在許多投資者看來，國債是“金邊債券”，收益最穩定。其實，投資國債如操作不當也可能“虧本”。若購買憑證式國債不到半年就兌付，除了沒有利息還要支付1‰手續費。這樣，投資者的本金就“縮水”了。持有半年至兩年的，則按0.36%計息，若持有者半年後急需用錢而提前兌付，扣去手續費，其收益率僅為0.26%，而半年期整存整取儲蓄的收益也有1.98%（按2008年12月23日存款利率表計算）。
投資債券存在的風險中最大的風險是利率風險。利率上升，債券收益下降；利率下降，債券收益上升。按照財政部規定，發行期內如遇儲蓄存款利率調整，尚未發行的憑證式國債票面利率，在利率調整日按3年期、5年期銀行儲蓄存款利率調整的相同百分點作同向調整。但發行期過後，國債利率就不與儲蓄利率同步了。如2006年6月1日發行的今年第3期憑證式國債，3年期票面年利率3.14%，5年期票面年利率3.49%，當時儲蓄稅後利率3年期為2.59%，5年期2.88%。但2006年8月19日央行加息後，3年期儲蓄稅後利率為2.95%，5年期為3.31%，憑證式國債收益優勢與儲蓄存款進一步縮小了。因此專家提醒，儘管憑證式國債收益固定，但並不是沒有風險。如果以前買的國債在到期之前，央行再次加息，則很有可能收益率低於同期儲蓄利率。因此購買時最好考慮到加息預期。
記賬式國債有銀行間櫃檯和證交所流通的兩種。對於記賬式國債的投資，投資者可有兩種選擇：一是在記賬式國債剛發行時買入，持有到期，則與憑證式沒什麼區別；二是在到期之前，持有者可根據國債市場變動情況，自由選擇賣出或買入記賬式國債。這種流動性是憑證式國債無法企及的。投資記賬式國債需要走出的一個誤區是並非持有到期才最合算。
對證券交易所流通的記賬式國債來說，它的價格是波動的，受到利率變動、資金炒作等因素影響。個別期限較長的記賬式國債甚至會在上市初期被大幅炒作，之後幾年的收益提前“透支”。對那些持有國債期限不確定的客戶，選擇購買票面利率較高的記賬式國債，不僅每年能分得更多的利息，還可抓住價格上漲的機會賣出，獲得溢價收益。
理財專家認為，記賬式國債的二級市場價格波動也有規律，往往在證交所上市初期或出現溢價或貼水。穩健型投資者只要避開這個時段購買，就能規避國債成交價格波動帶來的風險。
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