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如何處理古人的遺骸，既是一個學術問題，也是一個倫理問題。在中國的考古界，處理人類的遺骸既有學術考慮，也同樣是有道德上的約束。
首先，需要知道在哪些考古發掘中可能會出現古人的遺骸。
1、墓葬發掘。這很容易理解，不需要過多解釋。
2、祭祀類遺蹟中，比如說祭壇、祭祀坑，因為祭祀行為所用人牲而形成。
3、居住址、大型建築，比如一些建築的基槽中，這類人類遺骸也應該和古人的祭祀行為有關，但應與典型的祭祀類遺址區分。
4、普通遺址，有時候會在普通的地層中出現人骨，很難解釋，說不定就是人走著走著就死那了。。。
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其次，需要知道人骨的發現並不會那麼多。
這與埋藏環境有關係，人骨是有機質，埋藏於土壤中，會被不斷降解，時代久遠的話，就會完全消失，所以能夠保存下來的並不多，現在發現的人骨，大多是不完整的，尤其是在中國的南方地區，由於土壤酸性較大，幾乎不見人骨。
無論如何，當考古工作者在發掘中，遇到人骨，是需要認真對待的。
所以，該如何對待這些人骨呢？
1、作為科學研究的樣品。每一人類個體的遺骸，都是極為重要的研究材料，考古學家可以從中判斷出古人的種族、年齡、性別，這是最基礎的分析，如果配合同位素的分析的話，可以判斷個體的食譜，遷徙情況。
2、作為向公眾展示的標本。通常，博物館會展示人骨，當然因為展廳的大小和展覽的目標，所展示的人骨數量不會太多，有些遺址類的博物館，可以原地展示，效果會比較好。
3、作為標本被博物館或考古所保存。有些人骨無法被展示，而且具有研究價值，而且隨著科技的進步，我們能夠提取出更多的信息。同時，出於對人骨的尊重，我們會進行專門的保存。
4、重新埋藏。因為並不是所有的研究機構都有足夠大的空間來保存人類遺骸，其實要是空間足夠大，我覺得我們會全部保存的。但實際上並不是。所以有些無法保藏的遺骸，考古工作者會選擇將其重新埋入地下，讓其迴歸自然。
考古工作者在處理人骨這件事情上，是十分慎重的，正如我在一開始說的，這既是科學研究，也涉及到了倫理和道德。
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考古學酥
古代遺址遺蹟和墓葬裡，經常會出土遺骸。
遺骸是遺存的骸骨，與古屍不同。
古屍包括乾屍和溼屍，不僅難得，還具有極高的研究價值，一般會在進行充分的解剖和醫學研究後，放在博物館裡展出。比如現在發掘的西漢古屍馬王堆辛追夫人（湖南省博物館）和湖北鳳凰山男屍（荊州博物館）。
而遺骸呢，比屍體數量大的多，就是新石器時代的人骨遺骸就發現不少。一般來說，屍骸的考古學、人類學研究價值不是太大（在大數據下，可通過新石器時代人骨數據的統計，可以知道當時人的基本身體狀況）。但由於年代久遠，大量生物信息流失，骨骼“石化”嚴重，信息量（比如DNA）是有限的。
這些遺骸在考古學家的刷子下逐漸露出真容時，他們死亡時的存留狀態，也具有歷史學價值，比如下面這具遺骨，發現于山西襄汾縣陶寺遺址——
