哀帝生活上較為儉樸， 不好聲色。 他即位不久， 就針對當時靡靡之音盛行下詔罷樂府官， 並反對貴戚生活奢僭。 而且， 他在宮中也沒有廣立嬪妃。 哀帝除了皇后， 隻立有一個昭儀。 皇后即傅皇后， 系哀帝祖母傅太后的從弟傅晏之女。 哀帝為定陶王時， 傅太后為親上加親， 配以成婚。
哀帝立為太子後， 傅氏被立為太子妃； 哀帝繼位， 即立為皇后。 昭儀即董昭儀， 系哀帝男寵董賢之妹。
董賢在成帝末年任太子舍人， 哀帝繼位後他隨太子官屬升為郎官， 最初哀帝對他並不注意， 後來一次董賢在殿下傳報時刻， 哀帝發現他長得很漂亮， 於是拜為黃門郎， 從此愛寵萬分。
董賢不久就被任為駙馬都尉侍中。 他出則和哀帝同輦， 入則侍從哀帝左右， 甚至經常和哀帝同臥同起。 一次午睡， 董賢與哀帝同床， 哀帝醒後發現衣袖被董賢身體壓住， 他想起床而董賢還沒有醒， 為了不把董賢弄醒， 就用刀把衣袖割斷。 與此相對， 董賢也對哀帝極盡其柔媚能事。
每次休假， 都不肯出官， 留在哀帝身邊照看醫藥。 這更博得哀帝的歡心。 因此， 他下令召董賢妻和董賢一起住在宮中， 同時又封董賢之妹為昭儀， 遷董賢父為少府， 岳父為將作大匠， 內弟為執金吾。 然後詔將作大匠為董賢在北闕下修建別墅， 並預起墳在義陵之旁， 賜予金縷玉衣以及武庫禁兵和尚方珍寶。 後來， 哀帝又藉口東平王后行巫蠱董賢曾告發， 下詔封董賢為高安侯。
不久又增封二千戶， 丞相王嘉反對， 即迫令自殺。 到元壽元年的九月， 為尊崇董賢， 竟罷免大司馬丁明， 而以董賢代之。
哀帝所以寵幸董賢， 有著難言的苦衷。 當時， 西漢王朝已陷入嚴重的統治危機， 他雖然試圖竭力挽救， 結果卻都失敗， 這使他對前途感到恐懼； 加之身體有病， 不能多近女色， 所以只好從董賢這個男寵身上尋求安慰。 另一方面， 朝中派系林立， 鑑於王氏專權， 他對哪派都不放心，
也只有董賢這樣沒有幫派、 對他又柔媚體貼的男寵使他最為放心； 同時他通過尊崇董賢， 不僅可以壓抑朝中各派勢力， 而且可以更加強調皇帝生殺予奪的權力。 故此， 他對董賢的寵幸也就愈演愈烈。
然而， 依靠一個男寵來維護自己的統治， 也太過悲哀了。 就是在這樣內外交困之中， 哀帝於元壽二年（公元前 1 年） 六月病故。 哀帝共在位 7 年， 享年 26 歲。 諡“孝哀皇帝”， 葬義陵（今陝西咸陽西北）。