之前我們已經整體梳理了中國歷史上二千多年間，煉丹術產生、發展、興旺、衰退乃至消亡的過程。但是這只是史書上的記載，有些東西可能不會載入史書上。我們必須通過邏輯推理，大膽求證，才能觸摸到那神秘的本質。
丹藥，雖然傳說有能夠讓人長生不死等功效，但它從本質上來講就是一種礦物藥，可以視為中藥的姊妹。但中藥是以“本草”類藥物為其根本。而“本草”類藥物主要是指動植物的組成部分，也就是以有機成份為主的藥物。而“丹藥”卻是以無機藥成份為主。這就是它倆的主要區別。雖然中醫也吸收了礦物藥，但並沒有將其做為主流。
對於大多數人，中藥就是本草
所以這麼做，並不是醫生對丹藥的歧視，而是基於技術問題。在古代的條件下，很難對於礦物實現精煉，大部份礦物中都含有雜質，這會嚴重影響藥性，因此制約了丹藥的發展。
人類服用礦物藥的歷史源遠流長。自上古，中國人就開始食用丹砂、雄黃、麥飯石等礦物，漢代食用玉屑，及後的魏晉時代，又開始吃金屑酒、五石散。到了唐代，從印度更傳入長年方。這些都在歷史上留下了濃墨重彩的一筆，也經常被認為就是丹藥。
但丹藥與普通的礦物藥是不同的。普通的礦物藥沒有經過化學加工，只是經過了物理處理，也就是說只是把礦物打碎，磨粉，以利於服用。更重要的是，普通的礦物藥缺乏一種完整的，系統的理論支撐。這些都是丹藥成為古代最著名的礦物藥和醫者們的最高成就的原因。
丹藥的形成基於下面三個要素：
1、必須有規模較大，水平較高的冶金工藝技術。
2、必須有能夠自圓其說的理論體系。
3、必須要具備體系完整的哲學體系。
冶金工藝為煉丹提供了技術支持。自圓其說的理論體系主要是指宗教信仰，讓人相信神靈的存在。而哲學體系則提供與天相抗的動力。三者缺一不可。
礦物藥
世界文明古國中，古埃及和古波斯有發達的冶金技術，也有濃厚的神秘主義思想，但缺少完整的哲學體體系。也就是說，他們對於延續生命這件事，被動地依靠神靈的賜予，而不是自己的努力。所以無法產生丹術。相對而言，古希臘有博大精深的哲學體系，但在實實在在的技術工作方面卻遜色一籌，其冶金技術也無力支撐丹術的發展。而當缺失信仰時，冶煉更多的是為實用服務，而不會投入到對丹藥的研究上。古代中國北方有很多擅長冶煉的民族，但其丹藥研究並不發達，而是把更多的精力投入到製造武器上了，原因即此。
在世界文明古國中，中國第一個滿足了上述三個條件。商代已經有大型青銅器的鑄造經驗，戰國時代鐵器廣泛運用，秦國達到青銅器生產的巔峰。而秦始皇統一六國後，更把六國的信仰都統一了，他召集各國方士為自己服務，營造了良好的神學氛圍。最後，在戰國時代的百家爭鳴，使道家、儒家的哲學脫穎而出，在漢代又形成了黃老道。這才有了丹術在中國產生的條件。
最早期的丹藥可能來自三種信仰的混合，即
（一）灶神信仰。丹藥的理論建立在可以服用的基礎上，所以某種意義上它也就是種食品，所以丹術中就有祭社神的環節。
灶神信仰
（二）丹砂信仰。因為丹砂顏色鮮紅，被認為與鮮血與神蹟相關。所在自上古起就有人服用丹砂，以求長生。
（三）黃金信仰，黃金的不朽屬性讓人著迷，因此在戰國時代就有人祝福他人“壽如金石”。在漢代，黃金也從貨幣轉化為有神性的飾品。
但在戰國時代至秦初，雖然有此理論認識，但還沒有人能夠付諸實踐。因為在當時無論丹砂還是黃金，以及冶煉技術，都被掌握在貴族的手中。普通術士難以接觸。上層傳說中的長生藥，依然是以天然生成為主，或者掌握在海外仙人的手裡。因此上迄戰國三代君王，下至秦始皇，都只想到海外尋仙，而不是自己製造丹藥。