陶寺遺址被認為是“堯都平陽”，是與上古聖王“堯”同時代的遺址。那是一個多麼和諧美好的時代。然而遺址裡的這具年輕女性的遺骨，頸骨折斷，陰部還插著一隻牛角，她死得非常慘。我曾就此寫過一文《一具悲慘的女屍，毀滅一個美好時代的狂想》，有興趣的看官可參考。發掘顯示，整個陶寺遺址都是被暴力摧毀的，這位女性躺在一條深溝裡，溝內還橫七豎八地躺著許多遺骸，從其屍骨狀態來看，都是被殺死的。
這就是遺骸的主要價值。它們對於瞭解當時的社會形態具有一定的參考價值。
經過研究，這些遺骸怎麼處理呢？
一是原地保存，原樣呈現。這在河南安陽的殷墟博物館比較典型。
上圖來自網絡，不是我親自拍的，我去的那天下雨，玻璃上盡是水和霧，拍攝效果不好。但這個遺骨手持兵器駕馳馬車的造型，給我很大的震撼。感覺它就是一架來自地獄的靈魂戰車。
原地呈現的，都是較為重要的古代遺址，這些屍骸屬於標配。
二是原地掩埋。
這類最典型的便是清朝諸皇帝的屍骨了。當被盜的東、西陵被清理後，多數地宮皆封閉起來，屍骨仍舊裝殮，放在原處。據說康熙皇帝的地宮裡積滿了水，難以排除，只好任由這位“大帝”的遺骸泡在水裡，這又泡了幾十年了！慘乎哉！
三是搬到博物館展出或收藏。
屍骸的“參觀價值”很低（怪瘮人的），所以一般博物館展出屍骸的比較少，偶有展出也多是複製品，大量屍骸都會保存在博物館的庫房裡。
比如著名的萬曆皇帝朱翊鈞夫婦的屍骸，發掘出來後，進行了簡單的研究，主要是發現了帝后生前的一些疾病，這對於瞭解明代宮廷生活有些價值。然後就存放在定陵的倉庫裡，到大亂時，被人拖出來燒掉了。
古人的屍骸，也屬於文物（但不知屍骸是否評定文物等級？），所以不能棄置，而且就今天的科技水平來看沒有“價值”的東西，說不定將來科學更加發達後，就有研究價值了。比如清光緒帝的遺骨，埋在崇陵裡，但部分頭髮藏在科研機構的庫房裡。後來為了研究他的死亡真相，就對屍骨和頭髮進行了測試，發現大量的砒霜殘留，從而證實了，光緒帝是被毒死的。
未來是未知的，古人的遺骸將來能有什麼“用”，我們目前還不知道，那麼就讓他們靜靜地躺在恆溫恆溼的環境下，等待後人的究問吧！
皇帝不稱朕
前面的答主已經回答一部分了，在此補充一下。其實考古發現的遺骸種類有很多，比如人的、動物的和植物的。題主想說的是哪一種呢？我們分別來回答。
1. 人類遺骸。並不是每次發掘都能夠遇到人類遺骸，即使是發掘墓葬也未必能夠遇見遺骸。考古發掘的遺址類型有很多種，比如古代的村落和墓葬，道路和窯址等，人類遺骸有時候是埋藏村子內部，有時候是埋葬村子外面的墓葬區。也不是所有的人類遺骨都埋在墓葬裡，有時候我們也會在一般的坑裡發現人類遺骨。在墓葬中是否能夠出土人類遺骨取決於墓葬的保存情況，只有在埋藏條件較好且沒有受到後來的擾動的情況，人骨才可能得以重見天日。
所以，從上述分析的情況來看，考古發掘出土人骨並不是一件概率很大的事情！那麼發掘出土人骨後，考古人員是如何處理的呢？通常情況下，他們會先對其進行繪圖、照相和測量，以保持原始的考古資料和記錄。然後，會將其全部提取運回室內進行下一步的研究。這些人骨也屬於廣義的文物，所以也就基本上保存在博物館的庫房裡，有的可能會被當做標本拿出來展示給遊客看。(前面的答主主要針對這方面來回答的)
2. 動物遺骸。這類遺骸的命運與人類遺憾差不多，考古人員也會將其收集起來，在室內和實驗室進行下一步的鑑定和測量等工作。
