全世界有50多种，至1991年中国有30余种。其中黄瓜病害20多种，西葫芦病害10多种，南瓜病害10多种，冬瓜病害近10种，节瓜病害约7种，苦瓜病害近10种，丝瓜病害10多种。大多数病害的病原物相同。为害普遍而严重的是霜霉病、疫病、粉病、蔓枯病、枯萎病、炭疽病和病毒病以及黄瓜细菌角斑病、黄瓜苗期病害。
1、白粉病 (powdery mildew)
世界种植瓜类地区普遍发生。北方以黄瓜、西葫芦、甜瓜和南瓜发生较重；露地春黄瓜、温室及大棚黄瓜为害较大。主要为害叶片，病原物为瓜白粉菌(Erysiphe cucurbitacearum)和瓜单囊壳(Sphaerotheca cucurbitae)。
北方干旱地区病菌以闭囊壳及子囊孢子随病残体在地上越冬；冬季有保护栽培的地区病菌以分生孢子和菌丝体在温室或大棚内病株上越冬，不断进行侵染。
分生孢子主要通过气流传播，在适宜环境条件下，潜育期很短，再侵染频繁。连续阴天和闷热天气病害发展快。
黄瓜抗霜霉病的品种常兼抗白粉病，津研、大连8162号、京旭、唐山秋瓜及津杂系列品种等较抗病。
雨量偏少的年份发病较重。通风及排水不良地块、氮肥施用过多或缺肥、缺水、生长不良等均使病情加重。
2、病毒病 (virus diseases)
世界各国均有发生。常见症状有花叶、黄化、皱缩、绿斑、坏死等，几种病毒复合侵染后症状表现复杂，且发病较重。症状有花叶型、皱缩型、绿斑型、黄化型。
病原:主要有黄瓜花叶病毒(CMV)，传毒介体桃蚜、棉蚜、菜蚜等作非持久性传染，甲虫、汁液接触亦可传染；黄瓜、南瓜及甜瓜种子可以带毒；寄主范围广，可侵染近800种植物，瓜类上引起系统花叶或黄化皱缩。
南瓜花叶病毒(SqMV)，传毒介体甲虫，汁液接触亦可传染，种子可以带毒；在南瓜、西葫芦上引致鸡爪叶，植株矮化，果实上有扰状鼓突。
西瓜花叶病毒2号(Watermelon mosaic virus-2，WMV-2)，传毒介体为桃蚜、棉蚜等作非持久性传染，汁液接触亦可传染，种子可能带毒，是中国新疆哈密瓜花叶病的一种主要病毒，引起系统花叶。
高温干旱、强日照，有利传毒介体的传播和病毒在植株体内增殖。
上壤缺水缺肥，植株长势差，抗病力降低，病毒病发生均较重。
主要病原病毒的寄主范围都较广，除瓜类外还侵染田间多种蔬菜和杂草，因而初侵染的毒源普遍存在。
生长期间主要通过多种蚜虫，个别通过甲虫，土壤线虫或土壤真菌和农事操作传播，进行再侵染。一些瓜类病毒还可通过种子带毒成为初侵染源。
3、枯萎病 (fusarium wilt)
是由尖镰孢侵害维管束引起瓜类凋萎的一类真菌病害，黄瓜、甜瓜、西瓜、丝瓜、冬瓜、节瓜等均有发生。1889年最早在美国密西西比州发现为害西瓜，现在广布世界各国。中国1899年最早在西瓜、黄瓜上发现，现仍以黄瓜与西瓜枯萎病分布最广。
黄瓜枯萎病以北方较重，幼苗期较少出现症状，成株多在开花结瓜后显症，从茎基部叶片开始，中午萎蔫下垂，早晚恢复正常，似缺水状，叶色变淡，萎蔫叶片逐渐扩及全株，最终植株枯死；病株主蔓基部软化缢缩，逐渐干枯，基部皮层常纵裂，潮湿时病部常产生白色或粉红色霉(病菌菌丝体及分生孢子)，病茎剖面维管束变褐色。
病原物有尖孢镰孢的多种专化型(Fusarium oxysporum spp.)。
