两江总督的官职和权利要大于江苏巡抚。清朝在地方实行督抚制，督就是总督，抚就是巡抚，合称督抚。督抚都是清朝地方大员，但两者的地位是不同的。
一、管辖范围不同。清朝在全国设立23个省，每一个省设巡抚一名，主管全省的军政事务，江苏巡抚就是江苏一省的最高长官，驻地在苏州。总督管理的范围要比巡抚大，可以管理一个省，也可管理数个省。比如两江总督，他直接管理江苏、安徽和江西三个省，驻地在南京。清朝初年，总督的辖地和名额不定，乾隆时期成为定制，全国有八个总督：直隶 、两江、陕甘、闽浙、两湖（即湖广）、两广、四川、云贵。
另外，清代还设有漕运总督、南河总督和东河总督，这三个总督主管漕运事务，民政和军队少有涉及。
二、权利侧重不同。从名称可以看出两者的权利差别。巡抚，就是抚民，虽然也涉及一省军务，但主要管理民政。而总督，就是督察，往往加兵部尚书或兵部侍郎衔，他的主要任务是以文臣钳制武臣，协调各省关系，防止各省之间相互推诿，侧重于军事。既然总督可以协调各省关系，自然地位和权力要对巡抚。
两江总督的权利在不断加重。道光时期，两江总督可以监管两淮盐政，同治时期又监管五口通商（广州、厦门、福建、宁波、上海）事宜，授南洋通商大臣。晚清许多重要人物都担任过两江总督，比如曾国藩、曾国荃、刘坤一、张之洞等人。
三、官员品级不同。巡抚的品级为从二品，如果加兵部侍郎衔，为正二品。总督的品级为正二品，如果加兵部尚书衔，为从一品。所以总督的品级≥巡抚。
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