公路
南京是国家综合交通枢纽，公路网密度居全国中心城市前列，南京高速公路通车总里程已达612.973公里，高速公路网密度达每百平方公里9.31公里，位居全国第一。
南京街景
以南京为中心，有宁沪、宁高、宁镇、宁扬、宁滁、宁连、宁通、宁巢、宁合、宁洛、宁马、宁宣、宁盐、宁淮、宁蚌、宁常、宁杭等高等级公路呈放射状通往江苏省及周边省市。其中，国家高速公路有G25长深高速（宁杭高速）、G36宁洛高速、G40沪陕高速（宁合高速）、G42沪蓉高速（沪宁高速）、G4211宁芜高速（宁马高速）和G2501南京绕城高速公路，国道有104国道、205国道、312国道和328国道。
南京有8个长途汽车客运站，包括南京汽车客运站、南京长途汽车北站、南京长途汽车东站、南京汽车客运南站、江宁汽车站、溧水汽车站、高淳汽车站、南京葛塘客运站等。
铁路
南京是连接华北、华东和华中铁路交通的重要枢纽，国家东部地区铁路交通枢纽中心，是国家四纵四横铁路格局中南北、东西干线的重要交汇点，全国路网格局重要枢纽。
亚洲最大综合交通枢纽-南京南站
南京主要火车站有南京站、南京南站、六合站、江浦站、仙林站、紫金山站、江宁站、江宁西站、溧水站、南京东站、南京客技站，另有新南京北站规划中。其中南京站是国家铁路枢纽站、中国十大铁路枢纽；南京南站是国家铁道枢纽站、亚洲最大高铁站；南京东站是华东地区最大的编组站、国家十五大路网性编组站；南京客技站是列车技术场站。
航空
南京是中国兴办民用航空最早的城市之一，先后共修建过13个机场。
南京第一座机场是国民政府于1912年建立的小营机场，后另选址于明故宫遗址建设机场。
1931年4月，国民政府在大校机场建立了首个航空学校，3年后辟为军民合用机场。
南京禄口国际机场
南京禄口国际机场是江苏省和南京市的门户机场，是国家主要干线机场、一类航空口岸，华东地区的主要货运机场，与上海虹桥机场、浦东机场互为备降机场，位列中国千万级大型机场行列，是国家大型枢纽机场、中国航空货物中心和快件集散中心，国家区域交通枢纽。
此外南京还有南京马鞍国际机场（军民合用）、土山机场（军用机场）以及若航南京老山机场（中国首家民营直升机场）。
航运
南京是中国重要的航运中心，长江国际航运物流中心,2011年港口城市空间价值居大陆第四。早在三国时就拥有军港和商港，东吴时期这里已经“江道万里，通涉五洲”；元代起是南粮北运起运港口之一；明代郑和在南京港起锚，成为郑和下西洋的基地港。
亚洲最大内河港口——南京港
南京港是中国重要的主枢纽港和对外开放一类口岸，是华东地区及长江流域江海换装、水陆中转、货物集散和对外开放的多功能江海型港口，长三角唯一实现集装箱铁路与水路无缝对接的港口。
长江南京以下12.5米深水航道工程的建成，使南京港一跃成为最深入内陆的国际型深水海港，也是中国连结全球的江海转运综合枢纽。
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