2017年5月9日，方正科技收到中国证监会《行政处罚决定书》，证监会认定方正科技在2004至2015年各期年报中未披露重大关联交易事项。证监会对公司责令改正，给予警告并处以60万元罚款。随后，大批受损投资者向法院提起了索赔之诉，根据公司公布数据显示，截至2019年3月18日，方正科技索赔案件共计915件，合计涉诉金额为15866余万元。
2019年5月7日，方正科技发布公告称收到上海金融法院送达的《民事判决书》，法院判决四名投资者胜诉，公司应赔偿金额27万余元。法院判决认定：方正科技虚假陈述行为的实施日为2005年3月19日，揭露日为2015年11月20日，基准日为2016年1月5日。在2005年3月19日至2015年11月20日之间买入，并在2015年11月20日之后卖出或继续持有产生损失的，损失与虚假陈述行为存在因果关系，投资者可以依法主张赔偿。法院结合投资者的实际交易及同期指数情况，酌情扣除了因系统性风险因素导致的损失。
方正科技不服一审判决，随即提出了上诉。二审于2019年6月份开庭审理，双方争议焦点，主要集中在系统风险损失的扣除上。
上海大邦律师事务所李翔律师表示，由于目前二审主要是在系统风险扣除比例上存在争议，二审改判方正科技不承担赔偿责任的概率相对较小。二审判决为终审判决，如果对方不启动再审程序，根据《上海金融法院关于证券纠纷示范判决机制的规定（试行）》，判决生效后将作为示范判决为后期大量同类案件提供裁判标准，预计之后审理速度将全面提升。凡是在2005年3月19日至2015年11月20日之间买入方正科技股票（600601），并在2015年11月20日之后卖出或继续持有的而发生损失的投资者，都可以继续报名参加维权诉讼。考虑到广大投资者已经因虚假陈述行为遭受较大损失，此类案件一律采取风险代理的方式，在股民成功获赔后按照一定比例支付适当律师费。本案的诉讼时效将于2020年5月份到期，建议符合索赔条件的股民积极行权，避免错过维权良机。
