1948年四月。瀋陽戰情緊迫。國民黨政府預感到瀋陽難保，國民黨當局準備將瀋陽文獻、文物，包括瀋陽故宮的《四庫全書》運往北平。為此，國民黨教育部特聘國立瀋陽博物院籌備委員會主任委員金某某為東北文物遷運保管委員會主任委員。馬衡、袁同禮、於子水、楊振聲等為委員。5月6日在北平召開第一次委員會會議，研究遷運問題。會議一致反對《四庫全書》遷運，認為《四庫全書》在內地還有三部（承德文津閣、杭州文淵閣、北京故宮文淵閣），瀋陽文溯閣《四庫全書》太重，需費大巨，一時不易運出，決定從緩辦理。這次會議，教育部頗為不滿。5月22日教育部長朱家驊給“金某某”一封措辭嚴厲的信，責令《四庫全書》連同其他油文老檔及上年接收長春偽皇宮善本悉數遷運，“否則，萬有意外，則將來誰負其責！”
國民黨當局遷運《四庫全書》之舉，遭到了各方面的反對，瀋陽博物院籌備委員會委員閻文儒稱《四庫全書》關係東北文化之啟迪，公開反對遷運。負責為《四庫全書》遷運借墊運費的國民黨東北“剿總”衛立煌考慮到《四庫全書》遷運影響甚大，恐動搖民心士氣，6月4日致電教育部長朱家驊，商請緩辦。金某某也以各種藉口予以拖延。6月16日他再次致函教育部長朱家驊：“文溯閣”《四庫全書》遷運一事現正積極洽辦，惟以所請運費150億元未奉核准，是以無法起運。7月1日教育部東北文物遷運委員會召開第二次會議，教育部特派教育司司長英千里參加，會上仍遵教育部指示將《四庫全書》運平保管。
然而，《四庫全書》太多，遷運談何容易。全書原以七冊或八冊裝成一大匣，共6138匣，總計重量31000公斤。木匣全部用樟木製成，當時，籌劃以十匣裝成一箱方無損壞之憂。共需木箱670個（含文溯閣藏古今圖書集成、四庫全書總目、考證、分架圖等600餘匣），所需制箱及包裝費用最低估計約為80億元。當時國民黨已經風雨飄搖，此項鉅款難以籌措。11月2日，瀋陽和東北全境解放，國名黨遷運瀋陽文溯閣《四庫全書》的計劃成為泡影。。
