使用抗生素，必须了解各种抗生素相应的抗菌谱和药学特点，医师应根据其临床适应证正确选用抗生素。
应用广谱抗生素或多个抗生素联合应用时，应注意抗生素相关腹泻和真菌感染，需密切追查痰、尿、便内是否出现菌丝。必要时应加用口服抗真菌药。
严格掌握广谱抗生素应用的剂量和时间，剂量不宜过大，除败血症和颅内感染，一般用药7～10天，尽早改用窄谱的抗生素，以免继发真菌感染。
对于病毒感染，抗生素不但不能起到作用，反而会造成病情贻误。腺病毒、柯萨奇病毒、流行性乙型脑炎病毒、汉坦病毒、EB病毒感染时可能造成外周血白细胞和粒细胞升高，易误诊为细菌感染。当发现病原为病毒时，常规情况下不应使用抗生素。
抗生素相关性腹泻（AAD）是应用抗生素后发生的、与抗生素有关的腹泻，其发病机制复杂，腹泻可由抗生素使用后的糖类代谢异常、胆汁酸代谢障碍、胃肠肽分泌失调等引起。其中，乳糖不耐受是婴幼儿AAD重要的发病机理之一。
婴幼儿生长发育旺盛，发育期特别容易受到药物的干扰。氨基糖甙类抗生素如庆大霉素、链霉素、卡那霉素、妥布霉素等均具有耳毒性，可致前庭功能障碍和听神经发育不良，导致视力减退、眼球震颤、恶心呕吐、共济失调、永久性耳聋等不良后果。而四环素类抗生素则能影响骨骼和牙齿的发育，致牙齿永久黄染、发黑，牙釉质发育不良及龋齿。
抗生素过量使用将对婴幼儿脆弱的肝肾功能产生不利影响。红霉素类、四环素类、喹诺酮类、氯霉素类、青霉素类等抗生素易造成肝脏损害，表现为肝肿大、肝转氨酶升高、黄疸等；氨基糖甙类、头孢菌素类、多肽类等抗生素易造成肾脏损害，通常表现为蛋白尿、血尿等，甚至发生氮质血症。滥用抗生素也可引发血液系统的变化，使白细胞或血小板减少，出现临床出血现象等。
此外，抗生素过敏也不可忽视。婴幼儿对抗生素过敏时可出现皮疹、药物热、血管神经性水肿等症状，严重者可发生过敏性休克，危及婴幼儿生命，损害脏器功能。
一旦抗生素的剂量不足以有效杀灭病原菌，或种类与病原菌不“匹配”，很容易造成细菌耐药，产生如里约海域中的“超级细菌”，令被称为“最后一道防线”的多粘菌素或万古霉素失效，由此引起的疾病将很难被治愈。
