对于军民融合的发展有著名的“两只手”理论，就是既要发挥国家主导作用，又要发挥市场运作的作用。这就是说军民融合的发展，既是国家意志，又必须遵循市场规律。从前期我国的“军民结合”到“寓军于民”，再到“军民融合”，历史经验表明，单纯依靠政府主导，体制机制障碍、行业壁垒、融合坚冰等问题仍将继续存在，军民融合也将继续停留表面，无法向深度发展。
所以，推进军民融合深度发展，必须借助政府和市场“两只手”的力量，让政府的“有形之手”和市场的“无形之手”在各自领域扮演不同角色，发挥各自优势，施展各自“才能”。那么，在军民融合实施过程中，政府和市场角色、职能等应该如何定位呢？
一、各归其位、各司其职，谁的领域谁主导，谁的任务谁领走。
军民融合事业不是政府一肩挑，不是通过行政手段就能“摆平”一切事务，政府的作用主要体现在对发展方向、体制创新、政策供给、法治保障、运行环境和服务保障等方面发挥主导作用。
即使在政府内部，不同部门也应有不同分工，比如发改委在项目用地、财政资金方面发挥职能，科技局在科技成果转移转化方面给予政策支持等。军民融合不是单要素发展的事业，涉及经济与国防建设的多个领域与行业，不可避免会出现政府部门之间职责不清晰、沟通不顺畅、落实不到位等情况出现，造成军民融合事务推进不顺畅的局面。
2017年1月22日，中央军民融合发展委员会成立；2018年5月16日，中共湖北省委军民融合发展委员会办公室揭牌成立；2018年6月12日，中共浙江省委军民融合发展委员会办公室揭牌成立......作为军民融合发展问题的决策和议事协调机构，它们的成立必将在政府一端给军民融合发展打通“任督二脉”。
反观市场，市场是连接军事需求与社会供给的基本纽带，军民融合中的具体事务、具体工作，应交给市场去管，通过市场来引导社会主体在追求自身利益的同时实现国家期望的融合目的。
作为第三方服务机构的山东军地集团在辅导企业军工资质办理和产品进军工等方面发挥积极作用，像这样的市场化手段在军民融合上升为国家战略后发挥着越来越重要的作用。
二、发挥各自优势，开稳军民融合大船。
军民融合领域是军与民的“结合地带”，在重大基础设施领域，政府不但应提出具体要求，而且还要强化支出责任，给予资金补偿和投资补助。在专业化分工和社会协作方面，市场手段通过利用多元投资、多方技术、多种力量来搞好一般配套能力建设。
政府应该“抓大放小”，在宏观层面发挥政策引导、资源支配的优势；市场充分发挥市场资源配置的独特优势，通过这只“无形的手”加速各要素、资源间的流通，提高融合效率。市场化手段运作的军民科技融合网在科技成果对接、落地等方面起到“催化剂”、“润滑剂”作用，加大提高了科技成果转移转化效率。
另外，国防基础科研具有研发周期长、投资大、风险高、见效慢的特点，市场机制在此领域是“失灵”的，必须加大政府投入以形成持续稳定的支持。
三、找到政府与市场的最佳契合点，协同发力才能更省力。
比如，在“民参军”等竞争性领域，政府仅需在市场准入、政策支持上保持一碗水端平，至于谁参军、谁不参军，由市场机制去决定。
实力达标的企业比比皆是，但是成功参军的目前还是屈指可数，军工资质和军队供应商库等的严门槛，成为了部分企业的“硬伤”。但自从这个领域内市场手段的加入，出现了另一种局面。民参军服务网从军工资质辅导到军队供应商入库，再到军地需求对接，企业民参军的整个流程变得通畅起来。
又比如，在投融资支持上，在纯公共领域必须发挥政府投入主渠道作用，在混合领域则可通过政府引导性投入撬动社会资本进入。
只有政府“有形之手”与市场“无形之手”相互协调、形成合力，军民融合发展才会获得源源不断的动力。
在军民融合发展中，最好的局面就应该是“专业的人干专业的事”，只有理清政府与市场的职能界限，才能避免各自发力，只有协力才能形成合力，拆壁垒、破坚冰的任务就能顺利实现，军民融合深度发展也将“水到渠成”。
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