清入關之後，十三陵的命運並不壞。
也許因為多爾袞打的是“清除闖賊，替明報仇”的口號，自認是繼承明朝正統的原因，也可能是為了安撫漢民，總之清朝從地位不牢固到坐穩江山，一直對明十三陵保護有加。
在守護陵寢的人員方面，清廷設司香內使,即守陵太監。這一職位始設於順治元年(1644年)七月,長陵而下每陵設有四人。同年十一月始,命除定陵不設外,每陵改設為二人。順治八年（1651年）五月,根據清世祖諭旨,設定陵太監,員額同其他十二陵。順治十七年(1660年)因停定陵祭祀,故太監亦裁撤。康熙年間,定陵以外十二陵計設太監22名。乾隆二十二年(1757年)全部裁汰。
除了司香內使外，清廷還設陵戶來負責看守陵園建築及近陵樹木。這一職位始設於順治元年八月，每陵設24名，給田22頃。
清朝建立以後，明朝時所制定的有關陵寢的各項禁令以及陵寢兆域內不準隨便出入的制度等一概被廢除。此後，陵區內的果園、陵監因此而衍成為自然村落,陵區外的農戶也不斷遷居陵區之內，形成新的村落。
雖然針對十三陵的禁入令放寬了很多，但陵區內的建築、墳墓以及周邊樹木等仍在嚴密保護之列。除了增設上述職位來具體負責護陵之外。順治、康熙、雍正、乾隆等朝，皇帝還親自親降諭旨責令地方官員勤加稽查，命令守陵人員敬謹防護。順治十六年(1659年)頒佈的保護明十三陵的諭旨又由朝廷鎊刻在長陵宮內的龍躍碑上。
對待破壞明十三陵的案件，清廷也嚴加懲處。例如順治三年(1646年)三月,本縣農民王科等七人盜發鄭貴妃墓，事發後，被官府斬首棄市。
光緒七年(1881年)陵區內的土地除歷年准許耕種的部分外，私墾情況又漸嚴重，有的甚至墾至大紅門正道及長陵碑亭石柱根處。為此，戶部於光緒八年(1882年)議定：“將私行招墾之地立即封禁。其各陵酌中定界，概以寶城宮牆外三丈為度，傷州明立界石……凡牆外三丈以內墾種之地，無論系延恩侯誠端招墾或系民間舊有，一律封禁……間有侵佔明堂正路及大紅門正道，並總碑樓石柱根者。並即封禁。……至封禁界內原契照之民地，另覓他地撥補。其延恩侯誠端私租，及民間侵佔明堂正路之地，應不準撥補。”
此議經大學士李鴻章及直隸總督張樹聲等核定審改為，“……明代原設保護陵基之群牆，相距寶城、宮牆不過一丈五六尺，現改定三丈，較原數增至一倍，足資保護。”他們還提議，“隨時認真察查防護，不準稍有越墾……其界外無礙之地，照舊昕民承種，庶免失所”。
此奏呈上後，光緒皇帝諭令：“著直隸總督、天府尹責成霸昌道督傷昌平州知州，按照戶部此次議定界限章程辦理。界限以內墾種之地，一律騰出封禁，以資保護。如再有越墾情事，即將該知州嚴肅參處。”
在這種嚴防死守之下，清朝時的十三陵並沒有受到過大的人為破壞，保護還算完好。但畢竟經過時光的淘洗，原貌早已不復得見。顧炎武《昌平山水記》記載順治、康熙年間：“十二陵惟茂陵獨完，他陵或僅存御榻，茂陵則簨虡（sǔn jù，懸掛鐘磬鼓的木架）之屬猶有存者。”
中華人民共和國成立後，明十三陵成為一處著名古蹟。到今天，十三陵更是在“北京必去5處景點”榜上有名。2013年1月，十三陵茂陵、泰陵、康陵、慶陵、永陵和德陵開始有條件開放接待遊客參觀。
清明期間，明十三陵景區會舉辦明朝皇家祭祀祈福大典，再現萬曆八年清明節神宗奉兩宮太皇太后謁祭長陵的場面。“萬曆皇帝”將身著青色四團龍圓領窄袖袍，頭戴烏紗翼善冠，從長陵祾恩門東門進入，虔誠地帶領文武百官完成讀祝、上香、跪拜、奠帛等禮儀。
陵區之中草木深深，明朝那些事兒，寫在史書上，埋在泥土裡了。
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