不是朱允炆棄而不用，而是耿炳文極可能是在真定之戰中已經戰死。真定之戰中朱棣大勝極可能是朱棣採用了類似對付寧王朱權詐降之類不光彩手段，因此刪改了耿炳文相關的記載。
按照通常的記載，耿炳文是在真定之戰慘敗後被建文帝用李景隆代替，之後朱棣攻下南京後，耿炳文投降。朱棣稱帝后的第二年，刑部尚書鄭賜、都御史陳瑛彈劾耿炳文，說耿炳文的衣服、器皿上有龍鳳的圖飾，用紅革呈做玉帶，逾越制度，他的這些行為是大逆不道。耿炳文十分害怕，於是自殺。
（耿炳文）
而沐英的兒子，黔國公沐晟為自己表哥、耿炳文兒子耿琦撰寫的墓誌銘《濠梁慎庵耿公墓田碑記》，則有完全不同的說法。
“至（洪武）三十二年，侯（即長興侯耿炳文）年已六十有五，援真定，歿於陣。上更痛甚，親制文遣命中官諭祭。命有司治墳塋，賜臨濠山地三百頃、佃戶二千人、守墳人二百戶，儀仗戶十五戶，以京衛軍士充之，先後隆恩疊頒洊至。
沐晟是沐英的兒子，第二代黔國公，其母親是耿炳文的妹妹。沐晟靖難之役爆發時已經32歲，又是大明頂級高官。耿炳文的兒子耿琦更是投奔沐晟，被沐晟庇護，才免於被朱棣所害。沐家在雲南一帶很有實力，朱棣對沐晟有過打壓但最終選擇安撫為主。以沐晟的地位以及與耿家的關係，顯然不大可能弄錯耿炳文到底是啥時候死的。耿琦死於明英宗正統年間，這時候的政治氣氛以及比較緩和，對靖難舊事沒那麼顧忌，沐晟也敢在耿琦墓誌銘中提及舊事。
（電視劇中的沐晟）
朱棣擊敗耿炳文的真定之戰，很奇怪的一點是明軍高級將領損失極多。明軍的主將是耿炳文，副將是李堅、寧忠。李堅、寧忠是明軍的二、三把手。李堅、寧忠以及都督顧成等高級將領幾乎在真定之戰中被朱棣一網打盡。
然而真定之戰朱棣雖然大獲全勝，但明軍按記載也是損失三萬人左右，全軍十三萬人還剩十萬退入真定城，明軍主力還在。明軍的高級軍官損失比例極其不符合一般戰爭常理。
這麼不正常的高級將領損失比例，只可能是高級將領聚集在一起遭遇了無防備的突然襲擊。
朱棣可能是採取了詐降的形式欺騙了耿炳文，發動突然襲擊才起到了這樣的效果。
（朱棣）
耿炳文和朱元璋都出生於濠州鍾離太平鄉，和朱元璋是關係很近的同鄉。雖然未必小時候認識，但這樣的同鄉關係也已經很親密了，也是耿炳文獲得朱元璋信任的關鍵因素，兩人間有比較深的鄉情。
耿炳文出於個人感情，不會願意朱元璋的兒孫自相殘殺。以耿炳文和朱元璋的個人關係，和朱棣可能也有一定的私人交情。朱棣如果詐降，很容易獲得耿炳文信任不加防備。朱棣在詐降時突然突襲，才能讓明軍一舉損失這麼多高級將領，耿炳文則在朱棣的突襲下戰死，朱棣乘機大敗明軍。
如果這個推測為真，可以解釋為啥耿炳文的事蹟被朱棣修改。向臣子詐降畢竟是件很不光彩的事，朱棣修改了不少建文時代的記錄，修改耿炳文的事蹟也在情理之中。
刑部尚書鄭賜、都御史陳瑛彈劾耿炳文，則實際可能是說建文帝給耿炳文修的墳墓規格太高，要改掉
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