现知瓜类枯萎病菌有7个专化型:即尖孢镰孢黄瓜专化型、甜瓜专化型、西瓜专化型、葫芦专化型、丝瓜专化型、苦瓜专化型和冬瓜专化型。在不同瓜类作物之间，侵染能力有明显差异，对原来的寄主致病力最强，西瓜、甜瓜、黄瓜、冬瓜专化型虽然苗期存在交叉感染，但其选择致病性很强。黄瓜、甜瓜、西瓜专化型还存在不同的生理小种。
病菌主要以菌丝体和厚壁孢子随病残体在土壤中越冬。
厚壁孢子受根分泌物刺激打破休眠后，萌发产生芽管，自根部伤口或根冠细胞间隙侵入，菌丝到达维管束后在其中定殖和扩展，产生小型分生孢子，在维管束内向上转移，产生毒素和分泌果胶酶、纤维酶使导管内积聚胶质物堵塞导管，最后引起植株萎蔫枯死。
部分种子可以带菌，借灌溉水、土壤耕作和地下害虫或土壤线虫传播，由于潜育期长，一般再侵染的作用较小。
品种间抗病性明显不同，土壤水分忽高忽低，施氮肥过多或施未腐熟粪肥的地块、连作地或土壤线虫和地下害虫多的地块发病重，多年栽培黄瓜的温室或大棚明显比露地发病重。
嫁接防病，目前国内也已用于茄子黄萎病的防治，用云南野生茄、日本赤茄和托鲁巴姆茄作砧木，防效一般都在80%以上。嫁接法以云南黑籽南瓜作砧木，普通栽培黄瓜作接穗进行嫁接，防病效果显著，但风味有点变化。
4、蔓枯病 (gummy stem blight)
1891年在法国黄瓜上首先发现，黄瓜、冬瓜、苦瓜、丝瓜，甜瓜、西瓜均受害。中国1930年最早记载发生于黄瓜上，热带、亚热带地区较普遍，中国北方在大棚温室内危害严重。茎、叶、瓜果均可被害。
病原物为泻根亚隔孢壳(Didymella bryoniae)。
病菌以分生孢子器和假囊壳随病残体在土壤中越冬，产生孢子进行初侵染。孢子萌发后通过气孔、水孔、花痕或伤口侵入叶片、花器或茎。分生孢子靠雨滴飞溅、子囊孢子靠气流分散传播，再侵染多，种子可带菌。
土壤水分高、连作瓜地、低洼排水不良、平畦种植或密度过大、通风透光差，肥料不足、植株生长衰弱等病害趋重。
5、霜霉病 (downy mildew)
1886年首先在古巴发现。中国1899年记载发生于黄瓜上。主要危害叶片， 由基部向上部叶发展。发病初期在叶面形成浅黄色近圆形至多角形病斑容易并发角斑病，空气潮湿时叶背产生霜状霉层，有时可蔓延到叶面。后期病斑枯死连片，呈黄褐色，严重时全部外叶枯黄死亡，类似黄萎病。
病原物是古巴假霜霉(Pseudoperonospora cubensis)，只为害葫芦科植物，有生理分化现象。北方温室或塑料大棚内，病叶上孢子囊当年传播。冬季无黄瓜地区，以南方或邻近地区孢子囊借季风传播为初侵染源。孢子囊通过气流传播。病菌从气孔侵入。
在具有病菌和感病品种条件下，病害发生与否和环境关系密切。一般以结瓜期阴天多雨或昼夜温差大，湿度高，结露时间长，病害容易发生与流行。黄瓜不同品种的抗病性与糖的含量、某些氧化酶的活性以及叶片气孔密度等有关，津杂l号、津杂2号，西农58号，宁阳刺瓜等较抗病。通风不畅浇水过多，排水不畅，肥料不足，特别是缺有机肥和磷钾肥的地块，发病较重。
近年来防治上取得的进展，主要是在防治方面，即生态防治与应用烟熏剂。生态防治即通过揭棚闭棚的措施来调温调湿，使二者其一，不适宜霜霉病菌的发育和发屉，从而达到控病的日的。高温闷棚也是生态防治方法，以44～46℃ 2h为宜，百菌清等烟熏剂温室条件下得到普遍推广应用。
