公元403年十二月，桓玄篡位稱帝，終於完成了其父桓溫未竟的事業，同年劉裕跟隨桓修入朝拜見新皇帝。
桓玄素聞劉裕大名，卻一直無緣得見，如今首次相見，便覺得此人雄武英姿，非常人能比，心中不免暗自喝彩，對司徒王謐說：“劉裕氣度不凡，真乃是人中豪傑！”
這個情節在評書中出現過好多次，比如老楊林初見秦叔寶，又或者金兀朮首戰嶽鵬舉，桓玄畢竟也是一時豪傑，愛才之心頓生。
為了拉攏劉裕，桓玄又提拔他為徐、兗二州刺史，並在朝會後向他親自敬酒。
桓玄的皇后當時在宴會後面的帳子裡，她見了劉裕如此人物，頗能識人的她心中大驚，數次向桓玄建言：“劉裕行止有龍勢虎志，行事不同凡響，不會久居人下，宜儘早除之！”
不過此時桓玄已經開始為日後大業開始幻想，人才自然要用，遂說道：“朕正欲平定中原，只有劉裕這樣的人才英武可用。等到關、洛平定，再作計議。”回頭下詔稱：“劉裕以少勝多，屢次打擊孫恩賊軍氣焰。渡海追寇，十滅其八。諸將奮力作戰，多數受過重傷。上自元帥下至將士，論功行賞，以表功勳。”
桓玄雖然對劉裕一番表揚，但對於北府兵，他還是忌憚的很，誰讓這支軍隊有點猛呢！他開始瓦解北府兵，大力剿殺北府兵舊將，北府軍幾乎遭到滅頂之災。當然了，劉裕何無忌等人也在桓玄盤算之際，聯絡北府兵殘餘兵將，伺機反攻桓玄。
不久，桓修還鎮京口，劉裕也趁著這段時間把桓玄的家底摸得差不多了，藉口舊傷復發，不能騎馬，難與桓修同還，反而與何無忌等北府舊將乘船，共謀復興王室之計。
參與者劉裕的弟弟劉道規、沛郡劉毅、平昌孟昶、任城魏詠之、高平檀憑之、琅玡諸葛長民、太原王元德、隴西辛盧興、東莞童厚之等。
劉毅少有大志，在劉裕跟何無忌商討討伐桓玄之時，他也參加進來，此前，曾專門到京口找好朋友何無忌商議討桓大計，何無忌不知這個好友之意，就裝作糊塗道：“桓玄現在擁甲數十萬，這麼強盛，豈是我們能夠討伐？”
劉毅決然道：“天下自會判定強弱，違背道義，雖然強盛亦算弱小，而桓玄無道，海內鼎沸，縱有百萬雄師，亦不足懼！若有領袖振臂高呼，大事可成！”
何無忌道：“英雄者，當有氣吞八荒，胸懷今古之志，這種人物我去哪兒給你找？”
劉毅呵呵一笑，“兄弟，別裝了！下邳太守劉裕，方今豪傑，要滅桓玄，非他不可。”
而平昌孟昶更是直接，他時為青州主簿，也因不滿桓玄篡位，直接到京口尋找劉裕謀劃大事。
劉裕不知其意，就以退為進，“京口龍蟠虎距之地，已有英雄乘勢起於此地，公聽說過這事沒有？”孟昶大笑，道：“將軍問我作何，江東英雄，除了將軍還有誰呢？”
大傢伙皆是英雄豪氣，為了打倒桓玄，就直接在船上商定大計，由何無忌起草討桓玄檄。
回到京口，何無忌知大事可成，心中不免歡喜，不過檄文尚未完成，何無忌就躲在家裡的屏風後寫檄文。
何之母劉氏，乃劉牢之之姐，自打弟弟被桓玄所害之後，她經常想該如何報復，可能因為這樣，老人家腦子特別的活泛。
這一回何無忌回家之後，種種行為，皆是神秘兮兮、鬼鬼祟祟，尤其是劉氏問他為何發笑，何無忌競支支吾吾說沒笑，劉氏起了疑心。
為了查清真相某天夜裡，劉氏不顧年紀一大把，用蓋子把蠟燭蓋住，然後悄悄用梯子爬到屏風之上，居高臨下，朝裡偷看，此時何無忌自然不知母親如同猴子一般在自己頭頂，還在一心一意撰寫檄文。