真正第一個煉丹的帝王是漢武帝，在他的支持下，術士李少君提出了煉丹術的理論，即先鍊金，再以藥金製作飲器。通過食用其中貯存的食物得到長生。李少翁、欒大相繼進行了煉丹的工作，但都以失敗告終。而煉丹術的另一個可能的起點是淮南王府。淮南王劉安召集了“八公”進行化學試驗。有了很多成果。但這些成果都已經失傳。
後世通行的成理論的煉丹術出處不詳，道士們認為，其是誕生在上界三清天中的太清天中，也就是說，丹術本是太清太上老君掌握的仙術，被仙人傳播至人間。這自然是個神話，但是丹藥的冶煉真正達到了那個時代的科技頂峰。以至於後世由三國至南北朝三百年間都難以複製其成功。唯一科學合理的解釋就是丹術還是是自宮庭傳出來的，因為那裡才有可能達到丹術產生的條件，即擁有遍佈全國的藥物、輔助材料，專業研發的時間和最高超的工藝技術。這些都不是普通人家能夠置備的。即使是貴族，也很難滿足這些條件。而正是對丹藥的向住而無力達到的原因。才促進了後來的丹藥簡化版——五石散的大流行。
漢武帝就可能是丹術的源頭
但到底是哪一位皇帝進行了開發後世丹藥的相關試驗已經不得而知。因為在漢武帝之後，漢宣帝一度也有過鍊金之舉，可能還有些秘密煉丹的皇帝。因此現在缺乏可靠的證據指明丹藥的最確切源頭。但自漢以後很多帝王梟雄或公或私都對丹藥表示過關心，如魏武帝曹操，吳大帝孫權。但他們的煉丹之舉也無法詳細考據。
早期煉丹的道士被後人稱為“太清派”道士，這是個不被所有人認可的概念。但其出現很早，大概與張天師所開創的“正一派”道士同時。也就是說，被現代人認為是正統道教的“正一派”與“太清派”其實在漢代還是兩條平行線。他們也許都信仰“道”，他們也許都供奉老子。但他們間沒有上下級的關係。張天師管不了太清派的道士。而太清派卻也是道教的一個源頭。早期的正一派道士可能不煉丹，然而道教的各個派別在後世相互融合，正一道士也開始煉丹，太清道士也尊奉張天師，於是有了張天師煉丹的傳說。於是便難以將兩派道士區分開。太清道士是很隱蔽的一個派別，可能以中嶽嵩山為根據地。目前唯一知道的太清丹法在三國時代最早的傳人就是左慈。是他將太清丹術傳入了江南一帶。後流入葛氏一門手中，被葛玄及葛洪叔侄發揚光大。後來被上清派所吸收。從此丹藥的命運很多時候是與道教的命運聯繫在一起。道教興則丹道興，道教衰則丹道衰。而作為漢族特有的本土宗教形式，道教的命運也和漢族的命運聯繫在一起。道教昌盛的時代也正是漢族強大的時代，如唐明。道教衰落的時代也正是少數民族強大的時代。如元清。
皇帝對丹藥的需求目的有兩個。第一個當然是長生延年，一個與正史記載相左，令很多人不願意相信的事實是，服用丹藥的帝王的平均壽命高於不服用丹藥的帝王。以唐代為例，服丹或礦石藥的帝王平均壽命比不服藥的帝王高十歲左右。而煉丹的第二個目的就是與丹藥同出一源的黃白朮。皇帝希望通過用黃白朮煉出的金銀來促進經濟，充盈國庫。漢宣帝讓劉向根據《淮南萬畢術》的記載煉過金銀，但失敗了。不過在漢末出現了著名的“第一黃白師”狐剛子，是他對“藥金藥銀”成為現實。後來經過魏晉南北朝三百年的努力，黃白朮走向成熟。唐代和宋代都有以煉出的偽金偽銀充當貨幣的經歷。這些人造“金銀”一度甚至曾遠銷西方，開啟了阿拉伯國家的鍊金史。武則天還經常把“藥金”賞賜給大臣。
在南北朝時代，煉丹術面臨的主要挑戰有兩個。第一個是因為南北分裂，造成的煉丹藥物的難以備齊，這讓煉丹術一度幾乎面臨失傳的境地。但道士們最終克服了這個困難，取得了很多成果。其中最重要的當屬由葛洪開啟的單質砷的發現及利用。另一個是屬於精神和社會層面，那就是源於其他哲學體系的挑戰。
毒藥“砒霜“卻曾經是丹術史上最要的成就之一
