血液凝固異常：高凝狀態
在最近幾年的研究中，這個領域吸引了很多優秀的研究人員，但是越來越多的前瞻性隊列研究表明，遺傳性的血栓形成傾向如第V因子Leiden，凝血酶原20110A突變，或者MTHFR C766T突變與複發性胚胎丟失之間，並沒有什麼關係。使用肝素進行預防性的治療，患者難以獲益。
學術界很久以前就發現獲得性血栓形成傾向，即抗磷脂抗體綜合徵(APAS)與複發性胚胎丟失之間的關係。妊娠相關性抗磷脂抗體綜合徵以及非妊娠婦女與血栓之間的診斷是有標準的。如果一位婦女既符合臨床又符合抗磷脂抗體綜合徵的實驗室診斷標準，在受孕前後服用肝素和阿司匹林會降低胚胎丟失，改善妊娠結局。
要注意的是，將早期複發性流產（小於10周）作為抗磷脂綜合徵的產科標準最近在學術界受到了質疑。仔細分析文獻資料發現，這些研究在方法上是有欠缺的。現在正在進行新的研究，以期在不久的將來，新的數據能公之於眾。
出血障礙
有些罕見疾病如異常纖維蛋白原血癥、XIII因子缺乏與中期妊娠出血性流產之間是有聯繫的。個案報道表明，對這類患者使用外源性的新鮮血漿進行治療，可以改善妊娠結局。這類患者的典型表現是胎盤早剝、胚胎丟失前有嚴重的陰道出血，家族史有助於遺傳性出血障礙的診斷。
子宮異常
有些作者提出縱膈子宮、雙角子宮和複發性胚胎丟失之間的關係。有人發現粘膜下肌瘤或息肉與複發性胚胎丟失之間的關係。由於這類文獻很少，而且都是觀察性的，而觀察是呈偏態的，所以診療時應該加以注意。子宮的超聲診斷結果或子宮輸卵管碘油造影結果是診斷的標準方法。在臨床實踐中，建議對子宮縱膈、宮腔粘連、粘膜下肌瘤和內膜息肉進行切除，但這方面缺乏隨機對照研究。
免疫因素
有些研究試圖描述母親和父親的免疫與複發性胚胎丟失之間的關係。然而，儘管有些小規模研究發現了各種各樣的相關性，使用糖皮質激素或靜脈注射免疫球蛋白並未提高活產率。
有個可以引起復發性胚胎丟失的免疫過程就是，胎盤中有各種類型的母親白細胞浸潤。這個炎症過程稱呼很多，如慢性絨毛膜炎，組織細胞性絨毛膜炎、不明原因的絨毛膜炎等，往往與複發性胎兒丟失以及重度胎兒宮內生長受限以及死胎有關，但這超出了早期妊娠的範圍。這種情況極其罕見，在早孕中不足1%，但這個病應該由經驗豐富的病理學家進行診斷。
內分泌因素
許多內分泌介導的疾病如臨床甲減、多囊卵巢綜合徵、尚未控制的糖尿病、黃體功能不足等都與複發性胚胎丟失有關。甲狀腺激素是影響到滋養細胞功能的。孕酮是支持早期妊娠的重要成分。
2010年，對亞臨床甲減（即甲狀腺功能正常但抗甲狀腺過氧化物酶陽性）進行治療以降低流產的研究，進行了評估。該研究表明，甲狀腺激素替代療法以減少流產，幾乎是沒有什麼意義的。
對於複發性胚胎丟失（3次或以上連續流產）使用孕酮治療的研究進行meta分析（4項研究，共計224位婦女），發現與安慰劑治療或不治療相比，流產率顯著下降。然而，這4項研究的方法是有瑕疵的。最近一項多中心、雙盲、安慰劑隨即對照研究發現，大劑量（每天400mg）的經陰道給藥對不明原因的複發性流產在6-12周時給予孕酮治療，在活產數上並沒有顯著的意義。因此，孕酮添加治療對5周之後的治療，似乎並不能讓人獲益。然而，這些數據並不能排除黃體期和早孕時（至6周）治療的好處。我國雖然是一個保胎治療的大國，但並沒有設計過一個嚴密的隨機、對照雙盲、多中心的研究。
多囊卵巢綜合徵在研究中被認為是複發性胚胎丟失的一個危險因素，這與結果是衝突的。最近的研究使這一結論更不明確，特別是使用二甲雙胍的病人，並沒有降低妊娠丟失的發生率。肥胖以及糖尿病被認為是複發性流產的獨立因素。因此，這類病人應該在受孕前降低體重指數、控制血糖，以提高接下來的活產率。
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