3. 植物遺骸。以前的考古工作並不是很重視植物遺骸的收集，不過隨著環境考古和科技考古的流行，現在大家比較重視這類遺骸的收集了。包括一些大的植物遺骸如果核等，也包括一些微型的遺骸如植硅石等，不過後者需要篩選才能發現。
別人家的博士
人類遺骸的處理不僅僅是考古學課題，還是倫理學課題。尊重、保護遺骸不僅僅是為了方便接下來的研究、保護，還出於考古工作者發自內心的對遺骸的敬畏心理。
較為普遍的現象是在考古發掘現場發現遺骨。有些遺骨會成為著重研究的對象。有一門專門的學科體質人類學，就是研究遺骨的。這個領域的專家，不僅可以一眼看出一塊人骨到底對應人身體上的哪個部位，還可以從遺骨上讀出很多信息，整個過程有點法醫判案的感覺。比如，不同性別、年齡、人種、食性、健康狀況的人類，都會在人骨上展現出自身的特徵，像小孩子的顱骨就會有更多的裂縫，女性的骨盆比男性寬大等等。這還是隻採用肉眼觀察得到的結論，運用一些現代測試手段，如dna測序等，還可以窺知更多古人的秘密，比如家族親緣關係等等。西方的一些研究，已經可以通過dna測序技術，判定一個家族墓地中的墓主人們，誰是誰的祖先，誰是誰的後代。
遺骨的保存相對簡單，尤其是經年累月的那些已經化石化的人骨，基本可以放於➕直接保存，畢竟這些人骨裡已經不含有機質了。因為各遺址發現的人骨數量確實數量較多，除了在文物庫房中妥善保存外，有些人骨也會被保留在墓地中被直接回填。
還有一些很少見的情況是，考古學家發現了帶有有機質的古屍。古屍之所以能保存至今，是因為一些極端環境，比如極其乾燥、極其寒冷或者因為泡在水中與氧氣隔絕。這些古屍因為極其珍貴，所以自然會得到最好的保護（一般都會進入博物館保存或陳列），而保存的方法就是將其放於與出圖環境相似的狀態中。古屍為什麼有格外重要的學術意義，我想無須贅述了吧？舉個例子，在馬王堆女屍的肚子中，發現了138枚甜瓜子，這就為古人的生活留下了最生活的剪影。
挖啥呢
這個問題，我也曾經問過，詢問是否有操作規程？如何處理被髮掘墓葬中的遺骨？目前得到的一些答覆，並不樂觀。
一，古墓裡發現基本完整的古屍，是有醫學和考古價值的。其實這種也有點悲哀。古屍，一般分乾屍與溼屍。中國的乾屍大多出自新疆，因為氣候乾燥。並不同於埃及木乃伊，因為不是人工乾屍。新疆博物館、吐魯番博物館有專題展出。
溼屍代表的，首推長沙馬王堆辛追老太太，在連雲港博物館有西漢淩惠平女屍，荊州博物館有一具西漢男屍。上海博物館曾展出明代屍體。
無論今天說的多麼高尚和科學，這些屍體本身並不願意被展出，但反對無效。
二、帝王、名人遺骨
如清代乾隆、慈禧、光緒等，棺材打開了，把文物拿出來，屍骨又放進去了。這還算是好的吧。萬曆皇帝沒趕上好時候，被挫骨揚灰了。
但有意思的事，一些被博物館留下幾塊骨頭。如光緒，如包公。說起來真沒這個必要。
曹植墓發現的才子的骨頭，被博物館給保管丟了。
三、墓坑展示
商周(春秋戰國)的墓坑展示，大多是殉葬人。
石器時代的人的骨骼，生物性更強一些，涉及進化論問題。這類對於人類骨骼的價值，非常看重。
四、其他呢
其他古墓，在早些年很多骨頭都被隨手處理了，只把有價值的文物搬回去研究所或博物館。這個數量有多大，沒有數據。
近幾年熱門的海昏侯墓發掘，那是國家級工程，武警守衛，全程監控，所以那麼精細。大部分縣市級考古發掘，還是比較粗的。
此題必有爭論……
