阿患
清朝除了河道鹽道，還有什麼衙門，分別起什麼作用？ 很高興前來回答題主的問題。
衙門作為官署的別稱，代表著至高無上的權力， 作為統治階級行使職權的處所，代表無盡的威嚴，常常讓普通老百姓望而生畏。 而清王朝作為最後一個統治中國的封建王朝，清代的衙門尤其具有獨特的少數民族特徵。 比如理蕃院，其由蒙古衙門發展而來，掌管蒙回藏等事務。又比如在廣西四川貴州等地的土司衙門，還有清朝的將軍、都統、副都統等衙門， 這些衙門負責管理少數民族，極具時代特色。
作為一個擁有上千萬平方公里領土的龐大政權，清王朝的衙門為數眾多，據光緒《大清會典》等統計，清末的全國各省有兩千多個衙門之多，除了特有的衙門外，其餘的衙門與明朝基本相似， 以上下屬相分，有中央衙門與地方衙門。
中央有六部五寺等衙門，
戶、禮、刑、工、刑、兵這些衙門都是具體負責戶口土地賦稅錢糧，以及禮儀祭祀、司法行政、用兵調度、之責；
五寺有太常寺， 主要在重大場合負責禮樂。
大理寺，其與刑部都察院，並稱三法司，負責審判之責。
太僕寺負責管馬。
光祿寺管宴會。
鴻臚寺接待外賓。
除此之外，還有負責監督在京各衙門的都察院。
地方省一級別的衙門 有巡撫衙門，作為最高的行政長官，有分數省而設一總督衙門，總督衙門兼管數省行政軍事監察大權，巡撫衙門則只是管理一省。督、撫之下又有布政使、按察使，以及屬下為數眾多的衙門機構，這些限於篇幅不一而論。
除了題主所提到的河道、鹽道衙門外，還有漕運，學務等衙門， 這些都屬於專職衙門，負責具體管理某一項事務，清朝在河道設河道總督，負責專門督辦黃河堤防，疏通、搶修等工程。
鹽政在清朝初年不屬於地方官，在康熙後期改為督撫兼任，不再有專職鹽政，主要職責負責管制和檢驗食鹽。
而漕運設置漕運總督，這也是一個肥缺，負責把南方的錢糧千里轉運京師，其地位不亞於直隸總督。
清朝的學政稱為提督學政，負責地方省一級的科考事務。
隨著歷史的發展，中外的思想文明相碰撞，清朝為了適應“三千年未有之鉅變”，也設立了總理外交事務的衙門，全權負責與外國人交涉之事，這也是時代的變化所導致。
個人淺見，不足之處，望樓下補充。
川娃子123
在清朝事情有三個官位是很多官員都非常羨慕的肥缺，應該有人知道這個三個肥缺指的是那個，就是經常出貪官的那幾個官位，也被稱為培養貪官的溫床。這三個肥缺就是鹽政、河道和漕運。這三項在古代時期是每個國家最看重的東西，也是古代最容易來錢的官位
。
清置河道總督專官，掌管黃河、京杭大運河及永定河堤防、疏浚等事。治所在山東濟寧，首任河督楊方興。康熙十六年（1677年），總河衙門由山東濟寧遷至江蘇清江浦（今江蘇淮安市）。河道總督駐紮清江浦，一旦河南武陟、中牟一帶堤工有險，往往鞭長莫及。雍正二年（1724年）四月，設副總河，駐河南武陟，負責河南河務，以兵部左侍郎嵇曾筠為首任副總河。兩年後，黃河險段由河南逐漸下移至山東，朝廷又將山東與河南接壤的曹縣、定陶、單縣、城武等處河務交由副總河管理。雍正七年（1729年）改總河為總督江南河道提督軍務（簡稱江南河道總督或南河總督，管轄江蘇、安徽等地黃河、淮河、運河防治工作），副總河為總督河南、山東河道提督軍務（簡稱河東河道總督或河東總督，管轄河南、山東等地黃河、運河防治工作），分別管理南北兩河。遇有兩河共涉之事，兩位河督協商上奏。遇有險工，則一面搶修，一面相互知會。總河則演變成南河總督，仍駐清江浦；副總河演變為河東總督，駐紮開封。
