事情上报到狱政科和１４２团场派出所，当天就对牛房进行了检查，墙壁和顶棚上的点状痕迹，经化验确定是人血（其中夹杂着鸡血），同时，在傅克军的床铺底下，找到未被带走的７００元人民币。有人反映，２１日清晨，看见白宝山在院里烧棉被或大衣那样的物品。此外，中队在牛棚的顶棚上，搜出步枪子弹、机枪子弹和手枪子弹共９５发。
因出事当天只有白宝山与傅克军两人住在牛房，白宝山自然成了重点嫌疑对象。
狱政科王永康副科长提审白宝山，审讯工作持续了十几天，白宝山态度死硬，只交代了藏匿９５发子弹的问题，拒不承认与傅克军失踪有任何瓜葛。劳改中队和狱政科曾判断傅克军遇害，尸体可能用马匹驮到周围的荒野里掩埋掉了。他们在监狱周边的可疑地段进行搜索，并动用了警犬，未能发现傅克军的尸体。同时，据监狱的犯人反映，傅克军跟白宝山的关系时好时坏，两人也没什么深仇大恨，按说白宝山不会杀人。
事实上，傅克军就是被白宝山杀害的，他采用了与杀李宝玉同样的方法。３月２０日深夜，黑暗中白宝山爬了起来。傅克军睡得烂熟，他微微地打着鼻鼾。白宝山低着头看他一阵，慢慢地举起了铁榔头，狠狠地砸在傅克军的脑袋上。傅克军长长地哼了一声，就没了气息，那身死肉也松垮下来。掩埋傅克军的尸坑已经挖好，打死傅克军之后，白宝山拿着铁锹出去，又把土坑整理了一遍。再返回牛房，白宝山吓了一跳。傅克军又起来了，他一动不动地坐在木床上。但他反应迟钝，两眼直瞪瞪的，似乎想弄明白，到底发生了什么事情？白宝山的铁榔头又砸过去，因用力过猛，竟把半个榔头砸进傅克军的脑壳里――这就是造成鲜血四溅的原因。傅克军再次倒下，鲜血立刻染红了他的被褥和枕头。白宝山没有开灯，他把傅克军的尸体背出去，埋到坑里――这个土坑是紧贴着牛棚的墙根挖下去的，距墙皮不到半米远，挖了两米深。处理了尸体他才觉得这事做得有漏洞，他弄出了血，傅克军的被子、褥子、枕头上到处都是血。他坐了一阵，便把染血的铺盖抱出去，点火焚烧了，用沙土把灰烬埋了起来。凌晨时分他又在牛棚周围搞了卫生，洒上水――这就是后来田守水看到的情景。
这次，白宝山的疑点太多，但是，监狱方始终没有寻找到傅克军的尸体，无法确认他已经死亡。白宝山又态度死硬，拒不认账。监狱方在没有证据的情况下，无法给白宝山定罪。两年过去了，傅克军失踪案只能作为“悬案”挂到一旁。
因傅克军案，白宝山被单独关押了１２５天，写过保证书后，继续回去放牛。１９９６年３月７日，他如期提前一年获得释放。３月１２日，白宝山回到北京。
白宝山前期收集的子弹被劳改中队没收了。在他重新获得“自由”之后，利用恶劣天气里附近牧民的羊群误入监狱草场的机会，他把羊扣住，要挟对方。作为交换条件，他从牧民手中弄到了三包步枪子弹（７５发）和５０发手枪子弹。这一次，他把子弹埋在水渠附近。释放后，他把子弹挖出，全部缠在身上，带回了北京……
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