目前質疑微波爐安全性的人為數不少，主要擔心微波輻射會致癌，像X光放射性那樣，危害較大，果真如此嗎？
1.微波到底是什麼？
微波是一種電磁波，其實在宇宙、自然界中到處都有微波，跟收音機、電報所用的電波，以及可見光本質上是同樣的東西。為何微波爐能加熱事物呢？微波爐利用其內部磁控管，將電能轉變成微波以2450MHz的振盪頻率穿透食物，食物內之極性分子（如水、脂肪、蛋白質、糖等）被吸引以每秒鐘24億5千萬次的速度快速振盪，這種震盪的宏觀表現就是食物被加熱了。
2.微波不會致癌
微波的頻率比電波高，比可見光低。電波和可見光不會致癌，介於它們之間的微波也不會致癌。X 光雖然也是電磁波，但是其頻率比微波高得太多，因而能量也高，而放射性同位素在衰變過程中會放射出粒子，所以它們能讓生物體產生癌變。比如，傳統的烹飪方式，比如煎魚煎肉、烤肉（特別是烤焦的時候），溫度很容易過高（超過 200 ℃），從而產生致癌物。而日常用微波爐加熱剩飯剩菜和高水分的食品，只要水分沒有被蒸乾，食物溫度一般不會超過 100 ℃。2004 年發表的一篇科學綜述介紹了這類致癌物的產生以及致癌性，最後指出：用微波爐加熱可以有效降低這類致癌物的產生。
3.微波爐使用3大注意事項
但是要注意三個問題，1）選擇合格的微波爐產品，產品合格才會保證安全，保證不會有大量微波洩露。2）包裝材料要安全，部分塑料會在加熱條件下析出塑化劑，有害人體健康。3）不要過度加熱，過度加熱會導致事物蛋白質變性，可能產生致癌物。
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