因為丹藥不光是一種藥物，而具有與道教哲學體系相結合的特徵。於是與佛教和儒家另外兩種在古中國佔據統治地位的思想發生衝突。儒家認為煉丹花費時間精力過大，脫離現實，對政治和民生無益。而佛教認為相對擺脫輪迴之苦的佛法，煉丹只是小伎倆。因此雙方都對丹藥持質疑甚至反對的態度。特別是佛教，和尚們把限制佛教發展的帝王的死因都歸結于丹藥，使很多人相信，丹藥＝毒藥。這其實是不符合事實的。
丹藥的確含有毒性，但科學地服用也的確可以起到強健身體的作用。這是被歷代道士證明了的。孫思邈、王遠知，很多煉丹的道士都壽過百齡。但通過丹藥達到長生不老也只是種道士們一廂情願的想法。一方面濫服丹藥時有發生，一些混入道門的敗類借用煉丹術斂財甚至傷生害命。另一方面，在批判煉丹術的同時，佛教也引入了印度的長年方，與煉丹術搶奪市場。有趣的是，很多因為服用長年方或其他如五石散等礦物藥引起的死亡事件也被認為是丹藥造成的。這些都極大地敗壞了丹藥的聲譽。
在唐代，丹藥和道教一起發展到了頂峰。當時的道士在整個亞洲尋找原料。整個社會服丹非常普遍，金屬的煉製和藥物的生產技術都得到了很大的發展。其中最輝煌的成就當屬火藥的發明。很多道士利用丹藥治病取得了不俗的療效。然而，也因為正因為過於發達，丹藥開始與原來的宗教體系脫節。僧道官俗都開始煉丹。而這是丹藥開初時所反對的，因為就太清道士們看來，丹藥不僅是技術，而是與神靈相關的宗教。而只注重技術的丹道已經步入了邪路。而且丹藥還深深捲入了政治旋渦。中唐五位皇帝的死亡多少與丹藥有關係，然而更可能是被政治鬥爭所利用。而在缺乏實證的基礎上，以儒家思想為宗的史官們更喜歡草率地把死亡歸結于丹藥。因為這樣可以防止後來的皇帝們在這上面投入太多的時間。
但是對丹藥造成最大的打擊的還是醫學的發展。因為隨著醫學的進步，更安全的、更有保障的藥物勢必取代充滿不確切的危險的丹藥。其實在唐代，丹藥的技術化已經呈現出這一苗頭。而後醫藥發展。藥物對丹藥的衝擊越來越大。最大的衝擊其實有兩次。一次是宋代，醫藥分家。藥物更加透明化。使得丹藥的毒性更為明顯。結果道教部分捨棄了丹藥，並吸收其中的部分術語完善了早已存在的內丹術，並且宣稱，內丹源於太清天之上的上清天，也就是上清靈寶天尊的領地。上清高於太清，因此，內丹高於外丹。另一方面，香料成為宋代的主要流行藥物，這與唐代的情況構成了鮮明對此。丹藥的衰落從此開始。
上清靈寶天尊
在丹藥的衰落過程中，煉丹師們不是沒有想到過自救。甚至在明朝一度發展到生物製藥的高度，採用“以人補人”的方式提煉出各種激素。但受限於視野和思維的侷限。道士們始終以長生不老，飛昇成仙作為煉丹的目的，並沒有上升到探索世界本源的層面。而“以人補人”的方式又影響了倫理道德，成為了標準的邪術。最後當明清易代之後，在社會普遍倒退的背景下，丹藥的這次改革成為了曇花一現，使得再無抬頭機會。而現代把硃砂趕出了內服藥的體系，更是斷絕了丹藥最後一線希望。
而更致命的挑戰發生在近代。隨著外國先進製藥技術的進入，傳統中醫藥都受到了沉重的打擊。遑論丹藥，這也就使得丹藥被人們徹底拋棄。但讓人感覺遺憾的是，現代藥物是在西傳丹藥的基礎上發展起來的。而中國的製藥技術徹底落後國外的時期正是在道教受到壓制的清朝時期。如果在那個時代道士們能夠有機會和外國同行們廣泛交流，能夠發展出更具中國特色的現代化學也未可知。
時至今日，丹藥已經徹底成為歷史。但是《道藏》中依然記載了大量與丹藥有關的資料，其中不乏可以為現代醫藥所利用的寶貴財富。也許在未來，人們可以用一種更為公平、科學的觀念重新審視丹藥。從而改變我們的生活。因為人類對健康的追求是永無止境的，對醫藥科學的認識也一樣。
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