江南河道總督 江南河道總督全稱總督江南河道提督軍務，簡稱南河河道總督、南河總督，是清代設在清江浦（今江蘇省淮安市）的高級官員，品級為從一品或正二品，負責江蘇河道的疏浚及堤防。 清初只在山東濟寧設河道總督。1677年（康熙十六年），靳輔出任總河，因考慮到淮安是黃河、淮河、京杭大運河交匯處，是治河工程最重要處，而總河署所在的山東濟寧距此路途遙遠，往返不便，為便於及時掌握水情河勢，就近指揮，於是在淮安城西北的清江浦原戶部分司舊衙署設立行館。雍正七年(1729年)，正式分設江南河道總督（簡稱南河總督），駐節清江浦；以及河南、山東河道總督（東河總督），駐濟寧。次年又增設直隸河道總督（北河總督），歸直隸總督兼領。時南河總督轄有4道、24廳、24營，河督署規模龐大。歷任河督中，政績比較顯著的有張鵬翮、徐端、黎世序等。
鹽道（即鹽法道與鹽巡道），清朝負責食鹽管制和檢驗的官員。鹽在古代是一個國家最重要的戰略物資，鹽這種寶貴的東西，一直都是每個朝代的重點。 順治二年(1647年)，清廷在揚州設立兩淮巡鹽察院署和兩淮都轉鹽運使司。兩淮都轉鹽運使司的長官稱兩淮都轉鹽運使，或運司使，從三品。 清朝前期，兩淮鹽區還設置巡鹽御史，是兩淮鹽區的最高鹽務專官，中央巡視員，無定品，任期一年。後改稱鹽政，康熙年間由巡鹽御史改置，以總督、巡撫兼任。掌督督徵課，調劑鹽價，糾察屬官。也就是說，鹽政的官品是一、二品。
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鹽道(即鹽法道與鹽巡道)，清朝負責食鹽管制和檢驗的官員。
順治二年(1647年)，清廷在揚州設立兩淮巡鹽察院署和兩淮都轉鹽運使司。兩淮都轉鹽運使司的長官稱兩淮都轉鹽運使，或運司使，從三品。清朝前期，兩淮鹽區還設置巡鹽御史，是兩淮鹽區的最高鹽務專官，中央巡視員，無定品，任期一年。後改稱鹽政，康熙年間由巡鹽御史改置，以總督、巡撫兼任。掌督督徵課，調劑鹽價，糾察屬官。也就是說，鹽政的官品是一、二品。
清末民初，在西南川、滇、黔之間的鹽茶古道上，活躍著一支叫"一順風"的販鹽馬幫，總鍋頭是背鹽夫出身的烏棒。鹽官黃鶴堂和知縣駱得森等官吏，把持官鹽運價，與奸商萬省三、棒匪四腳蛇之流聯為一氣，玩弄權勢，巧取豪奪，魚肉鹽民。不甘人下的烏棒，力求改變命運，在黨人杜尚方影響下，聯合會黨志士，組織馬幫，武裝走險販運私鹽，遊離周旋於危機四伏的鹽道。鹽商鄭廣和、熊弼臣、沬雲山等，為爭鹽利，彼此爾虞我詐，勾心鬥角。清廷專制與腐敗，引發川省路潮抗爭， "一順風"裹入保路同志軍，與鹽場貪官汙吏展開魚死網破的對決。鬥爭中，烏棒歷經鹽道上三個不同性格的女人的情感糾葛，從鹽梟人物逐漸轉化為民主捍衛者。
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清朝河道衙門變遷
自古以來，中國的水患比較多，因此設置了專門的部門治理水患，經歷了地方治理到專門部門治理這樣一個過程。主要原因是一個水系經過的省份太多，單一一個地方政府不能完全治理過來。譬如黃河經歷了很多省份，但是黃河水患主要影響的區域則是河南、山東、安徽、江蘇四個省；京杭大運河也經過很多省份，由於淤積的淤泥會阻礙運河的正常運轉，需要不時的疏浚。
現在我們國家設置水系管理部門，全流域進行管理，設置有黃河水利委員會、長江水利委員會、珠江水利委員會等，類似於清朝的河道總督衙門。（清朝和南河總督衙門現在成了公園，只有衙門所屬的清晏園還在，江蘇淮安）
