孫毓汶出生在山東濟寧的一個官宦世家，曾祖父、祖父、父親都是清朝高官。
咸豐六年，孫毓汶參加科舉考試，當時輿論普遍看好的狀元人選，一是孫毓汶，一是翁同龢。翁同龢也出自名門，祖上與孫家是世交。孫家看著翁同龢是奪魁的最大對手，在殿試前一日，將翁同龢請到家中吃飯，美酒佳餚，一通猛灌，將翁同龢灌的爛醉如泥。翁同龢酒醉之後，老爹翁心存卻有準備，已經弄好了解酒藥和人參湯，翁同龢吃了之後，第二天殿試時如有神助，精力特別充沛，下筆如有神，得了一甲第一名，孫毓汶得了第二名。此事在京師官場傳的沸沸揚揚，由此翁同龢得了個雅號“人參狀元”。
照理說，孫毓汶考中第二名榜眼，雖是妾室所生，在家族中也可以揚眉吐氣了。但他事實上並非如此，他的堂哥孫毓溎早在道光二十四年就高中狀元，此後歷任高官，在孫氏家族中很有權威。
咸豐八年，孫毓汶父親去世，返回濟寧老家丁憂，此時他的嫡母已去世，他就動起腦筋，想將自己的生母給扶正。依照禮法，在正房去世之後，如果經過全族同意，可以將偏房扶正，此後也就擺脫了小妾的身份，可以揚眉吐氣。孫毓汶以為憑自己在科舉上的成就，可以讓族人欣然同意。不想此時堂哥孫毓溎的老婆在家主持內政，對此表示反對，此事不了了之。
自從幫母親扶正的努力失敗之後，孫毓汶就一直對濟寧孫氏比較冷淡。他的門生外任為濟寧知府，特意去拜訪他，詢問對濟寧孫氏家族有沒有需要照顧的。不想孫毓汶反應冷淡，反而交代對孫氏族人要嚴加管教，違法者必須嚴加懲戒。孫毓汶一直將母親帶在身邊，以便盡孝。光緒元年，他的母親重病不起，他食不甘味、寢不解衣，服侍母親。生母病故之後，棺槨運回濟寧之後，孫氏族人卻提出，棺槨不得入祖墳，不得與孫毓汶的父親合葬。孫毓汶此時也出離了憤怒，他穿著孝服，跪在母親靈柩前寫下奏章，請兩宮皇太后幫自己做主。慈禧看了孫毓汶的奏摺後大為同情，就將孫毓汶生母封為一品夫人。得到慈禧的站場之後，孫毓汶揚眉吐氣，將父親的棺槨從祖墳中起出，遷往新墳與母親合葬。發喪當日，孫毓汶搞了一場隆重的喪事，讓所有孫氏族人目瞪口呆，此後孫毓汶與濟寧丁氏族人斷絕來往。出於對慈禧的感激，在官場上孫毓汶惟慈禧是從，無比忠心。
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