緊接桓玄事，桓玄面對劉裕起義大軍逼近建康，狼狽乘船逃回桓氏老巢荊州。但很快，桓玄率軍在崢嶸洲大敗，不久後便在逃亡路上被殺。隨後譙國桓氏也在劉毅等人的進攻之下屢屢失敗，最終譙國桓氏徹底敗亡。
桓玄兵敗崢嶸洲，喪命逃亡路
當初劉裕率領起義軍自京口起兵之時，桓玄認為應該把軍隊駐紮在覆舟山，等到劉裕起義軍到達時，再突然出兵迎擊，定然會重挫劉裕等人大軍。但劉裕、劉毅等人率軍一路勢如破竹，等到達覆舟山之時，接連擊敗桓玄部下吳甫之、皇甫敷等人。
這讓桓玄驚懼不已，忙派出桓謙、何澹之前去抵擋，並召集會道術的方士，前來施展道術對抗劉裕，洋相百出。而派出桓謙等人之後，桓玄還是不放心，又讓心腹殷仲文準備好舟船，帶著一種親信和滿船的書畫玩物，逃出了建康城。不久之後，劉裕擊敗抵擋的桓謙，入據建康。
桓玄狼狽逃回尋陽後，得到江州刺史郭昶之的補給和軍隊，這才稍稍安心。隨後，桓玄又裹挾著晉安帝，回到荊州江陵後，桓玄終於又恢復了囂張的氣焰。
桓玄命人在江陵設置百官，並組建大規模水軍，很快就招募到了兩萬名，水軍的樓船和兵器都顯得十分強盛的樣子。桓玄對此十分滿意，一點都沒有因自己被趕回荊州而羞愧，甚至還經常炫耀，要再度率軍東下。加之，桓玄在荊州大肆推行刑罰，更讓荊州士民與他離心離德。
桓玄沒有安穩多久，何無忌和劉毅等起義軍，擊敗了桓玄派出的何澹之等人後，率軍攻佔了尋陽，稍稍休整後就繼續向江陵進軍。自以為水軍強盛的桓玄，親自率軍前去迎擊何無忌和劉毅的起義軍，雙方在崢嶸洲交戰。
當時桓玄軍隊強盛，而長途奔襲而來的劉毅、何無忌的軍隊疲憊，但是桓玄還沒有交戰，就經常乘輕舟，在岸邊預演作戰失敗逃亡的路線，因此讓士兵逐漸失去鬥志。等到雙方交戰時，桓玄大軍果然大敗，桓玄燒燬輜重，就熟練地按照之前預演的逃亡路線，逃回了江陵。
等到桓玄返回江陵，老將馮該勸桓玄整軍再戰，但剛遭遇戰敗的桓玄，不敢再出戰，而是想著逃往梁州投奔梁州刺史桓希。不過，還沒等桓玄出發， 城中人心惶惶的士民發生動亂，桓玄驚慌之下決定出逃。等到桓玄帶著數百人心腹，到達城門時，遭到刺殺，桓玄狼狽逃到船上，追隨者已經所剩無幾。
原本桓玄還打算逃往梁州治所漢中，但是受到屯騎校尉毛修之的慫恿，決定前往蜀地。當時益州刺史毛璩，當時正好派軍送去世的寧州刺史毛璠返回江陵，結果雙方在江陵以西的枚回洲相遇。雙方於是展開了激烈交戰，桓玄一方部眾羸弱，很快敗下陣來。
益州督護馮遷趁機跳上桓玄的船，抽刀就要殺掉桓玄，桓玄驚懼之下，拔下頭上的玉飾，交給馮遷想要活命，結果馮遷一刀將桓玄殺死。
桓玄死時，只有三十六歲，雖倉篡權稱帝，但結果落得個讓人啼笑皆非的下場。
諸桓重返江陵，義軍大破諸桓
桓玄逃出江陵的第二天，之前奉命前去鎮守巴陵的桓玄舊將王稚徽，欺騙藏在華容浦的桓振說，桓歆已經攻下建康，馮稚已經攻下尋陽，劉毅所率的起義軍已經失敗。結果桓振信以為真，真的率軍前往江陵，當時劉毅的軍隊，因為擊敗桓玄還沒來得及趕到，桓振便佔據了將領。之前藏在沮中的桓謙，也率軍響應桓振來到將領，於是諸桓重新佔據江陵。
桓振回到江陵後，得知了桓玄之子桓昇被殺的消息大怒，想要殺掉住在南郡府中的晉安帝，但被桓謙勸阻。隨後桓謙將傳國玉璽，重新交還給晉安帝，桓振則自任八州諸軍事、鎮西將軍、荊州刺史，併為桓玄舉行喪禮，追諡桓玄為“武悼皇帝”。
桓振佔據江陵後，大肆殺戮，縱情享樂。很快，劉毅率軍前來擊敗王稚徽，何無忌又擊敗桓謙，並乘勝進攻重新被譙國桓氏佔據的江陵。桓振率軍前去抵抗，結果擊敗劉毅等人，劉毅等人重新退回尋陽。
次年，劉毅率軍抵達馬頭，桓振攜帶晉安帝到達江津，並要挾東晉割讓荊、江二州，但被劉毅拒絕。南陽太守魯肅之，到達江陵以北十多里的紀南城，桓振留下桓謙據守江陵，自己率軍前去抵抗魯肅之。但等到桓振擊敗魯肅之，劉毅已經趁機攻佔江陵，桓振只好逃到鄖城，桓謙逃往後秦。
不久之後，桓振再次率軍攻打江陵，新上任的荊州刺史司馬尚之不敵逃走，江陵再次被桓振攻陷。但很快，劉毅派軍攻打桓振，桓振最終戰死。
相助譙蜀，最終覆滅
江陵被劉毅攻佔後，桓謙與桓怡、桓蔚、何澹之及溫楷等人逃到後秦，桓謙受到後秦國主姚興的重用。等到譙蜀君主譙縱，向後秦稱藩，並請求借兵討伐劉裕，姚興派桓謙入蜀協助譙蜀。等到桓謙入蜀後，十分用心地為譙蜀招攬人才，但卻因此而受到譙縱的懷疑，被安置在了龍格，並被譙縱派人時刻監視。
等到義熙六年（410年），譙縱趁東晉鎮壓盧循之亂，向後秦請求出兵討伐東晉，桓謙被任命為荊州刺史，與譙道福一起率軍攻打荊州。桓謙因為昔日的名聲，在進軍路上有招募到了兩萬部眾，等到達枝江後，江陵城內的百姓，紛紛向桓謙報告城內消息。但最終東晉荊州刺史劉道規，率水陸兩路大軍進攻桓謙，桓謙率軍與劉道規作戰，結果戰敗而死。
譙國桓氏的敗亡
桓玄的失敗，讓譙國桓氏主力幾近消亡；桓振在江陵的失敗，譙國桓氏僅剩的力量徹底喪滅；桓謙自後秦入蜀相助譙蜀，也落得個兵敗而死的下場；其餘桓氏子孫，幾乎全滅，譙國桓氏至此徹底敗亡，讓人不勝唏噓啊！
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