清朝初期就設置了河道總督衙門，主要負責黃河、京杭大運河、北京永定河的堤防安全和疏浚等工作，河道總督的治所首先設置在山東濟寧，此處是京杭大運河的一個重要節點，同時距離黃河也比較近。治理一段時間後，於1677年治所遷移到江蘇的淮安清江浦，治理的側重點已經發生變化了。
不過這一次遷移治所，導致遠離黃河水患多發的河南省，一旦黃河在河南境內發生水患，河道衙門距離太遠。1724年，雍正在河南武陟設置河道副總督，負責管理山東、河南境內的黃河、運河等。1729年，河道總督一分為二，原來的河道總督為江南河道提督軍務，簡稱南河總督；原來的河道副總督為山東、河南提督軍務，簡稱河東總督，都是二品大員。南河總督仍然駐紮在江蘇淮安清江浦，河東總督治所在河南開封。1730年，又設置直隸河道總督，負責海河水系和境內運河的堤防、疏浚等工作，由此形成南河、東河、直隸河三河總督。
1749年，裁撤直隸河道總督（業務減少），1858年裁撤南河總督（太平天國運動和水患減少），1902年裁撤河東總督（純粹是為了減少支出），這些都是根據當時的水利治理和政治情況而裁撤的，並不是沒有水患了。
河道總督有自己的專屬軍隊，負責河道安全，清朝河道衙門一直屬於獨立的衙門，有時候地方大員兼任這一職務。
清朝鹽道衙門的變遷。
清朝時期，食用鹽有三大品種，分別是海鹽、湖鹽和井鹽，海鹽主要產自於東部、東南部、南部沿海地區，井鹽主要產自於四川、貴州和湖北；湖鹽主要產自於山西運城地區，西部地區也有湖鹽。其中海鹽的產量佔比最大，供應的範圍最廣。
海鹽主要有奉天鹽、長蘆鹽、山東鹽、兩淮鹽、浙江鹽、福建鹽、廣東鹽之分，分銷都是採取就近原則，井鹽、湖鹽也是如此。運輸遠了，運費增加，鹽價格會飆升。（清朝鹽引檔案圖）
清代初期，清朝中央政府在各省設置巡鹽御史，巡鹽御史又稱鹽政，由中央派員，是一個肥缺。後來清政府將大部分巡鹽御史裁撤，地方鹽管理劃歸各地的總督或者巡撫管理，屬於權力下放。不過清朝中央政府還是保留了兩個巡鹽御史，也就是鹽政，一個是長蘆鹽的巡鹽御史，一個是兩淮鹽的巡鹽御史，這兩地鹽產量大，影響大，國家控制是為了平衡地方。1830年撤兩淮鹽道，1860年撤長蘆鹽道，統一劃歸地方管理。
長蘆、兩淮、兩浙、廣東設鹽運使司。河東初設鹽運使司，嘉慶時改以河東道兼辦鹽法事務。福建初為鹽驛道，後改為鹽法道。四川初為鹽茶道，宣統時改為鹽運使司。
鹽運使司、鹽驛道、鹽法道、鹽茶道名稱不同，功能也略有不同，譬如鹽茶道是管理鹽和茶葉的；鹽驛道則是鹽務和郵政系統合在了一起；其他則是單獨管理鹽務的。這些部門屬於總督、巡撫管轄的下屬衙門，由清朝中央直管改成了總督、巡撫直管。
鹽道的主要職能是監督鹽場的鹽，運輸、分銷的整個過程，然後課稅，同時對私鹽買賣進行偵緝、沒收、罰款、逮捕犯人，鹽道衙門有自己的執法隊伍。（鹽引後來演變成鹽票）
鹽道衙門負責鹽稅的收繳，分五大類，分別如下：
1、灶課。這是對鹽的生產者收稅，對生產鹽的人實行按丁收稅、按丁收鹽，如果是大面積的曬鹽則是按照曬鹽的畝數徵稅。
2、引課。清朝實行食鹽專賣制度，商人有鹽道衙門頒發的鹽引才可以購買、銷售定量的鹽，這些鹽引需要支付高額的稅。清政府的鹽稅主要來源於此。
3、雜課。類似於現在的附加稅，由鹽道衙門官員徵收。
4、稅課。偏遠地方的鹽則允許自產自用，國家徵稅，也有攤派到地畝之上徵稅的。
5、包課。偏遠地區的鹽稅有時會承包給商人，商人一次繳納，至於他如何在民間徵收是他自己的事情了。
