使用抗生素，必須瞭解各種抗生素相應的抗菌譜和藥學特點，醫師應根據其臨床適應證正確選用抗生素。
應用廣譜抗生素或多個抗生素聯合應用時，應注意抗生素相關腹瀉和真菌感染，需密切追查痰、尿、便內是否出現菌絲。必要時應加用口服抗真菌藥。
嚴格掌握廣譜抗生素應用的劑量和時間，劑量不宜過大，除敗血症和顱內感染，一般用藥7～10天，儘早改用窄譜的抗生素，以免繼發真菌感染。
對於病毒感染，抗生素不但不能起到作用，反而會造成病情貽誤。腺病毒、柯薩奇病毒、流行性乙型腦炎病毒、漢坦病毒、EB病毒感染時可能造成外周血白細胞和粒細胞升高，易誤診為細菌感染。當發現病原為病毒時，常規情況下不應使用抗生素。
抗生素相關性腹瀉（AAD）是應用抗生素後發生的、與抗生素有關的腹瀉，其發病機制複雜，腹瀉可由抗生素使用後的糖類代謝異常、膽汁酸代謝障礙、胃腸肽分泌失調等引起。其中，乳糖不耐受是嬰幼兒AAD重要的發病機理之一。
嬰幼兒生長髮育旺盛，發育期特別容易受到藥物的干擾。氨基糖甙類抗生素如慶大黴素、鏈黴素、卡那黴素、妥布黴素等均具有耳毒性，可致前庭功能障礙和聽神經發育不良，導致視力減退、眼球震顫、噁心嘔吐、共濟失調、永久性耳聾等不良後果。而四環素類抗生素則能影響骨骼和牙齒的發育，致牙齒永久黃染、發黑，牙釉質發育不良及齲齒。
抗生素過量使用將對嬰幼兒脆弱的肝腎功能產生不利影響。紅黴素類、四環素類、喹諾酮類、氯黴素類、青黴素類等抗生素易造成肝臟損害，表現為肝腫大、肝轉氨酶升高、黃疸等；氨基糖甙類、頭孢菌素類、多肽類等抗生素易造成腎臟損害，通常表現為蛋白尿、血尿等，甚至發生氮質血癥。濫用抗生素也可引發血液系統的變化，使白細胞或血小板減少，出現臨床出血現象等。
此外，抗生素過敏也不可忽視。嬰幼兒對抗生素過敏時可出現皮疹、藥物熱、血管神經性水腫等症狀，嚴重者可發生過敏性休克，危及嬰幼兒生命，損害臟器功能。
一旦抗生素的劑量不足以有效殺滅病原菌，或種類與病原菌不“匹配”，很容易造成細菌耐藥，產生如里約海域中的“超級細菌”，令被稱為“最後一道防線”的多粘菌素或萬古黴素失效，由此引起的疾病將很難被治癒。