6、炭疽病 (anthracnose)
可危害黄瓜、冬瓜、苦瓜、瓢瓜、丝瓜、西葫芦、南瓜、甜瓜、西瓜等葫芦科植物。1867年在意大利首次发现。中国最早记载于1899年，以黄瓜、西瓜、甜瓜、冬瓜发生较多，黄瓜炭疽病在北方保护地栽培中渐趋严重。叶、茎、果均可受害，不同瓜类作物的症状不完全相同。
病原物为围小丛壳菌圆形变种(Glomerella cingulata var. orbicularis)，无性态为瓜类炭疽菌(Colletotrichum orbiculare)，有性态在自然条件下极少发生。病菌有生理分化现象，不同生理小种对葫芦科不同种属及同一种内不同品种的致病力不同。
病菌以菌丝体和假菌核随病残体在土内越冬。种子带菌的，病种子发芽后病菌直接侵染子叶使幼苗发病，再侵染频繁，由风雨、流水、甲虫及农事操作传播。
露地种植，雨季早晚及下雨频率与病害关系密切。瓜类重茬地、地势低洼、排水不良，氮肥过多，通风不畅、植株长势差的地块发病较重；温室和大棚内温暖、湿度大，叶面结露时间长易引起发病。黄瓜、甜瓜、西瓜较感病；冬瓜、苦瓜次之，南瓜、西葫芦、丝瓜较抗病。
7、瓜类青枯病（bacterial wilt）
该病在黄瓜拔节时开始发病，症状先表现在植株的上部叶片上。病斑从叶尖、叶缘处沿叶脉开始发病，发病初期现白色小点，后出现不规则的病斑，病斑中心灰白色，外缘有紫褐色晕圈。发病后期整个叶片似水烫状青枯，严重的不能正常抽穗结实或全株萎蔫死亡。
一种黑葱花霉(Periconia sp．)，属半知菌亚门真菌。在PDA培养基上菌落红色或黄色，气生菌丝白色至浅黄色，稍隆起后平铺，菌丝多分枝且产生膨大体。10天后培养基表面形成红色至粉红色菌丝团，初不易产孢，刀割菌丝12天后开始产生星点状黑色团生的孢子，未产孢处形成红色至粉红色菌丝团。分生孢子梗浅褐色，直立，不分枝，具褐色子座，大小125～675×5～6.3(μm)，顶部简单或具分枝，直径5～7.5μm。顶细胞膨大，大小7.5～10×5～7.5(μm)，上生球状产孢细胞。分生孢子单胞，球形，暗褐色，壁粗糙，其上有不规则加厚的凸起状物，直径15.5μm。此外，在鉴定中发现，Alternara tenuis Nees称链格孢，属半知菌亚门真菌。是该病第二寄生菌，可加重为害程度。
低温高湿的环境，病害易发生。持续阴天，雨雪天气较多，造成棚内温度极低，光照少，通风换气不良，棚内湿度过大，大棚内极易病病。管理粗放、栽植过深、肥水过大，病害发生重，3～5天后整株青枯死亡。
黄瓜青枯病在嫁接黄瓜上发病快，自根栽培的较慢，苗期、成株期均可发病，开花结瓜期发病严重。开始发病时株基部茎蔓收缩变细，下部叶片光泽暗淡、萎蔫，中午明显。病情逐渐发展，收缩茎蔓向上扩展，叶片向上渐次萎蔫，似缺水状，3～5天后整株青枯死亡。低温高湿的环境，病害易发生。持续阴天，雨雪天气较多，造成棚内温度极低，光照少，通风换气不良，棚内湿度过大，大棚内极易病病。管理粗放、栽植过深、肥水过大，病害发生重，3～5天后整株青枯死亡。
8、瓜类黑腐病(black rot)
