辣椒的生育期较长，需水量也较大。整个生长发育期为 130天左右，每 667平方米需水量为 546立方米，平均每天需水量为42立方米。辣椒各个时期的水肥管理很重要。
1、苗期的水肥管理
辣椒育苗有露地育苗和设施育苗两种，大多数地区都采用设施育苗。其方法有酿热物温床育苗、塑料薄膜覆盖冷床育苗、大棚育苗和快速育苗等。育苗时间一般都长达100~120天。因此，苗床上要选用有机质含量高和团粒结构良好并且未栽培过茄果类蔬菜的土壤。在苗床中要施用腐熟的优质有机肥，一般每10平方米左右的苗床可施用150~200千克有机肥，与苗床土充分混合均匀后，再撒施过磷酸钙1~2千克，翻耕3~4遍，整平后浇足底水，准备播种。在育苗期一般不追肥。如果幼苗生长发育缓慢，叶片狭小，茎秆细弱，可以在定植前15~20天，随水追施硫酸镀或者三元复合肥1千克左右。
2、定植前的水肥管理
由于辣椒的生长期较长，尤其是越复栽培的辣椒，生长期长达7~8个月，并且辣椒根系较浅，耐肥性强，所以施足基肥非常必要。一般每667平方米施腐熟的优质有机肥 5 000~8 000千克。基肥可以用人粪尿、猪圈粪和土杂肥等，同时要注意磷、钾肥的配合施用。可以将过磷酸钙按每667平方米25~30千克和有机肥沤制后再使用，还可以混入硫酸钾25~30千克。施肥方法是，在整地前撒施60%的基肥，定植时再按行距沟施剩余的40%。这种撒施与沟施相结合的方法，既有长效作用，又有利于发小苗。然后做畦浇足底水，一般每667平方米浇水量为 60~80立方米。
3、定植后的水肥管理
辣椒定植后，叶片、花器官和果实形状的变化，都可以反映出植株的养分状况。养分状况适宜时，叶片宽。氮素过多，养分不平衡时，则长成狭长、扭曲的船底形叶片。养分状况适宜时，产生短花桂花；养分缺乏时，产生中花柱花；进一步缺乏会产生长花柱花，这种花不能自花授粉，容易落花。养分状况适宜时，果实生长发育快，形成正常果实；养分缺乏时，果实不能正常膨大，或者生长发育慢，延迟采收时间。
辣椒定值时，可以采用粪水稳苗的方法来移栽，或者在浇缓苗水的时候，结合追施稀粪水，一般每667平方米浇水量为40~60立方米。叫蹲苗结束以后，门椒以上的茎叶已经长出3~5节，果实长至核桃大小时，可结合浇水追施腐熟的人粪尿，每667平方米施用稀粪水的医为 2000~2500千克，浇水量为每 667平方米 50~70立方米。15天后追施第二次肥料，施用量和浇水量同前。这个时期以后，辣椒植株秧果繁茂，短枝分生很多，进入果实采收期。这时为了防止雨季债株倒伏，可以结合培土，每 667平方米追施腐熟有机肥 1500~2000千克，或者硫酸铝 20~25千克，有利于植株壮秧保果。培土后要及时浇缓秧水，促进植株根系恢复正常生长。一般每667平方米浇水量为50~70立方米。
进入雨季后，为了防止雨后脱肥，可追施化肥1次，每667平方米追施硫酸铰20~25千克，以促进植株继续开花结果。雨季过后，辣椒植株进入复壮期，需及时追肥和浇水，追肥和浇清水交替进行。一般追肥2~3次，浇水4~5次，追肥量为每667平方米施硫酸按15~20千克，浇水量为每667平方米40~60立方米。天气凉爽后，可以追施粪水，促进早开花，早坐果，早成熟。开花结果期，也可以进行叶面追肥，喷施05%尿素加0.2~0.3%磷酸二氢钾溶液，以增加辣椒结果数和提高果实品质。
