蒙古族中有句古諺：“兩個羊頭，一口鍋裡煮不下。”阿里不哥與忽必烈之間的內戰，是蒙古帝國的第一次內戰。
總體上看，忽必烈控制中原漢地及漢地世候的軍事力量；阿里不哥則控制漠北蒙古本部，掌握有大部分蒙古軍隊。
在內戰之初，兩人之間可以說是勢均力敵，勝利的天平隨時可能會倒向任意一方。
那麼，是什麼原因導致阿里不哥輸給忽必烈的呢？
一、阿里不哥爭奪關中失敗。
關中乃中原之根本，司馬遷在《史記》中說，“夫作事者，必於東南，收功實者，常於西北。”從地勢上看，關中對東部平原呈高屋建瓴之勢，秦據關中而滅六國，秦漢以後的隋、唐也是依託關隴和西北地區而崛起。如果阿里不哥佔有關中，從高處而下的蒙古騎兵將沖毀忽必烈一方據守中原的努力。
然而，駐守六盤山的蒙古將領渾都海並沒有進攻防守空虛的關中，反而率領四萬蒙古精騎北上和林。7月，率軍北上的渾都海遇到奉阿里不哥之命南下的阿蘭答兒，再次轉身南下。
1260年9月27日，兩軍會戰於耀碑谷，結果阿里不哥軍隊被窩闊臺之子合丹所擊敗。戰後，渾都海、阿藍答兒二人被俘虜，並戴上器械押至京兆被處決，廉希憲下令將二人首級懸掛於鬧市之中三天。
二、哈拉和林遭受到忽必烈的經濟戰。
自從窩闊臺以和林為都城以來，“大汗和貴族們習慣上要用馬車從漢地為和林運去美酒佳餚”，每年從內地運往和林的糧食就達到二十萬石以上。運輸被截斷以後，和林城內很快就發生了饑荒，食物價格飛漲，軍隊無心打仗，居民人心惶惶。
阿里不哥南下與忽必烈交戰再次失利，由於爭奪燕京和關中的希望也已經全部落空。阿里不哥被迫退到由他繼承的拖雷分地吉里吉思（葉尼塞河上游南，今俄羅斯聯邦唐努烏梁海地區）。
三、軍事上無法取勝。
1261年9月，經過一年的休養生息後，阿里不哥逐漸恢復實力，軍隊兵強馬壯，率軍偷襲和林一舉成功。但在之後不久，11月，阿里不哥再次在昔木土腦兒(今蒙古蘇赫巴託省南部)被忽必烈擊敗。
四、察合臺汗國的背叛。
察合臺汗國大汗阿魯忽不堪忍受阿里不哥的屢次徵派，暗中與忽必烈勾結並處死了阿里不哥派來的使者團。阿里不哥接到消息之後，又氣又恨，為了重新獲得察合臺汗國的物資供應，他被迫放棄和林，西征阿魯忽。
1263年6月，阿里不哥佔據了察合臺汗國。
但在遠離和林的同時，意味著阿里不哥已經在與忽必烈的內戰中失敗了。
果然，不久之後，叛變之風蔓延，從駐紮於伊犁河的軍隊逐漸蔓延到阿里不哥留駐蒙古本土的宗王大將。其中，就有蒙哥之子玉龍答失，他也派遣人向阿里不哥要回父親蒙哥的玉璽投奔忽必烈去了。
1264年，窮途末路的阿里不哥只得啟程，前往忽必烈處投降。
阿里不哥投降忽必烈之後一年不到，就死了，大概活了四十多歲左右。關於阿里不哥的死，史書上記載是患病而死，但是死因頗值得懷疑。
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