劉氏乃是世家出身，看清了檄文內容後，激動得放聲痛哭。她像猴子一樣，三爬五爬，直闖裡屋，把何無忌嚇了一大跳。她抱著何無忌哭訴著說：“你舅舅（指劉牢之）被桓玄害死，老身正恨無人報仇，兒今日能起兵跟桓玄對著幹，就算不成功，我也死而瞑目了！”而當她聽說主謀的是劉裕，立刻眉開眼笑，拍著兒子的肩頭說：“大事必成矣！”
公元404年二月，劉裕借打獵為名，召集眾家兄弟，驀然舉事。
何無忌詐稱大楚皇帝詔使，騙開將軍府大門，斬殺桓修，佔領了京口重城。劉裕自稱總督徐州事，留孟昶守京口本部，自領一千七百個弟兄從京口殺奔京師建康。
一路上，劉裕傳檄四方，稱益州刺史毛璩已經在萬里之外響應義舉平定了荊楚；鎮北將軍王元德等率領部下，收復了石頭城；揚武將軍諸葛長民網羅義士，已佔歷陽；徵虜參軍庚賾之等暗中聯絡，作內應；江州刺史郭昶之恭迎還了晉安帝，在尋陽建造宮殿。桓楚已行將就木。號召全國人民打到桓楚這個偽政權！
消息傳到建康，桓玄大為驚恐。
左右下人倒不以為意，紛紛安慰他說：“劉裕，不過是一個賣草鞋的小賊，所部定是一群烏合之眾，難成氣候，陛下何故如此慌張呢？”
桓玄也是一時無二的人物，知道這回出大事了，只能捂著心口大呼：“烏合之眾！？劉裕乃是當世雄才，不用細表；那劉毅家無餘財，賭博擲骰子卻敢一擲百萬；而何無忌宛如其舅劉牢之，劉牢之什麼人物你們一個個的不知道？他們三人聯合起來，共舉大事，誰敢說他們不會成功?”
當然了桓玄慌歸慌，自己倒是還不怎麼害怕，畢竟誰不是一刀一槍殺出來的，我既然能當上皇帝，那就證明被我幹掉的豪傑也不少。
桓玄以堂兄桓謙為征討都督，以姐夫殷仲文代領桓修軍職，派手下悍將吳甫之、皇甫敷率兵抵擋劉裕。
不過桓玄還是低估了劉裕軍隊的戰鬥力，雖然以少擊眾，但劉裕絲毫不怕，陣前力殺吳甫之，然後與檀憑之各率一軍，與皇甫敷戰鬥，檀憑之被殺，而劉裕愈戰愈勇，前後奮擊，應時摧破，即斬（皇甫）敷首。
隨後，劉裕率軍進駐覆舟山（在今南京太平門西側），早晨與士眾飽餐一頓，悉棄餘糧，以示有進無退。劉裕一馬當先，率士卒衝向敵陣，將士無不奮力死戰，以一當百，喊殺聲震天動地。桓謙等軍，土崩瓦解，而先前的北府兵一看是昔日兄弟領軍，自然是不戰而降。
桓玄得知，又氣又怕，無奈之下，攜兒子桓升和侄子桓浚出南掖門逃遁。
但是此時，桓玄若是重新整理軍隊，當還有一戰之力，畢竟人多。他的部下也如此勸說，不過如今的桓玄早已經肝膽俱裂，連連指天，以示此乃天意，非人力可違，乘船倉皇逃往尋陽。
當然了，楊廣，商紂如此暴君尚有死保之士，桓玄也一樣，江州刺史郭昶之就十分看好桓玄。如今劉裕來襲，但終歸人少，他大力資助桓玄，桓玄由是獲得了充足的軍隊和物資，劫持了晉安帝，“遷都”江陵。
在逃亡江陵的途中，本是武人出身的桓玄卻忙著寫書，此書名曰《起居注》，裡面記的，全是自己如何如何調度各軍，算無遺策去抵抗劉裕之事，惜乎諸將違反了調度才招致兵敗，非戰之罪。
寫就寫，畢竟是推脫責任，可是桓玄還要寫一段就要給眾手下念一段，由此人人心寒，而且這桓玄寫的太過專注，連下一步該如何都不去思考了，如此領導，豈能不敗！
公元404年四月，桓玄滿打滿算，收集了兩萬多舊部，乘樓船順江東下，欲與劉裕決一死戰。
劉裕當然不怕，其軍逆江西上，與桓玄軍會於崢嶸洲（今湖北黃岡長江中小島），雙方大戰，劉裕軍乘風縱火，奮勇爭先，桓玄軍難以抵抗，桓玄見不大對勁，馬上駕輕舟馳還江陵。
