1、三圣兽的前身
在圆朱市的烧焦塔中，150年前曾有三只不知名的宝可梦在这里被烧死，后来凤王驾临，用神秘的力量复活了这三只可怜的宝可梦。复活之后，这三只宝可梦的样子发生了改变，成为了城都地区传说中的三圣兽。看图片中光影的样子，你们觉得这三只宝可梦原本是谁？
2、小刚的遭遇
在橘子群岛旅行时，小刚因为内木博士及其助手不会照顾自己而留下来帮她们料理家务。后来却不知道发生了什么，小刚独自一人回到了关都地区，并晕倒在去真新镇的路上，最后被小智妈妈给带回了家。从此，小刚对那段过往闭口不提，一旦被问起或者听到了内木博士的名字，就立刻出现那副鬼样子，口中还不断念叨着不要再问我了。小霞猜想小刚可能是因为受到了失恋的打击，可是小刚这个一路都在收到好人卡的失恋狂魔怎么可能就这样被轻易打击到呢？这也着实令人好奇他的身上究竟发生了什么。
3、GS球的秘密
GS球是一个神秘的精灵球，它里面装着什么也没有人知道。最初它在南国的内木博士手中，但她研究了许久也研究不出什么所以然来，因此交由小智让他将GS球带给大木博士去研究，可是资深研究者大木博士对于这可精灵球也研究不出什么答案，便让小智把它带去给精灵球制作大师钢铁先生，不过钢铁先生也是毫无头绪。最后，GS球就留在了钢铁先生那里，关于它的秘密也就石沉大海，再也没有被提及。
4、小智的父亲
小智的父亲一直都是一个很神秘的人物，从未出场过，只是从小智母亲的口中得知他是一位宝可梦训练家，而且应该还是一位蛮厉害的训练家。除此之外，再也没有关于小智父亲的相关信息，小智也从未提及过他父亲的事情，甚至连小智家里的照片中都没有他父亲的身影。因此，小智的父亲极有可能在小智没有出生或者小智还特别小的时候就过世了。再不然就是在外旅行，进行着苦行僧般的训练。
5、达克多的剩余四只精灵球
在神奥联盟铃兰大会中出现了一位神秘的神兽男达克多，从比赛开始，他统共就只派出过一只达克莱伊，知道在准决赛遇上了小智，他才派出了他的第二只宝可梦拉帝欧斯。最后他凭借这两只宝可梦将小智的六只全部干掉了成功进入决赛，至于他剩余的四只宝可梦是什么就不得而知了，会不会也是神兽呢？天知道。
6、谜拟Q的秘密
谜拟Q，画皮宝可梦，身上一直披着皮卡丘形的破布而闻名。虽然它身披皮卡丘形的画皮，但是它本身却无比憎恨皮卡丘，总是想要置它于死地。武藏收服的那只谜拟Q就对皮卡丘充满了恨意，每当火箭队与小智他们开打时，这只谜拟Q就会失去控制，发了疯似的疯狂攻击皮卡丘，将武藏的指令完全置之脑后。甚至在百货商店见到了皮卡丘样子的气球，它都无法忍受，一定要将它们全部毁了才行。至于谜拟Q的这股恨意从何而来，我们则不得而知，此外，谜拟Q的真身也是一大谜团，就说见过谜拟Q真身的人都会染上怪病死去，所以没有人知道它的真面目是什么。因此，多次见到谜拟Q真身还活着的喵喵绝对是个幸运儿。
7、武藏母亲的下落
武藏的母亲叫做宫本，原本是火箭队的高级干部，后来不知所踪。据说她是被火箭队的老大派出去找寻梦幻，在她历尽艰险找到梦幻后，试图将它收服时，梦幻突然消失了。随后同行的人只是在浓雾中听到她的惨叫声，从此之后宫本销声匿迹，没有人知道她去了哪里。
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