新中国成立初期，高等教育在结构上存在的主要问题有:
1、地区布局上，高等学校多数集中在沿海和接近沿海的大城市，内地和边远地区城市的高等学校数量偏少。1949年，205所高等学校中，位于北京、上海、天津以及江苏和广东的高校就有79所，上海一地的高等学校就有37所，在校学生2万多人，约占全国高等学校学生总数的1/5，而西北广大地区仅有8所，西南地区也少得可怜。2、在学校类型上，不能满足形势发展的需要。中国各项建设所急需的工程、师范、医药、农林等专业由于缺乏统筹规划，其发展规模受到极大限制。3、在系科的设置上，偏重文、法而轻视理、工。
为了改变高等学校分布和专业设置的不合理状态，国家开始了院校调整，以充实西部地区高校的实力。经过两次的院校调整，基本达到了最初的设想:既要逐步加强内地高校的实力，又要充分发挥沿海地区高校现有的优势。经过这次院系调整，内地高校由1951年的87所增至115所，在校学生人数由1951年占全国的 38. 6%上升至44.1%。例如西安作为新兴的工业基地，高等学校由1951年的8所，增至1957年的22所。
建国前西安高等教育事业极端落后，仅有3所高校，学生2000余人，校舍与设备简陋不堪，教师更是少得可怜。建国初期，随着西安市经济建设的蓬勃发展，新建的高等学校也飞速发展起来，原有扩建和正在建设的高等院校共有13所，学生达到21000余人，每千人口中就有大学生17人，比1949年增加了10倍;新建和扩建的房屋面积共达6000多万平方米，占地420公顷，各个高等院校拥有的图书总计已超过100多万册，期刊杂志数千种，教学实验设备普遍地增加了10—20倍。解放前只有61张病床的西安医学院，共设有1174张病床;这个医学院已经拥有许多新式的手术和研究设备。西北大学地质系过去连偏光显微镜也没有，现在这种显微镜己经增加了41台。随着西安高等教育事业的发展，西安高等院校就为国家培养了近10000名建设人才，培养的学生的学业成绩，也是一年比一年好。如西安师范学院1953年在刚刚成立时，优等成绩的学生占全县学生的0. 11%，到1956年度优等成绩的学生就占了14. 08%。西安医学院现在的毕业班学生都能熟练地做阑尾切除等手术。而西北大学地质系毕业生，则很多担任了各地野外勘探队大队长和小队长职务。
经过50年代的两次院系调整，到1957年，成都共有普通高校11所，即四川大学、成都电讯工程学院(电子科技大学前身)、成都工学院(后更名为成都科技大学)、成都地质学院、四川医学院、成都中医学院、四川财经学院、四川师范学院、成都体育学院、西南音乐专科学校、西南民族学院。这样，成都高等学校的专业设置与布局已能体现出“以培养工业建设人才和师资为重点，发展专门学院，整顿和加强综合大学”的改革，整顿旧高校的指导方针的要求。工科院校已由1950年的四川大学工学院1所发展到4所，工科专业设置数量也大为增加，仅成都工学院即设置了17个专业。
重庆市在1956年新建和扩建24所高校和中专，其中新建的重庆医学院和重庆航务工程学校等7所院校同年暑期招生。重庆大学原有的地质系将独立出来，扩大成为成都地质勘探学院，这个学院院址暂时设在重庆大学校内。这个学院招生的专业有矿产地质测量及找矿，水文地质和工程地质，石油及天然气地质勘探等专业，招生2000人。新建的重庆医学院即将完成第一期工程。这个学院的医疗系、儿科系将招收学生420名，学院总容量是4200名。重庆航务工程学校将培养河道当面的专门人才。第一批招生400名，重庆石油学校和重庆钢铁学校也都进行了扩建。扩建后，学生人数将比1955年同期增加50%以上。
1956年兰州市6所高等院校的学生人数达6532人，比1955年增加了32. 3%;毕业学生数是1054人。兰州市最著名的高等学校——兰州大学，在1949年只有文、理、法、医四个学院，学生600余人，教师72人，藏书94000册，内有外文杂志2000册;经过8年的发展和中央的倾斜支持，兰州大学己经发展为在西北地区重要的高等学校。1957年兰州大学拥有学生1800余人，教师328人，其中教授36人，副教授23人，讲师84人，藏书38万多册，内有外文杂志46000多册，师生的数量和藏书都是1949年的4倍。兰州大学教学科研设备得到改善。教学设备费用逐年增加，截止到1956年，兰州大学教学设备积累总额为164万多元，约为1949年设备总额的47倍。
西部中心城市高等教育的跨越与中央政府实施的全国两次院系调整有着密切联系。不过，1952年第一次院系调整主要指导思想是结束部分公私立高校各立门户，各自为政的无政府状态，主要调整京、津、沪、杭、宁、汉、长沙、广州以及安徽、山东的大城市的高等学校。1955年在修订国民经济第一个五年计划时，中央提出高等教育建设必须符合社会主义建设的要求，必须和国民经济的发展计划相配合。学校的设置分布应避免过分集中，学校的发展规模一般不宜过大。高等工业学校应该逐步地和工业基地相结合。根据中央的指示精神，高等教育部便决定采取有力措施，改变东西部高等学校分布不合理的状况。所以，第二次的院系调整大大加快了西部中心城市的高等教育发展。
