取得淝水之戰的光輝勝利後，北府兵一躍而成為東晉王朝舉足輕重的力量。他們的統帥謝玄、謝安聲望也達到了頂點。然而盛極而衰，功高遭忌。
很快，謝玄內調，壯志以歿；謝安主動交權，不久後也病死了。北府兵在謝氏退出後，很快也跌進了覆滅的深淵。
東晉孝武帝司馬曜可能是有晉以來最有實權的一個皇帝了。謝安之後，取而代之的是他的親弟弟司馬道子；北府兵的統帥，也換成了皇后的哥哥王恭。一時間，東晉王室的力量空前強大。
不過，孝武帝也沒有高興太久。他的死可以說十分的荒誕。只因為一次喝醉了酒，對寵妃張貴人說了些胡話，就被張貴人叫來心腹宮女，趁著他熟睡，用被子把他給捂死了。
孝武帝死後，晉安帝司馬德宗繼位，愚笨木訥，智商不足，朝政進一步被叔叔司馬道子掌控。
司馬道子寵信一個叫王國寶的人。此人是謝安的女婿，但品行不好，在謝安當政時期沒受到重用。於是，他就投靠了司馬道子，並且屢次在司馬道子面前說謝安壞話，最終致使謝安去位。
晉安帝時期，王國寶更加受到重用，這引起了王恭的強烈不滿，常常當著面懟，搞得司馬道子也很尷尬。
隆安元年（397年），王國寶又向司馬道子進言，要削減王恭的兵權。王恭則藉口準備北伐，約了荊州刺史殷仲堪，帶著自己的北府兵就殺進了建康。逼得司馬道子殺了王國寶謝罪，王恭才又返回京口。
這一次兵諫成功，顯然進一步助長了王恭的脾氣。
第二年，王恭再次起兵。但這次不是為了自保，而是管起了別人的閒事。原來，朝廷因為忌憚王恭、殷仲堪等，決心另外扶持心腹。於是割了潁川庾氏庾楷的豫州四郡給王愉，命他為江州刺史。此舉自然引起了庾楷的憤恨，於是他找到王恭，勸他起兵再次“清君側”。
王恭不但答應了，而且不等殷仲堪、桓玄響應，就決定自己先起兵。大將劉牢之勸他別急，完全不聽。劉牢之本來就恨他平時拿自己當一般的部將看待，又被朝廷派來的人許以重利（承諾讓他取代王恭的位置）。於是劉牢之都沒讓王恭正式起兵，就一巴掌摁死了他。
恭夢牢之坐其處，旦謂牢之曰：“事克，即以卿為北府。”遣牢之率帳下督顏延先據竹裡。元顯使說牢之，啖以重利，牢之乃斬顏延以降。是日，牢之遣其婿高雅之、子敬宣，因恭曜軍。輕騎擊恭。恭敗，將還，雅之已閉城門，恭遂與弟履單騎奔曲阿。恭久不騎乘，髀生瘡，不復能去。（《晉書·王恭傳》）
北府兵則被劉牢所掌控。
當劉牢之率領著北府兵替朝廷掃平孫恩叛亂之時，桓玄已經襲殺了殷仲堪和楊佺期，鯨吞了荊州、江州兩大轄區，而且不奉號令，不尊朝廷，儼然藩鎮割據。
元興元年（402年），朝廷下令討伐桓玄。桓玄則聽取謀士建議，主動出擊，親率大軍東下，並擊敗了豫州刺史司馬尚之，朝廷軍隊士氣被他打得陷入低迷狀態。
而此時的劉牢之，一方面憚於桓玄的威名，一方面又怕朝廷猜忌。桓玄又派人來離間，說些兔死狗烹的鬼話。於是劉牢之心動了，不顧眾人反對，選擇了投降桓玄。
最終，東晉朝廷被桓玄打落。司馬道子先被流放，後又被殺。晉安帝則被迫禪位，桓玄稱帝，建立了桓楚政權。
當初劉牢之打算投降桓玄時，他的外甥何無忌和部將劉裕苦勸，劉牢之不聽。投降後，劉牢之很快就被調離了北府兵的老巢京口，去當什麼會徵東將軍、稽太守。
劉牢之也感覺到不對了。他的兒子勸他去襲擊還在丞相府住著的桓玄，劉牢之猶豫了一下，先把軍隊移駐到了班瀆，然後召集諸將商議，打算北上去投靠女婿，正在當廣陵相的高雅之，企圖佔據江北以對抗桓玄。部下一聽不幹了，參軍劉襲直接懟：你已經反叛了兩次，還想來第三次，怎麼還有臉站在人世間！說完頭也不回走掉了，其他部將也紛紛離去。
參軍劉襲曰：“事不可者莫大於反，而將軍往年反王兗州，近日反司馬郎君，今復欲反桓公。一人而三反，豈得立也。”語畢，趨出，佐吏多散走。（《晉書·卷八十四·列傳第五十四》）
劉牢之心灰意冷，又因為兒子久去京口未歸，懷疑已經被殺，於是選擇了上吊自殺。
一個能征善戰攻敵必克的猛將，就這樣草草了結了自己。
隨後，北府兵宿將高素、竺謙之、竺朗之、劉襲、劉季武、孫無終等，盡數被桓玄剷除。
這支曾橫掃天下的無敵勁旅，第一次走到了覆亡的危機關頭。如果不是後來劉裕起兵擊敗桓玄，又重建北府，恐怕真的要就此消失於歷史中了。
而劉裕接手後的北府兵，又攻滅桓楚，北伐五胡，收復洛陽，攻入長安，代晉建宋，闖下了不世功業，也將北府兵帶向了最高潮。王夫之曾說：“裕之為功於天下，烈於曹操！”這些都是後話了。
文 | 子曰少懷
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