对慢乙肝病人来说，应用干扰素治疗的最大优点是有明确疗程，一旦有效，可以按预定疗程停药。然而，干扰素的有效率不足40%，而且还有非常多的副作用，这就限制了它的使用人群。
一般说来，肝病医生常常推荐未生育的年轻人首次进行抗病毒治疗时选用干扰素。这是因为，如果取得满意疗效，年轻人可以在生育时不需要服用任何药物，从而提高生育安全性。而对于老年人，由于担心他们不能耐受副作用，则很少推荐干扰素。
除年龄以外，HBeAg阳性的慢乙肝病人（也就是“大三阳”）如果治疗前具有以下条件，疗效会更好：①HBV DNA定量比较低；②高ALT水平；③基因型为A或B型；④HBsAg水平低。如果病人具备这样的条件，可以使用干扰素治疗。
但对于HBeAg阴性的慢乙肝病人，目前还没有有效的治疗前预测因素，因此肝病医生也不积极推荐小三阳的病人使用干扰素治疗。
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