2015年的亞冠恆大再次染指冠軍，並沒有讓中超的名額超過日韓，依然是 2+2的名額。但2016年亞冠對於中超而言，也是結束了恆大一家獨大的局面。多年奮勇當先讓恆大被對手吃透也有些疲憊，可喜的是參賽的四隊中，上海上港作為新軍成為了恆大的翻版，他們在2015年逐漸崛起。山東魯能多年參賽也終於有些進步，同樣讓人眼亮的還有二次參賽的江蘇蘇寧。
本屆亞冠和去年一樣，諸多小國冠軍和一些豪門參加附加賽。山東魯能首戰6:0擊敗來自印度的莫亨巴甘。而香港傑志0:1不敵河內，香港球隊再一次無緣正賽。資格賽最後一輪，山東魯能客場2:1擊敗宿敵阿德萊德，勇闖正賽。而上海上港初次亮相就3:0大勝蒙通聯。日韓球隊中，東京FC9:0大勝春武裡，而浦項制鐵3:0擊敗河內。西亞區，老牌勁旅本尤德科2:0取勝，伊蒂哈德 2:1取勝約旦球隊，阿爾薩德加時不敵對手出局，而德黑蘭獨立也主場不敵武裝體育。昔日強隊都有些沒落。
江蘇蘇寧第二次參賽，和全北現代、東京FC、越南平陽一組。首戰蘇寧客場1:1戰平平陽，失去計劃中的3分。次戰主場3:2力擒全北現代也算爆出冷門。第三戰客場0:0力平東京，3戰5分形勢不錯。第四戰蘇寧主場1:2不敵東京，這場比賽非常遺憾，而且也讓形勢不容樂觀，隨後主場3:0再勝平陽，五輪過後東京小組第三，反而形勢最好，他們只要最後戰勝最弱的平陽就可以出線，而蘇寧想要出線必須雙殺全北，這個是巔峰恆大時期都沒有做到過的。最終蘇寧 2:2戰平全北，遺憾出局，但兩回合對全北拿到4分也是破了中超紀錄。
山東魯能與首爾FC、廣島三箭、武裡南聯同組，這三隊都曾經是魯能的老對手了。首戰魯能客場2:1擊敗廣島，佔據出線先機。次戰主場3:0再勝武裡南，面對韓國球隊魯能依然疲軟，主場1:4敗下陣來。第四戰，魯能客場0:0力平首爾，拿下寶貴一分。第五戰魯能主場1:0雙殺廣島並提前一輪出線，魯能自2005年小組強勢出線後11年第二次從小組賽出線。末戰魯能客場 0:0戰平武裡南。
上海上港首次參賽與水原三星、大阪鋼巴、墨爾本勝利同組，本組實力不俗，沒有絕對弱者。首戰上港客場1:2不敵墨爾本，中超球隊再次飲恨澳洲。次戰主場2:1擊敗水原，隨後主場2:0、客場2:1雙殺大阪鋼巴，對陣日韓三連勝。第五輪主場3:1復仇墨爾本，豪取四連勝鎖定小組第一提前出線，這也是恆大沒能做到的。末輪上港0:3不敵水原，最終與墨爾本攜手晉級。
廣州恆大作為衛冕冠軍，與浦和紅鑽、浦項制鐵和悉尼FC同組。首戰恆大0:0悶平浦項，次戰客場1:2不敵悉尼，隨後主場2:2被浦和逼平，3戰僅2分讓恆大失去往日光彩，出線也岌岌可危。第四戰恆大客場0:1不敵浦和，落後浦和已經5分，出線已幾乎不可能。第五輪恆大客場2:0擊敗浦項，而悉尼和浦和戰平攜手出線，恆大提前一輪出局。最後一戰恆大主場 1:0擊敗悉尼，兩連勝結束本屆亞冠。恆大的出局也讓東亞區球隊重新有了爭奪冠軍的砝碼。
西亞區，伊蒂哈德、本尤德科、棉農還有上賽季亞軍迪拜阿赫利都紛紛落馬。阿爾艾因、佐伯阿漢、阿爾希拉爾等紛紛晉級。十六強賽中，卡塔爾內戰，萊赫維亞主場0:4不敵武裝體育，而客場4:2取勝，遺憾出局。阿爾希拉爾被火車頭淘汰，阿爾艾因3:1擊敗佐伯阿漢進入八強。
東亞區，山東魯能遭遇悉尼FC，主場落後情況下頑強扳成1:1，隨即客場在1:2落後情況下上演讀秒絕平好戲，最終依靠客場進球多再次晉級八強。上港遭遇東京FC，最終客場1:2、主場1:0
逆轉對手打入八強。全北現代總比分3:2淘汰墨爾本，而浦和紅鑽則是兩回合與首爾各勝一場最終加時出局。日本球隊全軍覆沒，中韓各有兩隊闖入八強，魯滬需要分別奮戰抗韓。
八強戰中，山東魯能再遇首爾FC，客場1:3敗陣，主場1:1平局，雖然面對首爾還是沒能逾越，但魯能並沒有往日的崩盤，打進八強已然非常不錯。而上港遭遇全北現代，主場0:0戰平對方，到了客場半場依然0:0，下半場全北發力打入5球，最終5:0血洗上港。雖然被血洗，但上港首次參戰就挺入八強，可以成為中超新勢力了。阿爾艾因兩回合1:0險勝火車頭進入四強，武裝體育4:0雙殺對手晉級。
半決賽中，韓國球隊再次內戰，全北主場強勢4:1擊敗首爾，客場1:2小負對方後順利進入決賽。阿爾艾因總比分 5:3淘汰武裝體育，時隔11年重回決賽。全北是每隔5年進入一次決賽，兩個昔日冠軍會師。決賽中，全北主場2:1、客場1:1擊敗阿爾艾因，連續5年把冠軍獎盃留在東亞，同時時隔10年再次登頂，可謂十年磨一劍。
而中超球隊中，魯滬勇闖八強開創了新局面。亞冠改制以來，中超從低迷任宰國安偶有曇花一現到經歷了恆大崛起一家獨大，而今進入到了群雄並起階段，接下來，以上港等新興勢力為代表的中超球隊繼續為衝擊亞冠而奮鬥著。
