单细胞ATAC-seq应用解析
2019-03-22 09:39
前言
单细胞测序是近年来最热门的技术之一。其中单细胞ATAC-seq就是从单细胞水平上研究染色质开放性，主要用于转录调控序列的检测，结合单细胞RNA-seq，便可以分析出基因组中所有活跃转录的调控序列。该技术已经被广泛应用于多个研究领域，例如： 肿瘤异质性研究、基因调控网络分析、细胞谱系示踪、生物标记物发现等。
首先是，为什么要做ATAC-seq？
Nature communications的一篇文章的测试结果告诉我们ATAC-seq技术具备着明显的技术优势，与ChIP-seq技术只能获得单一转录因子的调控序列相比，ATAC-seq获取的信息要多，并且ATAC-seq技术比FAIRE-seq与DNase-seq技术需要的样本量更少，需要的实验准备时间更短，这表明我们可以通过微量的样本获取到更加多的有用信息。
其次是怎么做单细胞ATAC-seq？
只要老师解离好细胞样品，并且细胞活率>65%，其余交给我们欧易生物就可以啦。
最后是，运用单细胞ATAC-seq技术，我们可以实现哪些实验目的？
通过single cell ATAC-seq技术我们可以获得在该特定时空下单个细胞基因组中所有的处于松散状态的核酸序列，真核细胞通过将基因组DNA与组蛋白进行不同层次的折叠组装成染色质，这些精密组装信息在基因转录调控中起决定性作用。染色质区域的可接近性是特异性反式作用因子和顺式调控元件相互作用的前提。而单细胞的RNA-seq可以检测出特定时空下基因的转录表达。结合单细胞ATAC-seq技术与单细胞的RNA-seq技术便可以在单细胞水平分析出所有活跃转录的调控序列，这为研究其上游的转录因子提供了重要的指导。
文献引用
- 1. Jason D. Buenrostro, Paul G. Giresi, Lisa C. Zaba, Howard Y. Chang, and William J. Greenleaf. Transposition of native chromatin for multimodal regulatory analysis and personal epigenomics.Nat Methods. doi:10.1038/nmeth.2688.
- 2. Xi Chen , Ricardo J. Miragaia , Kedar Nath Natarajan & Sarah A. Teichmann .A rapid and robust method for single cell chromatin accessibility profiling. Nature communications .2018.9:5345 doi:10.1038/s41467-018-07771-0
分享到:
