（一）對預徵地協議的處理
1.在集體土地報批徵收前，村民先與村集體簽訂預徵地協議，市、縣人民政府在上級行政機關未作出徵地批覆之前也未使用土地的，該預徵協議因生效的條件尚未成就，對集體經濟組織、被徵地農戶等權利義務尚不產生實際影響，原則上不可訴。
2.預徵地協議生效條件成就後，協議雙方在履行協議過程中發生糾紛的，應當參照《合同法》和《中華人民共和國行政訴訟法》確定相應的時效。協議一方訴請解除協議等的，時效可以自市、縣人民政府發佈徵地公告之日起計算。
3.在預徵地協議履行過程中，集體經濟組織以及被徵地農戶等權利人對有關行政主體對協議涉及的有關地上附著物數的調查認定行為不服提起行政訴訟的，人民法院結合案件具體情況，可以立案受理。
（二）土地徵收批准文件（徵地批覆）兩年內未實施的效力問題
《國土資源部關於印發〈關於完善農用地轉用和土地徵收審查報批工作的意見〉的通知》（國土資發〔2004〕237號）第十四條規定：“農用地轉用和土地徵收批准文件有效期兩年。農用地轉用或土地徵收經依法批准後，市、縣兩年內未用地或未實施徵地補償安置方案的，有關批准文件自動失效。”據此，徵地批覆失效的前提條件為市、縣兩年內未用地或未實施徵地補償安置方案等。因被徵地農戶等得到徵地補償款和具體獲得安置，僅為市、縣人民政府以及土地行政主管部門具體實施徵地補償安置方案的階段性行政程序，故不能僅以被徵地農戶等是否得到徵地補償款和實際獲得安置，作為市、縣人民政府以及土地行政主管部門是否具體實施徵地補償安置方案的依據。人民法院在具體司法實踐中，仍應具體問題具體分析。
（三）對新農村建設中協議搬遷的處理
新農村建設中的協議搬遷，應當堅持村民自願原則。在不改變農村集體土地性質的前提下，經上級人民政府批准同意和村民大會、村民代表大會審議後，基於新農村建設需要，鄉鎮人民政府或者村委會在平等、自願、協商一致的基礎上與村民簽訂搬遷補償協議，人民法院可以支持。未達成協議，村民未主動交出房屋而引發的違法強制拆除案件，人民法院宜通過協調化解結案，並確保用於安置的房屋標準不低於原居住房屋標準；無法協調化解的，可以判決鄉鎮人民政府或者村委會依法承擔相應的賠償責任。
（四）對《中華人民共和國土地管理法》第五十八條第二款有關“適當補償”的理解
《中華人民共和國土地管理法》第五十八條規定，為公共利益需要使用土地的，或者為實施城市規劃進行舊城區改建，需要調整使用土地的，有關人民政府土地行政主管部門報經原批准用地的人民政府或者有批准權的人民政府批准，可以收回國有土地使用權，對國有土地使用權人應當給予適當補償。土地使用權人不服的，一般應當以作出收回土地決定的土地行政主管部門為被告。
土地行政主管部門可以在作出收回土地決定時一併補償，也可另行作出補償決定書。對收回的國有土地的“適當補償”也即公平合理補償。原則上應當按照《城鎮土地估價規程》通過評估來確定被收回國有土地的市場價值。對於行政機關作為補償決定依據的評估報告，人民法院可以對作出評估報告的程序、評估方法等是否合法進行審查。評估方法的確定應當依法在收益還原法、市場比較法、成本逼近法、剩餘法、基準地價係數修正法等中科學合理選擇，既應考慮國土資源部的技術規範，也應考慮案件所涉土地使用權的使用現狀以及收回國有土地使用權的目的和用途。