被害果实初现直径1～2mm的青灰色霉点，霉点外围现淡黄色晕环，以后霉点逐渐扩大为蓝色圆形霉斑，霉斑直径5～10mm不等，斑外围亦现近水渍状的淡黄色晕环（或呈晕圈）。霉斑可相互连合为斑块。后期有的霉斑被另外的腐生真菌（主要是交链霉菌）所污染，青蓝色的霉斑转呈为黑色霉斑，但霉斑边缘仍明显或隐约可见原青蓝色霉层，两者结合形成中间为黑色，边缘为青蓝色的新霉斑。青蓝色的霉状物即为本病病征（病菌分生孢子梗和分生孢子）。
病菌以菌丝体在果实叶柄或叶片上越冬，或随病残体遗落土壤中存活越冬，以分生孢子作为初侵与再侵接种体借气流或雨水溅射而传播，从伤口侵入致病。
主要发生于采果后逐渐后熟或经催熟的果实，越近成熟的果实越易感病；果面伤口多易感病；潮湿温暖的天气或贮运销售环境对病害的发生与发展极为有利。3～5天内病害迅速发展，有时可达不可收拾的程度。
9、瓜类绵腐病（ Pytium sp.）
苗期染病引起猝倒，主要在幼苗长出1～2片真叶时，先在胚茎露出土面的基部现水浸状斑，很快病部变为黄褐色干瘪收缩成线状，在子叶还没萎凋之前即猝倒。3片真叶后猝倒明显减少。果实染病引起绵腐，初现水渍状斑点，扩展后变为黄色或褐色水浸状大病斑，与健部分界明显，后半个或整个果实腐烂，并在病部外围长出一层茂密的白色棉絮状菌丝体，果实染病始于脐部或从伤口侵入，在伤口附近显症，后引致全果腐烂。丝瓜果实生长期长，绵腐病发生重，长江以南尤为普遍。
Pythium aphanidermatum(Eds.)Fitzp.称瓜果腐霉和P.delienseMours称德里腐霉，均属鞭毛菌亚门真菌。在CMA上菌丛白色绵状，菌丝体发达，具分枝无隔膜，菌丝宽3～7微米；游动孢子囊顶生，膨大成形状不规则的姜瓣状，萌发后形成球状泡囊，泡囊内含游动孢子8～29个，游动孢子肾形双鞭毛，休止时呈球状，大小11～12微米；藏卵器顶生球状，无色，大小18～36微米，雄器同丝或异丝生，近椭圆形；卵孢子球形光滑，不满器，浅黄色，直径17～28微米。
该菌腐生性强，在土壤中长期存活，病菌以卵孢子在土壤中越冬或渡过不利环境条件，条件适宜时萌发产生游动孢子或直接长出芽管侵入寄主；在土中营腐生生活的菌丝也可产生孢子囊，释放出游动孢子侵染瓜苗，引起猝倒病；在病残体上又产生孢子囊和游动孢子借雨水溅射到近地面的果实上，侵入后形成绵腐，在田间不断地进行重复侵染。传播主要靠风雨或流水及带菌有机肥，秋后病菌又在病部组织里形成卵孢子越冬。结瓜期阴雨连绵、湿气滞留易发病。
10、立枯病（ Rhizoctonia sp.）
丝核菌果腐病幼瓜、成瓜均可发病，初在与地面接触的部位产生黄褐色病变、后病部凹陷形成大小不等不规则的病斑；成熟果实染病，形成大片的水渍状腐朽区域，后变褐干裂，湿度大时病部长出白色菌丝。
Rhizoctonia solani Kühn AG-4，称立枯丝核菌AG-4菌丝融合群，属半知菌亚门真菌。该菌群是一种不产孢的丝状真菌，其菌丝形态与一些子囊菌、担子菌非常接近，该菌有菌丝融合现象。菌丝在融合前常相互诱引，形成完全融合或不完全融合及接触融合三种融合状态。我国已发现并建立了十多个菌丝融合群，其中AG一4是引起黄瓜、冬瓜等立枯病和玉米纹枯病的优势菌群，是个重要菌群。寄主广泛，引致多种作物病害。AG一4菌丝融合群的菌株根据菌核形态及去氧核糖核酸的氮盐基序列同源性又分为AG一4 HG—I、AG一4 HG—Ⅱ两亚群，前者在PDA培养基上形成菌核为暗褐色，后者有1/3～1/2形成灰色至白棕色菌核。
