌，这些对香菇菌丝危害也极大，不至于在段木上给香菇生产带来毁灭性，只要重新改变菇木环境，菇木还能利用，但严重影响香菇产量。
6，其他如木耳类也会侵入菇木，这个影响不大。
常见的害虫
1，凹赤蕈甲，成虫体长3一4mm，长椭圆形，头圆形，头赤褐色，前胸后背和翅部赤褐色，尾部黑色。以幼虫危害干燥天气下的香菇，从菇盖蛀入，可将菌肉吃尽，空于表皮。
2，跳虫，该虫在生活在潮湿的地方，能弹跳到菇木上，取食菌类，菌丝。一般夜间活动。
3，天牛，吉丁虫，小蛀虫这些都是危害菇木常见害虫。天牛，吉丁都是以幼虫逐渐蛀入菇木，在菇木中蛀成遂道，可将有菇香菇木蛀食一孔。小蛀虫数量多，集群布满整个菇木，夏季蛀入菇木。
4，蛞蝓，白蚁，取食香菇菌盖，蛀空菇木。
常见偷食香菇动物
老鼠，松鼠特别喜欢吃食幼菇，野鸡，白鹇是主要喜吃食幼菇原基，幼菇。麂子，及鹿科动物。
综合防治措施
段木香菇种植因段木量多，放置于自然界中散种植，各种害菌，害虫，野生动物都有可能危害到，特别是害菌，一旦发生后，要消除就困难了，充分了解害菌发生规律和香菇发菌两生态上差异，尽可能给香菇菌丝迅速占地盘，就可减少危害。以预防为主，综合防治才是减少危害有效方法。
1，场地选择和清理，菇木堆放场和出菇场，应选择通风向阳，排水良好的地方。地面上的枯枝，杂草及周围腐木清理烧毁，场地撒上石灰消毒。
2，段木准备，砍伐期以深秋的干燥晴天为适宜，砍伐后不要立即剔枝，以利树木干燥和减少伤口愈合害菌侵入，注意保护树皮完整，剔枝后立即用石灰澄清液涂断面，接种前的段木用火烫烧过一次，注意不断翻动段木，以免烧伤树皮，这样可烧灭树皮中虫卵和害菌孢子。
3，菌种与接种，菌种选用正当龄优质菌种，接种人员和用具要消毒处理，接种期尽量提前，不与害菌宜生长的20度以上气温时操作，接种穴要封口，在晴天接种，不能在风雨天接种。
4，接种后，经常检查菇木，发现杂菌可用火高温对着烧死杂菌，然后挖去表面，涂上石灰水或灭菌剂溶液，对感染面积大的剔除烧毁，防止害菌蔓延。
5，化学药剂防治，菇木上菌害可选用多菌灵或波尔多液喷雾防治(按产品说明书使用)。害虫(跳虫，凹赤蕈甲)可用敌敌畏。蛞蝓可用氯化钠，白蚁可用灭蚁宁，天牛或吉丁虫可用敌敌畏灌虫道，然后封孔口消灭。
现在来说，大部分多应用木屑栽种香菇，在木屑栽种香菇生产过程中也有许多病虫害及杂菌危害。
木屑栽种香菇的虫害，主要为螨虫，线虫。
1，螨虫，又称菌虱，有粉螨和蒲螨两种，粉螨个体大，视力好的人可见，白色发亮，蒲螨个体小，除集群才易见，呈咖啡色。两种螨虫繁殖极快，能危害多种食用菌子实体和菌丝，吞食菌丝。
2，线虫，一种体型极小蠕虫，繁殖极快，咬食菌丝，常使菌块空糟无法生菇。
污染木屑栽种香菇的杂菌，与段木上发生基本相同，主要是青霉，木霉，链孢霉，根霉和毛霉，曲霉等，还发现细菌和病毒。
病虫害与杂菌的防治
虫害上，木屑栽种香菇因有一包装和灭菌过程，发生害虫早期螨类是要经接种中侵入，多为发菌一段时间后侵入吃食菌丝，因还有一外层塑料薄膜包装着，发展污染上仅在袋内，影响不大。脱袋后和栽种后期螨虫和线虫危害较大。
杂菌上，栽培袋这一生产环节上最易污染，或生产后期时污染严重。
我们培养香菇菌丝所需生活条件，与杂菌各种霉菌生长相同，霉菌从各种灭菌不彻底和破袋中生长，又不适宜使用药剂杀菌，霉菌一经发生便不易根除。
凡霉菌污染较严重的，己伸入栽种袋内部的这种污染已经无法改变，均只能作燃毁处理。
杂菌污染不严重的，可以拆包再次装包重新灭菌，重新接种发菌使用。另外搞好环境卫生，灭菌一定要彻底，接种要做好各项消毒工作，在蒸柜中取出灭菌棒时一定要检查塑料袋是否有破损，破损的要在柜内立即趁热套上一个袋子。才取出接种。堆叠发菌时室内温度不可过高，湿度要控制在65%以下，不然杂菌易随接种口侵入菌袋内。
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