但是，轉復的方法、效果有限，很多病人不適合把房顫轉復為竇性心律、或者轉復不成功、或者轉覆成功了維持不住、或者在維持過程中由於藥物不良反應而被迫停用，等等。總之，很多情況下轉復和維持竇性心律是很困難的一件事。據文獻報告，陣發性房顫50%～70%能夠轉覆成功，而持續性或永久性房顫只有15%～50%能夠轉覆成功。而轉復後又難以維持，大約30～60%又復發了房顫。
而且如果長期用藥物維持竇性心律，（抗心律失常）藥物的毒副作用也不容忽視，比如可以引起其他類型的心律失常；可以抑制心肌的收縮力，造成心功能減低；還有對心臟以外其他臟器的損害等。
近年來，還有一種防血栓的微創手術開展比較多，就是“左心耳封堵術”。手術方法是通過導管在左心耳（附著左心房）開口的部位放封堵器，把左心耳堵住，這樣心房壁就光滑了，長血栓的幾率就少了，左心耳的血栓也不會跑出來了。這種手術也有外科開刀做的，把左心耳結紮或切除，這種很少用。
兩種策略各有利弊，應該如何選擇呢？
一般來說，對於初次發作的房顫，65歲以下、有明顯心悸等症狀、沒有器質性心臟病的孤立性房顫、特發性房顫，體力活動比較多、房顫時心率較快的年輕人，或者房顫時容易誘發心力衰竭的病人，還有合併預激綜合徵的房顫病人，首選節律控制。合併預激綜合徵的房顫患者，必須轉復為竇性心律，否則房顫會變為室顫，會有生命危險。
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