大明建立后，朱元璋将军权过重的大都督府分为左军、右军、中军、前军、后军五都督府，原本属于大都督府的军事指挥权和调兵权也被一分为二，军事指挥权归五军都督府，调兵权收归皇帝。凡遇战事，先由兵部向卫所下达皇帝的调兵命令，然后再由五军都督府的都督充任总兵官率领卫所士卒作战。
征伐则命将充总兵官，调卫所军领之，既旋则将上所佩印，官军各回卫所。盖得唐府兵遗意。
洪武、建文时期，总兵官既不是固定官职，也没有品级，只是在战时临时设置。这样做虽然能防止武将割据自雄局面的出现，但要是遇到敌人大规模入侵，就会产生一个大问题：前线各都指挥使互不统属、无法合力应敌，容易被敌人各个击破；总兵官统领的卫所士卒需要集结、行军，往往会贻误战机。
为了解决这个大问题，朱元璋从洪武十三年开始陆续分封自己的儿子们为藩王，驻防要地、节制防区内的卫所将士。
但是，随着藩王朱棣靖难起兵、成为大明新君，藩王的权力被大大削弱，不得继续节制防区内的卫所将士，朱棣又遇到了跟朱元璋同样的大问题。这种情况下，朱棣陆续在各要地设置镇守总兵，统辖防区内的所有军务，总兵成为了明代的正式官职。
永乐、洪熙、宣德时期，镇守总兵的权力相当大，军户的军籍和屯田、卫所士卒的操练、衣甲兵器的修补、城堡墩台的修筑和战马的饲养都归总兵掌管，并且总兵还可以自行决定战守。
整饬兵备，申严号令，练抚士卒，振作军威。务要衣甲整齐，器械锋利。城堡墩台坍塌以时修治坚完，官军骑操马匹责令饲养膘壮。仍督屯田粮草，并一应钱粮不许侵欺。遇有贼寇，相机战守。
如此一来，总兵的设置不仅加强了卫所士卒的战斗力，也能在战时统领防区内各都指挥使司的将士合力拒敌，但是权力过大容易导致总兵称霸一方、割据自雄，所以永乐、正统时期朝廷又通过向各要地派遣镇守中官和巡抚的方式制衡总兵。
明代的巡抚始设于宣德初年，属于临时性官职，职责是治水、督察农情和赋税。正统初年，开始在边镇设置巡抚，巡抚的职责扩展到军事领域。
景泰时期，巡抚的权力进一步扩大，军事、民政和刑狱都归巡抚掌管，除边镇以外的各要地也开始设置巡抚。
天顺时期，巡抚隶转而属于都察院，巡抚加挂都御使衔节制各地的都指挥使、布政使和按察使，巡抚正式成为朝廷派驻地方的最高军政长官。
这种情况下，共同掌握军权的镇守总兵、镇守中官和巡抚既取代了布政使、都指挥使和按察使成为明代地方权力的“三极”，又有效地防止了总兵称霸一方、割据自雄。
成化时期，断藤峡之战波及两广地区，广东和广西的巡抚、总兵都无力单独应对，明宪宗只能以断藤峡之战的明军统帅韩雍为两广总督，一体节制两广地区的巡抚、总兵，明代的总督登场了。
金事陶鲁言：“两广地势错互，当如指臂相使，不可离析。近贼入广西，臣与广东三司调兵，匝月未决，以是贼得大肆劫掠，乞仍命大臣一人总之，庶事权一而责有所归”。诏即其家起韩雍，仍总督两广，开府梧州，遂为永制。
弘治时期，随着武将地位的下降和文官地位的崛起，原本总兵与巡抚平级的规定被打破，总兵成为了巡抚的下级，发展到万历时期，宣府总兵李如松仅仅因为邀请宣府巡抚许守谦同坐就被弹劾、罚俸，期间虽然有过刘瑾向明武宗提出召回天下巡抚的建议，但是随着刘瑾以谋反被诛，此事也就不了了之了，巡抚终于成为明代名副其实的地方最高军政长官。
嘉靖时期，倭寇对大明东南沿海的进犯使得巡抚掌管一省军政的小军区建制难以应对，所以明世宗又在闽折、辽东和九边重镇设立总督。至此，各地的军务都由总督节制，大明的军事指挥体制由最初的以武将为主的五军都督府、卫所转向了以文官为主的总督、巡抚。
往年辽东、两广、河套有警，俱用总督专征，戎事有赖。近虽奉旨裁革，但今日边事方殷，事权不一，乞救吏部会同府、部、九卿、科、道，推举在廷大臣忠诚有将略者，复令为总督，则节制归一，而边患可无虞矣。
天启、崇祯时期，随着农民起义规模的愈来愈大和辽东的屡战屡败，总兵、巡抚和总督由只在重要地区设置发展到滥设，仅仅京畿之地就有蓟辽、直隶、昌平和保定四个总督，密云、天津、保定等地又有六个巡抚，昌平、通州、保定等地又有八个总兵。
时关内外并建二督，而关外加督师衔，地望尤尊。又于昌平、保定设二督。于是千里之内，有四督臣。又有宁远、永平、顺天、密云、天津、保定六巡抚；宁远、山海、中协、西协、昌平、通州、天津、保定八总兵，星罗棋置，无地不防，而事权反不一。
一个地区四个总督、六个巡抚、八个总兵，滥设至此，明军的屡战屡败也就不难理解了，至崇祯末期，朱由检甚至连哪个地方设置了总督、哪个地方没有设置总督都搞不清了，比如说崇祯十四年，朱由检派丁启睿代替杨嗣昌督师陕西、河南、山西、湖广、四川时又令其兼任陕西三边总督，但是在此之前朱由检就已经任命傅宗龙为陕西三边总督。
这说明，明末由滥设总兵、巡抚、总督导致的政令、军令混乱已经到了相当严重的境地。
在明末战事频繁的背景下，多设总督、巡抚、总兵其实是有利于朝廷对地方的掌控的，但是毫无规划的滥设却导致了明末政令、军令的混乱，不仅不能帮助明军取得胜利，反而还加速了大明的灭亡，所以总兵、巡抚、总督的滥设就成了压垮大明的第三颗稻草。
【玺言春秋明末历史第四十六讲，参考文献：《明会典》、《明史》、《明史纪事本末》、《明太祖实录》、《明宣宗实录》、《明英宗实录》、《明世宗实录》等。】
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