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庚子國變時，清朝的海軍——其實應該稱為“北洋水師”——被清廷排擠限制，在想打仗但不被允許的情況下，被自己人扣留了船隻，然後被外國人搶走。
甲午戰爭失敗後，中國海軍精華盡失，原北洋艦隊官兵被全部遣散，總理海軍衙門及內外海軍學堂全部撤停，晚清政府中的頑固派認為是辦海軍而招來了災禍，主張韜光養晦，徹底停辦海軍，否則會“欲禦侮反而適以招侮”。
至1899年，清廷重建北洋水師，初具規模，同年4月，清廷任命葉祖珪為北洋水師統領，薩鎮冰為幫統。當時，意大利派軍艦6艘來華恫嚇，強索三門灣為租界，並遞《哀的美敦書》，也就是所謂“最後通牒”以示決絕。
“海天”艦管帶劉冠雄向葉祖珪建議：“義（意）人遠涉重洋，主客異勢，勞逸殊形，況我有海天、海容、海籌、海琛等艦，尚堪一戰”。葉祖珪極表贊同，陳於朝廷，將《哀的美敦書》退回。意大利見中國態度強硬，未敢再動。
1900年，也就是庚子國變這一年，八國聯軍發動侵華戰爭，東南各省聯保，朝廷排外，又怕北洋水師做大，限制北洋艦隊作戰。
北洋艦隊當時有四艘驅逐艦，駐紮在大沽口，按實力來說，是強於八國聯軍第一梯隊的艦隊的。但是敵人強援將至，實力差距過大，後續再打，肯定要全軍覆沒。
而且，當時在清廷中，有不要臉的“議和派”大臣，主張撤銷一切防務，以表示中國絕無對外備戰之意，想以此討好外國人。此時，他們給北洋艦隊下達的指令是“接受檢查”。
葉祖珪、薩鎮冰、劉冠雄等人，無法反抗朝廷的命令，且為了避免再一次全軍覆沒，保留住中國海軍的種子，忍辱負重之下，選擇停戰接受檢查保船。結果，北洋艦隊停泊在大沽口的四艘“海字號”驅逐艦被掠走，海軍建設再度經歷波折。
據說，曾經的甲午英雄葉祖珪被逼離船，剛出了港口就大口嘔血，昏迷不醒，好不容易才搶救過來。其他愛國將士也無不失聲痛哭。
將士愛國，可惜被“愚忠”限制。如果讓這些愛國將士完全自主，中國海軍是有壯大的機會的。問題在於，清廷很多昏官，就怕他們實力壯大，而戰敗之後，又把責任都丟給他們。那一段歷史，恐怕是中國海軍最黑暗、艱難的時期了。
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庚子事變時，剛剛重建不久的北洋水師一部分艦艇在大沽船塢進行維護，一部分在煙臺駐泊。
由於對列強開戰的決定即倉促又兒戲，根本沒有通知北洋水師，所以在大沽的一部分艦艇遭受了滅頂之災。停泊在白河內船塢旁的4艘海龍級驅逐艦毫無防備，被2艘英國驅逐艦劫奪，從睡夢中醒來的中國水兵試圖抵抗，被英艦大量殺傷。當時參與這一行動的英國“名譽”號驅逐艦艦長凱斯上尉記載： …我們遇到了零星的抵抗，從岸上跑過來的中國水兵試圖破壞停靠在岸邊的驅逐艦，很多都被兩艘英艦射殺。“海華”號的艦長也在衝突中喪生（即“海華”艦管帶饒鳴衢）。
一艘被劫奪後分配給德國海軍的海龍級驅逐艦，改名“大沽”，顯然是為了炫耀在大沽的勝利，可見艇尾的艇名和德國軍旗
在大沽船塢裡的飛霆號魚雷炮艦更慘，淪為列強海軍的配件船，有事沒事就來拆掉一些部件，用到列強自己的軍艦上。
海容號巡洋艦因為搭載水師統領葉祖圭來天津辦事，停泊在大沽口外，一覺醒來就發現自己已經被列強艦隊包圍。經過葉祖圭竭力周旋，才沒有落到海龍級的下場，只是被扣押，戰後被釋放。
險死還生的海容號巡洋艦，可以想象水兵們突然面對列強艦隊的炮口時，心理是崩潰的
停泊在煙臺的北洋水師4艘巡洋艦，對戰爭爆發同樣毫不知情，一直到救了一些被義和團追殺的外國僑民後，才知道朝廷居然膽大包天地和列強打了起來。這時候袁世凱寫信來讓水師南下參加江南互保，於是除了副統領薩鎮冰坐鎮的海圻號，其他3艘巡洋艦都南下了。薩鎮冰左等右等，始終等不到朝廷的指令，後來也只得南下。
最終失望南下的海圻號巡洋艦，北洋水師參加江南互保，意味著水師官兵對清廷的進一步離心離德
在庚子之變中，北洋水師主力未損，但朝廷的昏庸無能卻進一步讓水師廣大官兵失望，否則也不會去參加江南互保。辛亥革命爆發後，清朝海軍之所以輕易地投向革命軍一邊，可以說亦有庚子之變種下的因果。
