首先元灭南宋并没有想象中那么轻松，清军入关不只是是在江南而是在全国范围内遇到了民间激烈抵抗，主要在于剃发易服与跑马圈地两项恶政，使明清革鼎的性质变成了民族战争，当然抵抗激烈了。
清廷因为维护了官绅阶级的利益，对手南明又太菜了，所以就算民间抵抗激烈也成为最终赢家。如果南明不菜清军就不是遇到了激烈抵抗了，而是被赶回关外了。
元灭南宋抵抗并不是那么一帆风顺的，早在元朝前身蒙古帝国时1235年开始了南侵，只不过这时期的蒙古重心在于西征，并没有主力南下，所以断断续续的与南宋展开了拉锯战。
1258年蒙古帝国主力分三路正式南下欲灭宋。次年蒙古大汗蒙哥战死于合州钓鱼城，其弟弟忽必烈返回草原本部夺取汗位，才暂时作罢。忽必烈建立元朝后，经过修养1275年再次全力灭宋，1276年南宋临安沦陷，宋恭帝与谢太后出降，即使如此宋末三杰文天祥、陆秀夫、张世杰等大臣继续拥立了两位王子为帝抵抗元朝，至1279年，惨烈的崖山海战后，南宋抵抗才宣告结束。
清军入关后虽然通过大量政策笼络了汉人精英集团官绅阶层。但其剃发易服引起了民间的激烈抵抗，本来明朝统治中国近三百年，早已腐朽至极，失去了民心，但剃发易服使人民又念起明朝的好抵抗更加激烈。甚至当时大儒都说清廷不剃发易服，天下可传檄而定。
清廷早在关外努尔哈赤时代就实行了民族隔离性质的八旗制度，入关以后的剃发易服更是进一步深化这种民族隔离性质，使当时的主题成为民族战争，由此引发不只是南方还有全国大规模的抵抗，像山东的谢迁起义声势浩大，还将提倡剃发易服的汉奸孙之獬全家都杀了。
清廷的民族歧视猜忌也使很多汉人将领反水，在南方江西金声桓、广东李成栋反清之后，北方山西大同姜瓖也开始反清，逼的当时清廷实际统治者多尔衮自入关以后第一次亲征，可见当时反抗之激烈。
清廷的剃发易服使和民族歧视使当时全国抵抗激烈，很多降清将领开始反清，甚至官绅阶层都持观望状态。南明本来有希望光复明朝的，可惜南明小朝廷延续了明末朝廷的各种弊端，比如说党争等。清军大军压境时还多次发生内乱，全然没有大局观，一次次错过大好时机。等到清廷调整政策“以汉制汉”后，南明只能抵抗多年后窝囊灭亡。
清朝民族隔离性质的八旗制度加之入关以后的剃发易服才是民间抵抗激烈的原因。可惜南明小朝廷不争气，不然史书上记载的是南明光复明朝，而不是民间抵抗激烈了。可惜南明小朝廷不只没有光复了明朝甚至还丢了南方半壁江山。
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