土地資源
阿克蘇市轄總面積144.15萬公頃，其中耕地102860.49公頃、園林32798.64公頃、林地17301.73公頃、草地238792.80公頃、城鎮及工礦用地16926.90公頃、交通運輸用地6908.02公頃、水域及水利設施用地42102.55公頃、其他土地983824.69公頃。市境以沖積平原和沙漠為主，共佔市境總面積的95.4%。陰乾山區面積約合8.44萬公頃，位於阿克蘇市西大橋至沙井子的烏（烏魯木齊）喀（喀什）公路以西，僅佔市境總面積的4.6%。中部綠洲地帶，處於西北部陰乾山區與東南部沙漠區之間，是市境主要植被分佈區，約合53.7萬公頃。南部沙漠區，位於塔里木新墾區以南，是塔克拉瑪干沙漠西北部的一部分，約合82.02萬公頃。
礦產資源
阿克蘇市由於地質構造和地層特點，為多種礦產的形成提供成礦條件。市境內已發現的礦種有釩、磷、銅、汞、煤、石灰岩、白雲岩、玄武岩、陶粒頁岩、泥岩、大理岩、片岩、磚瓦黏土、沙石料、冰洲石、瑪瑙等17種，已開發利用的有磷、石灰岩、石英砂岩、片岩、磚瓦黏土、沙石料等6種；擬開發利用的有釩、玄武石等。轄區內共有各種礦產地27處，其中大型4處、中型3處、小型4處、礦化點16處。優勢礦產資源有釩、白雲岩、玄武岩、石灰岩、磷等。河道、平原、戈壁以沙石料為主，阿溫公路沿線主要以磚瓦黏土為主。
林業資源
阿克蘇市林地大部分屬於荒漠疏林地和紅柳灌木林地。農區人工林地以防護林體系為主，防護林有新疆楊、胡楊等，經濟林有核桃、紅棗、蘋果、葡萄、香梨等，耕地實現林網化。1997年，全市擁有林地總面積2.39萬公頃，按總面積計算，林木覆蓋率只有1.3%，佔已利用土地面積的3.9%。2011年,全市建城區總面積42平方千米，建城區綠地率39.4%，同比提高0.5個百分點。人均公共綠地面積9.3平方米。水資源阿克蘇市水資源豐富，阿克蘇河由北向南流經市境西部，在市區西郊分成阿克蘇新大河與阿克蘇老大河兩支。新大河流經市境113千米，老大河流經市境104千米，兩河在夾河子鎮與和田河、葉爾羌河、喀什噶爾河匯流成塔里木河，橫穿市境南部東去。市境另一主要灌溉河流多浪河，自溫宿縣入境，上游彙集眾多泉水，長年不凍，偏西穿過阿克蘇市區南下，流經市境78千米，總計年徑流量114億立方米，水能理論蘊藏量6.64萬千瓦。還有儲量為5億立方米的地下水。阿克蘇市自然降水稀少，但農作物不是待雨而種，主要依靠冰雪融化與山泉，水源較為豐富，為農業發展提供有利條件。市境內的天然河、湖同人工引、排渠系、水庫等組成密佈的水網，滋養著廣闊無限、鬱鬱蔥蔥的肥美農田和綠林。
動物資源
阿克蘇市境野生動物中，哺乳綱有7目，18科，3亞科，66種；鳥綱有19目，42科，4個科，約200種。隨著人口增加，大面積墾荒造田，棲息地減少，野生動物有逐漸減少的趨勢。
獸類主要有馬鹿、兔猻、鵝喉羚（黃羊）、赤狐。其他獸類有野豬、狼、草兔、塔里木兔、河狸、大耳猥、蝙蝠、掃雪、伶鼬、香鼬、草原斑貓、大耳鼠兔、帕氏鼠兔、拉達克鼠兔、黃鼠、沙黃鼠、旱獺、跳鼠、象鼠、倉鼠。
禽類主要有黃毛喜鵲、柳鶯、鵪鶉、鷹、環頸雉（野雞）。中日候鳥保護協定鳥類有大天鵝、小天鵝、赤麻鴨、綠頭鴨、潛鴨、黃鴨、角百靈。
其他禽類有貓頭鷹、啄木鳥、金黃鸝、山斑鳩、鷺鷥、小海鷗、斑頭雁、鷂、秧雞、野鴿、家燕、黑雨燕、沙百靈、雲雀、椋鳥、烏鴉、地鴉、稻田葦鶯、樹麻雀、家麻雀、沙雀、漠雀。
魚類當地經濟魚類有塔里木裂腹魚（夾嘴）、扁吻魚（大頭魚）兩種，小雜魚有條鰍1種。引進魚類有青、草、鰱、鱅（四大家魚）和鯉、鯽、鯿、魴等養殖魚類。外地自然現象帶入的小型雜魚有麥穗魚、棒花等魚。
兩棲與爬行類有蟾蜍、牛蛙、蜥蜴、林蛙、沙蜥；蟲類有蜜蜂、螞蚱、馬蜂、螻蛄、蜘蛛、水蛭、螳螂、潮蟲、螞蟻、蝴蝶、蜻蜓、螢火蟲、蠍、虻、蠓。
植物資源
阿克蘇市境的野生植物，經調查採集整理的標本共有51科、232屬、497種。木本主要有胡楊、灰葉胡楊、白榆、沙棗、沙棘、檉柳（毛檉柳、多枝檉柳、垂枝檉柳）、野刺玫、大葉白麻等。
草本主要有蘆葦、蒲草、芨芨草、鹼蓬、鹼茅、裸果木、鐵線蓮、水葫蘆、草木樨、黃花苜蓿（野苜蓿）、帚狀委稜草、芝麻菜、獨行菜、薺菜、海乳草、點地梅、報春、荒漠棲草、北方拉拉藤、羊角芹、草原糙蘇、浦散亞菊、紫纓乳菊、蒿、銀穗草、新疆早熟禾、鵝觀草、牛毛氈、苔草、野韭菜、多葉蔥、馬蓮。
藥材主要有甘草、黨參、大芸、麻黃、阿魏、當歸、羌活、赤芍、板藍根、黃芪、大黃、列當、羅布麻、龍膽、蒼紫草、烏頭、鎖陽、貝母、車前、枸杞、青蘭、薊、蒲公英、菟絲子、紅花。
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