在调整中，陕西西安作为全国高等院校重点发展城市之一，得到了充实和加强。1952年至1955年，主要是以西安原有院校为基础，从综合大学和解放区高等干部学校中分设和组建了一些专门学院，如西安医学院、西安师范学院、西北俄文专科学校、西安体育学院、西北艺术专科学校等，1955年以后，从沿海城市迁过来一些高等工科院校，如1955年由东北工学院、青岛工学院、苏南工业专科学校的部分专业和西北工学院的土建类专业组成了西安建筑工程学院。根据国务院的决定，交通大学的大部分于1956年迁到西安，同年，华东航空学院由南京迁到西安，更名为西安航空学院，后与西北工学院合并为西北工业大学。这一年还以苏南工业专科学校、青岛工学院、西北工学院的部分专业组建西安动力学院。院系调整推动了陕西高等院校的发展和提高。高等学校由原来的4所发展到13所，在校学生由2272人发展到22322人，增加了近9倍，由全国第15位跃居第7位，成为全国高等教育的重要基地之一。办学条件、教学质量和学术水平都有所提高，增强了实力，缩短了同全国先进地区的差距。特别是西安交通大学师资力量强，办学条件好，教学质量和学术水平比较高，大大增强了西安高校的实力，缩短了西安和全国沿海城市的高等教育差距。
这次由国务院批准的并校方案，是根据支援西北、统一部署、合理安排的方针确定的。这个方案是:西北工学院除采矿、地质、纺织三个专业外的其余各专业，与西安航空学院合并，成立西北工业大学。而西北工学院的采矿、地质、纺织三个专业，以及西北农学院的农田水利系土壤改良专业，和西安动力学院的全部专业，与西安交大合并。这样合并之后，使西北地区的高等工业教育，有了比较合理和比较完整的部署。这两个学校各专业的服务对象，也有了明确分工。西安市的标志性大学——西安交通大学，通过合并，除原有的机械制造、电机制造、发电、无线电等方面的16个专业外，还增设了地质、采矿、河川结构、水利土壤改良等7个专业，总计23个专业。使之在配合完整的工业基地的需要上，比以前更加完备了。1957年，西安交通大学招生达到7000人左右。
1952— 1954年，根据中央“以培养工业建设人才和师资为重点，发展专门学院，整顿和加强综合大学”的方针，成都高等学校进行了第一次院系调整，首先各私立高校均改为公立，各校撤消学院一级建制，按照苏联模式，根据国家建设需要设置专业。
1954年，为适应国民经济发展的需要，中央对高校进行了第二次院系调整。所以1956年，为适应西南无线电基地对电讯工程人才的需求，上海交通大学有线电系，华南工学院电讯系和南京工学院无线电系的部分教师调集成都，组建了全国第一所电子工业大学——成都电讯工程学院，院长吴立人。成都电讯工程学院建校初期学科设置为有线电设备专业、无线电设备专业、电真空器件专业、无线电零件与绝缘材料专业、半导体材料与器件专业、磁性材料与器件专业、计算装置专业、自动化设备专业。其中，半导体专业和计算装置专业属国内首批建立的专业，为国家早期的半导体器件输送了急需的人才。同年，以重庆大学、西北大学部分教师为基础，抽调北京地质学院、东北地质学院教师在成都建立了成都地质勘探学院，院长朱国平。同年，还新建了成都中医学院，院长李斯炽。1956年，四川师范学院也由南充迁往成都，加强了成都的师范教育，为成都乃至四川培养了大量合格的教师人才。7年来，在本市新建了各类高等学校6所，连原有的共11所，1956年学生人数已近2万人，比1949年增加了1倍多。
当然，高等教育也存在一些问题。不适当地砍掉了一些文科，使政治、财经、管理等学科和专业受到削弱，同时在整顿和调整中大量裁并专科学校，把一些办学时间长、办学经验丰富、有一定影响的学校全部撤并，严重削弱了专科教育，使高等教育的层次日趋单一，很不适应社会主义建设的需要。
经过院系调整后，除了少数综合性大学保留外，更多的学校变成了单科性的专门学校，这种来自苏联教育模式是为了培养应用性人才而设立的。各专业间相互隔离，分工越来越细，交流与渗透越来越少，严重背离了现代科学发展规律。原是要加强综合院校，但综合大学却普遍没有受到重视。“对理科，既没有充分准备，又要求过急，专业设置缺乏计划性，而对本科和专修科的摆法也不够妥当。加之学习苏联经验时没有结合各方面的实际情况，造成师生忙乱现象。对文科，则采取了一种消极态度，缺乏具体步骤，特别是没有发挥教师的潜在力量。”这种模式在短期内确实能够为经济建设及时提供人才，但从长期来看，却不利于我国高等教育的发展。
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