鄭成功時代的南明軍事力量並不弱，其軍隊數量超過入關的10萬清兵。僅鄭成功父親鄭芝龍手上就有二十多萬人馬，集中在福建一帶。加上明朝原有軍隊，各地的反清的義軍，其兵力有百萬之眾。但是明代末期，人心渙散，軍隊鬥志喪失，崇禎皇帝煤山自縊後，國無統帥，明朝的各種勢力擁立明朝皇室後裔成立了南明政權，也是各懷鬼胎。
福王朱由崧在明朝留都南京建立政權，史稱弘光政權。此後又，福建建寧的唐王朱聿鍵，浙江紹興的魯王建立了政權，延續南明王朝。但是南明政權內部矛盾重重，互相傾軋，不能有效進行防禦。鄭芝龍擁立朱聿鍵稱帝目的，是表明明朝已有皇帝，形成抗清復明的號召力。隆武帝建國福建的消息傳至四方，江浙、安徽、江西各地義軍紛起，響應抗清號召。隆武帝的領土也自福建、兩廣、雲貴而外，兼及湖南、安徽、江西、湖北的一部分，很有光復的機會。倘若可以團結一切抗擊清兵的力量，必然會給清兵掃蕩中華大地致命一擊。但是各有各的心思，各打各的算盤，與隆武帝同時起兵抗清的明代宗室魯王、韓王、益王等，在大敵當前，國家存亡之際，糾纏在誰領導誰的問題上，不僅荒唐，更是誤國。
鄭芝龍擁兵自重，不是為了大明覆國，而是以此為籌碼與清軍談判，置國家安危不顧，通敵賣國，以致南明大好形勢轉為劣勢，坐失復國良機。
到了抗清後期，鄭芝龍的人馬被鄭成功掌握，南明抗擊清軍形成三支力量，鄭成功、張煌言、李定國。但是在抗擊復國的決策上，也存在分歧。
永曆十一年（清順治十四年，1657）起，鄭成功第一次北伐失敗。永曆十二年（清順治十五年，1658）二月，鄭成功第二北伐失敗，損失慘重。兵敗江寧使得南明最有力量的鄭成功大軍徹底失去了光復漢族政權的最後機會，此後鄭軍無力與清軍進行全面抗衡。
鄭成功南京失利的戰局也影響到張煌言，遭遇清軍四面夾擊，傷亡慘重，張煌言的隊伍被打散，全軍只有數百人，被迫退入浙東進行頑強抵抗。
三支最具實力的抗清力量，因為分散，沒有形成合力，力量逐漸消耗。最為強大的鄭成功部，也只能選擇臺灣作為生存基地，維持與清軍在福建臺灣一帶的抗衡，李定國部在滇緬一帶與清軍周旋，張煌言部在浙東抵抗已經進入尾聲。至此，中國大部分地區已經被清軍佔領，各種抵抗力量也被消滅。
清軍力量與抗擊力量對比已經逆轉，鄭成功孤掌難鳴，復明大業難以實現，加上進駐臺灣不久，鄭成功就病逝，臺灣成為抗清的孤島，最後被投靠清廷的原鄭成功的叛將施琅帶兵收復臺灣。
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