市場上涉及微生物的產品一般分類三類：微生物菌劑、複合微生物肥料、生物有機肥。
微生物菌劑包含農用微生物菌劑和有機物料腐熟劑兩類產品，對有效菌要求含量高。
複合微生物肥料是微生物和營養物質（氮、磷、鉀）複合而成的產品。
生物有機肥是以動植物殘體進行無公害處理，有微生物肥料和有機肥效果的一類產品。
怎麼選擇和使用不同的產品？
1.注意保質期
對於含微生物菌類的產品進行選擇，一定要注意產品保質期，一般保質期是6個月，個別產品甚至有效期更短。對於過了保質期的產品有效菌的含量下降，會影響使用效果。
2.具體應用也有講究
活菌對紫外線十分敏感，儘量避免強光直射，同時注意土壤溼度，溫度。生物有機菌肥一般採用穴施或者溝施，複合微生物菌肥多采用葉面噴施，衝施。
不是所有菌劑都可以用做農家堆肥，需要嗜熱菌，厭氧菌 等才可以使用。微生物菌肥使用，菌類繁殖需要時間，因此作用效果比較慢，適合作為底肥，或者在營養大量需求前一到兩週提前施入。
談談關於混用的問題
一般微生物菌劑的有效菌的含量最高。適用於大量補充有效菌的情況使用。
微生物菌劑對環境要求比較嚴格，而肥料一般鹽度相對高，因此複合的微生物肥料中的菌類一般都是具有耐鹽、耐鹼的菌株。不能簡單拿微生物菌劑和肥料的混合。
同時一般不要把含活菌的產品和含硫的肥料，草木灰等混用，這樣容易殺死大多數菌類。
一般菌肥不要與殺菌劑，殺蟲劑，除草劑等產品混用，可能會影響效果，需要間隔一段時間使用，例如：施用菌肥後間隔48小時才能使用除草劑；對於已經用殺菌劑拌種的情況下，也不要使用菌劑。
“菌肥”效果好，無汙染，但是其本身效果比較慢，因此在使用以前，一定要對“菌肥”有所瞭解，不能盲目亂用，否則達不到應有的效果。
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