桓玄的屯騎校尉毛修之乃是益州刺史毛璩的侄子，勸誘桓玄入蜀。
俗話說，慌不擇路，飢不擇食。桓玄竟然忘了毛璩是自他篡位後第一個跳出來跟他叫板的人，就答應了。
舟至枚回洲，毛璩的侄孫毛祐之率眾殺來。
桓玄身中數箭，行動不便，只能眼睜睜地看著益州督護馮遷跳上船，他忍痛拔下頭上玉導，出示馮遷，同時喝問：“你是何人，敢弒天子！”
馮遷回道：“天子？哼，我來殺天子之賊耳！”一刀砍來，桓玄腦袋跌落，時年三十六歲。
短短一年時間，桓氏的殘餘勢力被悉數蕩平。
桓玄從篡國到失敗，時間總共八十天。
當時有童謠說：“長干巷，巷長幹，今年殺郎君，年斬諸桓。”郎君指司馬元顯。
公元405年三月到四月，劉裕將飽嘗顛簸之苦的晉安帝司馬德宗迎還建康。劉裕對晉室的“再造”之功，使其被封為侍中、車騎將軍、都督中外諸軍事，使持節、徐青二州刺史如故。
劉裕的“都督中外諸軍事”中的 “中外”指的是除益州之外十六個州，“都督中外諸軍事”即是把益州之外的十六個州軍事控制權都交給劉裕執掌，可謂權勢熏天。當然了，劉裕堅辭不受，結果呢又改授都督荊、司、梁、益、寧、雍、涼七州，並前十六州諸軍事。。。。。。
身為臣子，卻有此等權勢，這意味了，劉裕也即將行桓玄篡位之舉了。
不過益州刺史毛璩在東征桓玄時，被益州平西參軍譙縱將毛璩斬殺，攻佔成都，稱成都王，是為西蜀，此時蜀中已經脫離東晉的管理。
如今的劉裕志得意滿，天下無人可以抗衡，手握大權，遂效法前輩，遠離京城，歸鎮京口，既有軍權在手，又能遙控朝廷，進退自如。
公元398年，後秦發兵攻陷洛陽，吞併了淮、漢以北各城。桓玄以此為由，指責殷仲堪不救洛陽，藉機幹掉了殷仲堪、楊佺期。
桓玄篡位前夕，也曾一度做出伐秦的姿態，當然了，這只是他為篡位而行的計謀，之後授意安帝極力勸阻自己出師，自導自演了一出政治鬧劇。
現在，劉裕成了當權派，他在對待北方政權的態度上，跟以往的東晉朝廷截然不同，處處強硬，一心征服！
公元405年，劉裕派使臣出使後秦。
到了長安，使者跟姚興論辯，然後強烈要求姚興歸還漢水以北的南鄉、順陽、新野、舞陰等十二郡。
姚興少年即位，跟苻登數次大戰，滅前秦，擊西燕，敗鮮卑，蠶食東晉，爭鋒北魏，文治武功斐然，也是實打實的豪傑之士，不過面對劉裕的迫人聲勢，他決定不與東晉發生衝突，滿口答應歸還劉裕所索土地。
姚興此舉，後秦群臣大怒，阻諫之聲不絕於耳。
姚興對群臣說：“天下善惡的標準是一樣的。劉裕出身微賤，興復晉室，內釐庶政，外修封疆，我怎能捨不得數郡之地而成全他的美意呢？”
不過話說得好聽，但大家都知道，從來弱國無外交，能讓敵國自動放棄到手的土地，是因為敵國仁義道德？呵呵，若是仁義，其當初就不會發兵前來侵佔了，劉裕治下的東晉，已經改頭換面，實力大漲，姚興也知不可力敵！
同樣的道理，新中國於97、99收回香港，澳門就是這個道理，可不是什麼西方國家良心發現。
不費刀槍，不起戰事，反而收歸漢水以北十二郡，如此大舉使得劉裕的聲望迅速上升，宛如當年淝水之戰後的謝安石，風頭正勁，天下一時無二，但是劉裕不是謝安這般的忠臣，有此大權，什麼荊揚相衡，則天下平，去一邊吧！整個天下都是我的！
劉裕說完這句話，開始了一生的戰鬥，那麼他會達到如何的高度呢？
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