血液凝固异常：高凝状态
在最近几年的研究中，这个领域吸引了很多优秀的研究人员，但是越来越多的前瞻性队列研究表明，遗传性的血栓形成倾向如第V因子Leiden，凝血酶原20110A突变，或者MTHFR C766T突变与复发性胚胎丢失之间，并没有什么关系。使用肝素进行预防性的治疗，患者难以获益。
学术界很久以前就发现获得性血栓形成倾向，即抗磷脂抗体综合征(APAS)与复发性胚胎丢失之间的关系。妊娠相关性抗磷脂抗体综合征以及非妊娠妇女与血栓之间的诊断是有标准的。如果一位妇女既符合临床又符合抗磷脂抗体综合征的实验室诊断标准，在受孕前后服用肝素和阿司匹林会降低胚胎丢失，改善妊娠结局。
要注意的是，将早期复发性流产（小于10周）作为抗磷脂综合征的产科标准最近在学术界受到了质疑。仔细分析文献资料发现，这些研究在方法上是有欠缺的。现在正在进行新的研究，以期在不久的将来，新的数据能公之于众。
出血障碍
有些罕见疾病如异常纤维蛋白原血症、XIII因子缺乏与中期妊娠出血性流产之间是有联系的。个案报道表明，对这类患者使用外源性的新鲜血浆进行治疗，可以改善妊娠结局。这类患者的典型表现是胎盘早剥、胚胎丢失前有严重的阴道出血，家族史有助于遗传性出血障碍的诊断。
子宫异常
有些作者提出纵膈子宫、双角子宫和复发性胚胎丢失之间的关系。有人发现粘膜下肌瘤或息肉与复发性胚胎丢失之间的关系。由于这类文献很少，而且都是观察性的，而观察是呈偏态的，所以诊疗时应该加以注意。子宫的超声诊断结果或子宫输卵管碘油造影结果是诊断的标准方法。在临床实践中，建议对子宫纵膈、宫腔粘连、粘膜下肌瘤和内膜息肉进行切除，但这方面缺乏随机对照研究。
免疫因素
有些研究试图描述母亲和父亲的免疫与复发性胚胎丢失之间的关系。然而，尽管有些小规模研究发现了各种各样的相关性，使用糖皮质激素或静脉注射免疫球蛋白并未提高活产率。
有个可以引起复发性胚胎丢失的免疫过程就是，胎盘中有各种类型的母亲白细胞浸润。这个炎症过程称呼很多，如慢性绒毛膜炎，组织细胞性绒毛膜炎、不明原因的绒毛膜炎等，往往与复发性胎儿丢失以及重度胎儿宫内生长受限以及死胎有关，但这超出了早期妊娠的范围。这种情况极其罕见，在早孕中不足1%，但这个病应该由经验丰富的病理学家进行诊断。
内分泌因素
许多内分泌介导的疾病如临床甲减、多囊卵巢综合征、尚未控制的糖尿病、黄体功能不足等都与复发性胚胎丢失有关。甲状腺激素是影响到滋养细胞功能的。孕酮是支持早期妊娠的重要成分。
2010年，对亚临床甲减（即甲状腺功能正常但抗甲状腺过氧化物酶阳性）进行治疗以降低流产的研究，进行了评估。该研究表明，甲状腺激素替代疗法以减少流产，几乎是没有什么意义的。
对于复发性胚胎丢失（3次或以上连续流产）使用孕酮治疗的研究进行meta分析（4项研究，共计224位妇女），发现与安慰剂治疗或不治疗相比，流产率显著下降。然而，这4项研究的方法是有瑕疵的。最近一项多中心、双盲、安慰剂随即对照研究发现，大剂量（每天400mg）的经阴道给药对不明原因的复发性流产在6-12周时给予孕酮治疗，在活产数上并没有显著的意义。因此，孕酮添加治疗对5周之后的治疗，似乎并不能让人获益。然而，这些数据并不能排除黄体期和早孕时（至6周）治疗的好处。我国虽然是一个保胎治疗的大国，但并没有设计过一个严密的随机、对照双盲、多中心的研究。
多囊卵巢综合征在研究中被认为是复发性胚胎丢失的一个危险因素，这与结果是冲突的。最近的研究使这一结论更不明确，特别是使用二甲双胍的病人，并没有降低妊娠丢失的发生率。肥胖以及糖尿病被认为是复发性流产的独立因素。因此，这类病人应该在受孕前降低体重指数、控制血糖，以提高接下来的活产率。
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