北京临时政府的成立，始终贯穿着北洋军阀和南方革命党人的斗争。北洋军阀以袁世凯为首，代表着大地主大资产阶级利益。从武昌起义之后，北洋军阀就是为了夺取国家的最高权力，袁世凯竭力控制北京临时政府，就是为了建立北洋军阀的统治。
总统府，实际上就是北洋军阀的大本营。在袁世凯刚当选临时大总统后，就迫不及待的组织起“临时筹备处”，袁世凯所派选的五十人，大部分都是“前清时代红人”！袁世凯还把清廷的军咨府改为军事参议处，一切工作性质都没有变化，就是改了个名字。军事参议处的秘书总长为前清的侍郎爱新觉罗·宝熙担任！在唐绍仪的内阁成立后，袁世凯又把部分人员安插到内阁中。
在4月21日，袁世凯撤销了临时筹备处、军事参议处，改为秘书厅和军事处为总统府办事机关。秘书厅和军事处的领导层人员均为北洋亲信。还把原来的巡防队、武卫右军改组成拥有三十五个营的拱卫军，段芝贵为总司令，直接受到总统府的节制。
袁世凯又在总统府设立外交、政治、军事、法律……等等各种顾问，用来安插自己的亲信和笼络人心。各种以奇奇怪怪的名目设立的顾问越来越多，以致于总统府的顾问“比较前清弼德院尤为茂盛”！袁世凯在军事、外交、内务等部门安排自己的亲信，夺取这些部门的权力。还怂恿这些部门实行“独立主义”，千方百计的缩小内阁的权限。还通过参议院提出“修正案”，来取得内阁各部分司以上的官员任免权，取消了内阁制定大政方针的权力。
尽管袁世凯对内阁极力的破坏和操纵，但是在内阁和参议院两方面的牵制下，还没有达到袁世凯垄断全部权力的目的。内阁仍旧拥有像“副署权”这样的权力，可以对袁世凯的专制形成很大的限制。
另一方面，在革命党人的心中认为，责任内阁制是关系到民主共和的巩固，绝对不能让袁世凯随意破坏。就像不是很懂农业的宋教仁，毅然就任农林部长一职，而且制定了一整套发展农林的计划，每次议论政策的时候发言最多，以自身的努力来提高内阁的地位。蔡元培也一样努力的维护责任内阁制的原则，抵制袁世凯企图独揽大权的野心。在宋教仁、蔡元培和其他同盟会阁员的努力下，致使内阁总理唐绍仪“每有要议，必就商于蔡、宋二君”，“袁世凯以每有设施，辄为国务总理依据约法拒绝副署，致不能为所欲为，深滋不悦”！当时的舆论都成唐绍仪的内阁为“唐宋内阁”！
参议院也对抵制袁世凯专制做出了巨大贡献。袁世凯不经过参议院的决议，私自任命各部次长遭到参议院的反对。对于袁世凯提交的各种修正法案，参议院也经常发出反对的声音，还运用“议决权”多次删减更改。这些看起来威力不大的斗争，实际上都成为袁世凯专制独裁重要的障碍。
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