立枯丝核菌分为三大群，一群是多核的立枯丝核菌，具3个或以上的细胞核，菌丝较大型，直径约6～10微米，其有性态为Thanatephorus cucumeris (Frank)Donk称瓜亡革菌。在土壤中形成薄层蜡质状或白粉色网状至网膜状子实层，产生的担子桶形至亚圆筒形，比支撑担子的菌丝略宽一些，担子具3～5个小梗，其上着生担孢子；担孢子椭圆形至宽棒状，基部较宽，大小7.5～12×4.5～5.5微米，担孢子能重复萌发，在担子上形成2次担子。立枯丝核菌是由单一菌丝尖端的分枝密集而形成或是由尖端紧密地和菌丝密集而形成菌丝结。菌丝融合群不同，在形态、病理、生理和生态方面也不完全相同。至于各融合群的致病特异性及他们之间的内在联。
以菌丝体或菌核在土中越冬，且可在土中腐生2～3年。菌丝能直接侵入寄主，通过水流，农具传播。病菌发育适温24℃，最高40～42℃，最低13～15℃，适宜pH3～9.5。播种过密、间苗不及时、温度过高易诱发本病。
11、黄瓜根结线虫
根结线虫主要危害植株的根部，尤其是侧根和须根，根结线虫以吻针刺伤根部，分泌唾液，破坏根部的表皮细胞，继而破坏寄主细胞的正常代谢使其发生病变，此后根部将呈现不同的引状，影响根部的吸收，输送养分，水分，形成植株地面的枯萎，萎蔫，中午时表现的更为严重，傍晚则稍显轻一些，由于植株显示枯萎症状，很容易当成枯萎病来治，耽误了时机。
主要危害植株地下根部，多发生于侧根和须根上，形成结疖状大小不等的瘤状物，菜农俗称之为"番薯仔"。瘤状根结初期白色而光滑，后转呈黄褐色至黑褐色，表面粗糙乃至龟裂，严重时腐烂。根瘤外观无病征，剖检根结内部，则可见到比针头稍大的白色梨状体，为病原雌线虫体，也是确诊本病的佐证。病原线虫以卵在土壤中越冬，卵孵出的幼虫称2龄侵染幼虫，借助雨水、灌溉水传播，从幼嫩根尖侵入，直至发育为成虫，成为定居型内寄生线虫。在口针穿刺取食的同时，注入分泌液，刺激寄主细胞增殖和增大，形成根瘤。通常沙质壤土(土壤不过干又不过湿)，或连作地发病较重。
12、黄瓜灰霉病
黄瓜灰霉病多从开败的雌花开始侵入，初始在花蒂产生水渍状病斑，逐渐长出灰褐色霉层，引起花器变软、萎缩和腐烂，并逐步向幼瓜扩展，瓜条病部先发黄，后期产生白霉并逐渐变为淡灰色，导致病瓜生长停止，变软、腐烂和萎缩，最后腐烂脱落。叶片染病，病斑初为水渍状，后变为不规则形的淡褐色病斑，边缘明显，有时病斑长出少量灰褐色霉层。高湿条件下，病斑迅速扩展，形成直径15-20毫米的大型病斑。茎蔓染病后，茎部腐烂，瓜蔓折断，引起烂秧。
此病由真菌半知菌亚门灰葡萄孢Botrytis cinerea Pers.ex Fr.侵染引起。以菌核在土壤中或以菌丝及分生孢子在病残体上越冬或越夏。翌春条件适宜，菌核萌发，产生菌丝体、孢子梗、分生孢子，分生孢子成熟后随气流、雨水、露水等传播。光照不足、低温和高湿条件下易流行。浙江及长江中下游地区保护地栽培黄瓜灰霉病发病期盛期在5月期间，在连阴雨、光照不足、气温低、湿度大的天气条件时，如不及时通风透光，发病重。
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