1368年，明太祖朱元璋的軍隊成功打下北京，元順帝跑回蒙古大草原，史稱北元。至此，明朝基本完成統一，國都選址問題日漸提上日程，而明太祖最終建都南京。
朱元璋畫像
出於經濟上的考慮，太祖建都南京
朱元璋之所以定在南京，主要是因為江蘇，浙江等地自古經濟發達，是全國重要的糧食和棉花產區。國都作為經濟，政治中心，處理政務需要官員，守備國都需要軍隊。這些人吃穿用度，不得不需要南方的糧食來養活，別的地方諸如洛陽，開封交通不便，運輸糧食需要極大的人力物力，對於一個急需休養生息的初建王朝來說困難重重。於是出於經濟原因他決定定都南京。
經濟問題解決了，軍事問題怎麼解決？
那麼，另外一個問題出現了，元順帝雖然跑了，但他的軍事力量損失不大，還擁有相當多的軍隊，並且隨時準備反攻北京。所以必須派重兵守衛北方，皇帝坐鎮南京，派誰去？朱元璋手下猛將如雲，但這些人他並不信任，這麼多軍隊，一旦叛變後果不堪設想。將來為了子孫還是要除掉他們的，這是後話。外人不行自己人還是放心的，於是他把自己的兒子派到邊關地區，封給他們土地。其中，燕王朱棣封在北京，寧王封在熱河，晉王封在山西，秦王封在陝西，遼王封在遼東，代王封在大同，肅王封在甘肅。每個王配有軍隊，鎮守一方，防止蒙古軍南下。朱元璋覺得這個辦法還是比較穩妥的，長舒一口氣。
朱棣畫像
明成祖入主南京，面臨同樣的問題
朱棣發動“靖難之役”後，成為明成祖。但他面臨太祖同樣的問題：自己跑到了南京。另外，他南下之前綁票了熱河的寧王，帶走了寧王的蒙古騎兵，這樣，長城以北能抵抗蒙古軍進攻的力量便沒有了。有了自己的前車之鑑，更不可能派任何人駐守北京。因此，成祖不得不自己跑到北京指揮軍隊，部署防禦，理所當然他的辦事機構隨他一塊搬到北京，北京慢慢變成了政治中心。而後他就開始著手修建北京城，久而久之政治中心就由南京轉移到北京來，北京便成為了國都。
吃飯問題仍需解決
本來北方就需要大量軍隊防守，現在皇帝帶著眾多官員搬到了北京，這些人吃飯又成了問題。依靠北方几個省份產的糧食遠遠不夠，需要從南邊運糧食過來，當時通過陸地運輸糧食效率很低，水路是最好的辦法，南方的糧食集中裝船通過運河北上。養活北京這些人。這樣一來運河的安全就顯得尤為重要。明朝為此專門設立了一個機構，派軍隊保護運河沿線，後來的清朝也是如此。
明故宮遺址
陪都的由來
北方的問題解決了，南方呢？南方出事了怎麼辦？南京便作為陪都出現了。南京辦事機構與北京差不多，除了沒有皇帝，其他都一樣，南京也有六部，只不過陪都的六部沒有實權，這些官員沒什麼事可做，大部分是官場不得志或被排擠的人。
這樣安排一是方便南方的管理，有什麼事就近處理。二是保護運河這條經濟命脈。再一個便於非常時期遷都，不過這個功能一直沒用上，于謙阻止遷都拯救了大明王朝，崇禎的大臣阻止遷都卻加速了明朝的滅亡。
總的來講朱棣遷都北京還是很明智的，明清兩朝都以此為首都，也為新中國定都北京打下基礎。
