努爾哈赤一生留下了許多疑團，除了努爾哈赤死因之謎 之外，他的姓氏問題也一直被人們所關注和研究。據相關文獻記載，關於努爾哈赤的姓氏主要有六種說法，分別是：佟、童、崔、雀、覺羅和愛新覺羅。
努爾哈赤姓什麼還是一個謎，很多研究人員花了很多精力來研究此事。專家們曾在《清太祖姓氏之謎》裡考證了很多史料，嘗試解答努爾哈赤姓什麼這個問題。專家指出，努爾哈赤的姓氏之所以會成為一個謎，是因為當時的滿族還沒有文字，所以沒有留下相關的文獻記載。除此之外，清朝官員在編修《明史》的時候，會刪掉或篡改對清朝皇室不利的歷史，所以比起清朝皇室先祖的事，他們更喜歡編一些神話來隱瞞。
1、愛新覺羅
據《清太祖實錄》中的記載，清朝皇帝都認為自己的姓氏是愛新覺羅。對於這個姓氏，有這樣一個傳說：有三個仙女在池裡沐浴的時候，一隻神鵲鵲銜來了一個果子，後來果子落在了仙女的衣服上。仙女很喜歡這個果子，把它吞進了肚子裡。後來那個仙女懷孕了，生下一個男孩，這個男孩剛出生就可以說話，長得也很奇怪。仙女告之他姓愛新覺羅，而他也就是清朝皇帝的祖先。
神話故事是虛幻的，但是努爾哈赤姓愛新覺羅卻成為了大家公認的事。不過有專家考證，努爾哈赤或許並不姓愛新覺羅，而姓佟，因為明清之際的很多學者曾作了大量的記載，說努爾哈赤姓佟。
2、“童”或“佟”
據專家考據，明朝和朝鮮的文獻都有記錄，努爾哈赤姓佟或童。努爾哈赤曾經是明朝的建州衛官員，先後八次到北京嚮明朝萬曆皇帝朝貢。明人或明清之際的學者，做了少量的記錄，都說努爾哈赤姓佟。並且努爾哈赤曾同朝鮮打交道數十年，朝鮮文獻也留下少量記錄。《建州紀程圖記》有如下記錄：萬曆二十四年(1596年)正月，努爾哈赤向朝鮮國王回帖雲：“女真國建州衛牽制夷人之主佟努爾哈赤稟”等等。而在朝鮮文獻更多的是把“佟”寫作“童” 。
3、“雀”或“崔”
努爾哈赤的姓氏除了佟或童的說法以外，朝鮮人還有記錄稱他姓雀或姓崔。這種說法起源於仙女吞服神鵲留下的果子而生下清朝皇帝祖先的神話，因而風聞努爾哈赤姓雀。並且滿洲祖先曾把烏鵲作為圖騰，這些都能把清朝皇室姓氏同“鵲”或“雀”相聯絡。
也有學者提出意見，以為努爾哈赤姓“崔”是因為朝鮮語中，崔的發音介乎於漢語缺和吹之間，與“覺羅”中“覺”字音鄰近，於是疑心崔姓是起源於“覺羅”的誤讀。
直到現在，由於史料記載不詳細，所以努爾哈赤的姓氏是什麼至今還是一個謎。
