歷史沿革
北魏
少林寺創建於北魏太和十九年(495年)，孝文帝元宏為安頓來朝傳授小乘佛教的印度僧人跋陀，在與都城洛陽相望的嵩山少室山北麓敕建而成。
永平元年(506年)，印度高僧勒拿摩提和菩提流支先後到少林寺開闢譯場，在少林寺西臺舍利塔設立翻經堂翻譯經書。之後，慧光在少林寺弘揚《四分律》等師說，經多代發展，後世最終形成四分律宗。
北魏孝明帝孝昌三年(527年)，釋迦牟尼佛第二十八代徒菩提達摩來到少林寺，他在跋陀開創的基礎上，廣集信徒，傳授禪宗，東魏孝靜帝天平三年傳法于慧可，從此禪學在少林寺落跡流傳。
在南北朝佛教發展高峰期，北周武帝採納還俗沙門衛元嵩刪寺減僧的建議，在建德三年(574年)下令禁止佛教傳流，史稱北周武帝滅佛，少林寺毀壞嚴重。
北周大象二年(580年)，北周靜帝恢復少林寺，將其改名為陟岵寺。
隋唐宋
隋文帝崇佛，復改陟岵寺為少林寺，並賜給少林寺土地一百頃，再加上其他賞賜，少林寺成為擁有百頃良田和龐大寺產的大寺院。
唐初，少林寺十三和尚因助唐有功，受到唐太宗的封賞，賜田千頃，水碾一具，並稱少林僧人為僧兵，從此，少林寺名揚天下，被譽為天下第一名剎。
至唐宋年間，少林寺擁有土地14000多畝，寺基540畝，樓臺殿閣5000餘間，僧徒達2000多人。達摩開創的禪宗教派在唐朝興盛，是唐代佛教最大宗派。
宋仁宗慶曆三年(1043年)慶曆新政失敗後，留心空宗者始於汴京(今開封)設立禪院。
北宋元佑八年(1093年)左右，報恩禪師在少林寺弘揚曹洞宗風，終使少林寺"革律為禪"。
元明清
元代初，世祖命福裕和尚住持少林，並統領嵩嶽一帶所有寺院。福裕和尚住持少林期間，創建了鐘樓、鼓樓，增修廊廡庫廚，僧徒雲集至此演武禮佛。
嘉靖時期，日本倭寇襲擾中國沿海，少林僧侶抗倭有功，因此政府大規模修整寺院，少林寺還享有官府所賜予的免除糧差等特權。其後，少林僧人至少有六次被明朝政府徵調，參與戰事，並屢建功勳，所以朝廷又多次為少林寺樹碑立坊修殿，而少林功夫在中國武術界的權威地位也得以確立。
康熙四十三年(1704年)，康熙皇帝親書少林寺(原掛於天王殿，後移至山門)、寶樹芳蓮(原掛於大雄寶殿，後被火焚)二方匾額。
雍正十三年(1735年)，雍正皇帝親覽寺院規劃圖，審定方案，重建山門，重修千佛殿，少林寺這次大修繕和改建耗銀達九千兩。
乾隆十五年(1750年)，乾隆皇帝親臨少林寺，夜宿方丈室，寫下眾多詩詞、匾額。
中華民國
中華民國民國初年，革命黨人與北洋政府內戰，少林寺屢遭戰火之災。
民國元年(1912年)，登封縣僧會司僧會雲松恆林和尚被地方士紳推舉為少林保衛團團總，他購置槍械，組織保衛團，訓練戰技以維持當地秩序。
民國九年(1920年)秋，恆林率民團與土匪十戰，環寺數十村得以安居樂業，被譽為少林活佛。
中華人民共和國
中華人民共和國建立以後，特別是二十世紀八十年代政府頒佈新的宗教政策以來，隨著國家的開放政策和全球多元文化時代的到來，少林寺繼承和發揚自己獨特的優良傳統，先後恢復禪堂，每年舉行精進禪七。收集整理古籍善本，少林寺藏經閣已被國家列為全國古籍重點保護單位，並整理出版《中國佛教醫藥全書》、《中華武藏》等多部著作。
文革結束後，少林寺修繕重建，現存建築當中包括著名的大雄寶殿、達摩面壁石等均屬仿古重建建築，但一些地方如古代練武場、塔林及部分石刻仍屬於古代的原物遺存。
1997年，河南少林寺實業發展有限公司正式成立。
2001年開始，鞏義慈雲寺、滎陽洞林寺、大連永清寺、新密超化寺等四面陸續成為少林寺下院，截至2016年3月，少林寺下院已有17家(詳細名單見"少林下院"目錄，其中昆明少林寺是官渡古鎮四所寺廟聯合託管，對外統稱"昆明少林寺"。) 。
2006年3月22日，時任俄羅斯總統普京拜訪少林寺，觀看少林功夫表演，他是少林歷史上第一位拜訪少林寺的國外元首。
2009年，少林寺成立豐盈行有限公司，興建中國大陸以外首個少林寺暨海外少林文化中心總部(簡稱香港少林寺)。
2010年8月1日，第34屆世界遺產大會被聯合國教科文組織審議通過，天地之中歷史建築群(少林寺(常住院、初祖庵、塔林)、東漢三闕(太室闕、少室闕、啟母闕)、中嶽廟、嵩嶽寺塔、會善寺、嵩陽書院、觀星臺)被列為世界文化遺產。
2011年，少林寺領先各大門派，在臺灣苗栗縣設立臺灣首座武術學校。
2015年2月23日，少林寺方丈釋永信向新南威爾士州肖爾黑文市市長支付約416.2萬澳元(約2040.5萬人民幣)的支票，結清購地所有款項。該項目計劃建造一座少林寺澳洲分寺。
