1644年3月18日夜，李自成命令大順農民軍圍攻北京城，不久，明宮太監曹化淳打開城門迎降，農民軍將士魚貫而入，進佔了北京外城。
19日凌晨，心知大勢已去、無力迴天的崇禎帝朱由檢出宮登上煤山。煤山上有座壽皇殿，殿旁有棵歪脖子古樹 ，崇禎令王承恩在樹枝上搭上一根白綾，他自己將白綾套上了脖子。忠心耿耿的王承恩眼睜睜看著崇禎死去，隨即也吊死在他的對面。
差不多就在崇禎自縊煤山的同時，農民軍打開了北京內城各門。午後，闖王李自成、“權將軍”劉宗敏等率大隊人馬，由德勝門轉大明門，浩浩蕩蕩進入了北京城。至此，歷16帝享276年國運的明王朝黯然退出了歷史舞臺。
史載，農民軍進京初期，紀律尚可，本已人心惶惶的京師秩序漸漸得以恢復。不久，大順軍軍紀崩壞，以劉宗敏為首的大順軍大小將官縱容士卒將京城女子玉帛劫掠一空，又將擒獲、歸降的明朝文武官員一個個剖腹挖心，灼肉折脛，用異常毒辣殘暴的手段追索藏銀。明朝遺老遺少和京城縉紳世家、百姓對其恨之入骨，相率出城逃亡者日眾。
李自成和麾下將士進京後，享樂思想滋生，大小將官吃喝嫖賭，李自成則佔據紫禁城，在裡面做起了帝王美夢。大順軍在城裡搶人錢財，占人妻女，忙得不亦樂乎，哪裡還有閒心去管崇禎的屍首？
之後，明山海關守將吳三桂引清軍入塞，並在山海關一片石聯合清軍夾擊前來討伐的李自成大順軍，大破之。李自成領潰兵逃回北京後，在武英殿匆匆舉行了登基儀式，然後押著數百車財物，倉惶出京，失魂落魄的往西北方向逃去。李自成在京城裡只待了短短42天，只做了42天帝王夢。
多爾袞在吳三桂的引領下殺入京城。史載，為籠絡中原人心，多爾袞下令將崇禎帝朱由檢和周後的屍骸用柳木棺收斂，寄放在寺廟裡。後來又下令以禮安葬他，並允許明朝遺老官紳們哭拜祭祀。祭奠完後，決定將崇禎夫妻殯入田妃的陵墓。清廷從十三陵田租裡撥出1500兩銀子，明歸降太監曹化淳和前明文武們自籌1500兩，共3000兩用於開掘墓道、修築碑亭。1644年底，朱由檢終於入土為安，和他的周後、田妃一起安息在地宮裡了。
南明小朝廷建立後，給崇禎諡號“烈皇帝”，廟號思宗。清廷給他諡為“莊烈愍皇帝”，沒有廟號，只將他的陵墓賜名“思陵”。從清廷和李自成對待崇禎遺體的態度與手段上看，李自成胸無點墨，毫無遠見，其敗亡早已註定。
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